马氏珠母贝TTLL基因的序列特征、SNP筛选及其与生长性状的关联分析

为了探究微管蛋白酪氨酸连接酶样(tubulin tyrosine ligase-like, TTLL)在马氏珠母贝Pinctada fucata martensii中的作用,对TTLL基因的序列特征、表达模式及其SNP位点进行了相关分析。结果表明:采用RACE技术克隆获得马氏珠母贝TTLL基因cDNA全长为1 962 bp,其中,开放阅读框(ORF)为1 611 bp,编码536个氨基酸,5′UTR长134 bp, 3′UTR长191 bp;TTLL蛋白靠近N端处具有一个TTL结构域;多序列比对及系统进化树分析显示,马氏珠母贝与其他物种的TTLL氨基酸序列具有较高的同源性,并与长牡蛎Crassostrea gigas等双壳贝类聚为一支;qRT-PCR分析显示,TTLL基因在马氏珠母贝外套膜、闭壳肌、性腺、肝胰腺、鳃和足中均有表达,在性腺中表达量最高(P<0.05),在生长性状较好的大规格群体和杂交家系中高表达(P<0.05),在卵和受精卵中的表达量也显著高于其他发育时期(P<0.05);马氏珠母贝TTLL基因共有277个SNP位点,其中,109个SNP位点符合哈迪-温伯格平衡,6个位点为中度多态,103个位点为低度多态;对基因外显子SNPs单倍型分析发现,4个SNP位点形成了2个单倍块、5种单倍型,单倍型GG为优异单倍型,其生长性状显著高于单倍型AA;对基因突变位点分析发现,7个SNP位点发生了突变,包括4个错义突变和3个同义突变,其中,位点g.7572350 T>G和g.7572368 A>G与壳宽显著性关联(P<0.05),位点g.7572405 C>T与壳长、壳高显著性关联(P<0.05),而其他突变位点对生长性状无显著性关联(P>0.05)。研究表明,TTLL基因参与马氏珠母贝的生长发育过程,且其优异单倍型GG及突变位点g.7572350 T>G、g.7572368 A>G和g.7572405 C>T均有利于马氏珠母贝的生长。

马氏珠母贝(Pinctada fucata martensii)近交家系与其杂交子代DNA甲基化差异分析

2012年4月,利用马氏珠母贝全同胞家系进行家系内与家系间交配组合构建了近交家系（A与D）与杂交家系（B与C）。贝龄2龄时,比较家系生长性状差异,利用甲基化敏感多态性扩增技术（MSAP）检测了4个家系甲基化水平的差异,估计了甲基化比例与生长性状平均值相关性系数。结果表明,家系杂交子代的平均壳长、平均壳高、平均壳宽与平均体重均值大于近交家系,性状优势率为8.5%～24.7%;近交家系与杂交家系的总条带数和甲基化比例均存在显著性差异（p〈0.05）。近交家系A和D获得的总条带数分别729.0±19.6与717.3±28.2,甲基化水平分别为（10.0±0.9）%与（8.5±0.4）%;杂交家系B和C获得的总条带数分别为703.0±10.7与726.3±18.8,甲基化比例分别为（5.9±0.7）%与（5.7±0.9）%;家系的平均壳长、平均壳高、平均壳宽与平均体重性状与甲基化均存在明显负相关,相关系数分别为-0.849、-0.751、-0.674和-0.652。