九疑山兔线粒体基因组组装及系统进化分析

旨在对九疑山兔线粒体基因组进行组装,探究其系统进化和分类地位。本研究采用高通量测序技术对20只150日龄九疑山兔的耳组织进行了全基因组测序,利用生物信息学软件对线粒体基因组进行组装,并对获得的线粒体基因组进行序列分析、基因预测和注释,随后基于已发表的家兔、野兔、经济动物和模式动物的线粒体基因组序列进行多序列比对和系统进化分析,对研究群体的多态性位点进行鉴定。组装获得长度为17306 bp的九疑山兔线粒体基因组全序列,其碱基组成、基因分布与已发表的5个家兔品种的线粒体基因组基本一致。基于Dloop区的系统进化分析表明,九疑山兔与福建黄兔进化关系较近,而与欧洲穴兔、沂蒙毛兔、川白獭兔和新西兰白兔较远。通过其与14种野兔及11种经济/模式动物的种间系统进化分析表明,九疑山兔与欧洲野兔、海南兔和白靴兔亲缘关系较近,与其他野兔和经济/模式动物较远。研究群体的线粒体基因组保守区共鉴定到了12个突变位点,其中有3个突变的群体等位基因频率大于0.8,为多态性位点。本研究组装获得了首个九疑山兔的完整线粒体基因组序列,明确了九疑山兔与其它品种家兔、野兔和常见经济/模式动物的亲缘关系和分类地位,为九疑山兔的种质资源利用和品种选育等研究提供了基础数据。