基于非独占式并行计算技术的ChIP-on-chip芯片分析平台

随着"后基因组时代"的到来以及各种高通量组学技术的发展,ChIP-on-chip这一新兴的研究细胞内蛋白质与全基因组DNA之间调控机制的实验技术已逐渐成熟并推广。然而由此产生的海量数据也给生物学意义的整合与数据挖掘带来了严峻的挑战。针对ChIP-on-chip得到的高通量原始实验数据,探索如何更有效地开展研究工作,实现了由分析模块、监控模块、并行框架三个模块构建的自适应并行计算系统。系统能非独占式地充分利用计算机资源计算,自动生成富集的DNA序列片段并将其映射到基因组用于后续分析;可比较分析多次实验以评估实验条件、分析不同转录因子之间的协同作用等;其包含的监控模块、并行框架很容易移植入其他开发过程。

基因和蛋白质的批量注释系统UBROAD

以DNA微阵列、二维电泳、二维高压液相色谱和质谱等技术为代表的转录组和蛋白质组高通量实验技术,能够产生海量的基因或蛋白质数据,对这些基因或蛋白质的注释是对相关数据进行后期处理的基础和必要条件.海量数据的注释人工难以完成,而目前基因和蛋白质的批量注释网站给出的注释又往往不够全面.在比较常用基因和蛋白质的批量注释网站的基础上,本工作研发了基因和蛋白质的批量注释系统UBROAD(Unified Batch Retriever ofAnnotation Data),该系统整合了NCBI、Swiss-Prot、BIND、enzyme-expasy、gene2accession和gene2Unigene 6个有关基因和蛋白质的数据源;支持Uniprot/trEMBL AC、Uniprot Entryname、Genbank Protein Accession Number、Genbank mRNA gi、Genbank mRNA Accession Number、Gene name、Gene ID和Unigene ID 8种登录号混合查询;含有各种登录号以及基因或蛋白质的基本信息、功能分类、相互作用共38项注释项供选择;提供微软电子表格形式的注释结果.可以通过访问网页http://www.bioscience.org.cn/ubroad免费使用该系统.

现浇混凝土内部缺陷浅析及对策

混凝土质量的好坏直接关系到建筑物的寿命和使用,体现出一个项目经理部的管理水平,它直接影响企业的社会信誉和生存,也直接关系到购楼者的切身利益。本文对现浇混凝土内部缺陷问题提出了几项预防措施,以便同行借鉴。