基于生物信息学分析骨质疏松症与慢性阻塞性肺疾病的相关性

目的 利用生物信息学分析骨质疏松症与慢性阻塞性肺疾病差异表达的miRNA及两种疾病的相互关系。方法利用GEO数据库获取骨质疏松症(osteoporosis, OP)与慢性阻塞性肺疾病(chronic obstructive pulmonary disease, COPD)的基因芯片,使用R4.1.0软件中的limma包进行差异分析分析得到OP与COPD差异表达的微小核糖核酸(differentially expressed microRNA,DEmiRNA),将筛选后的DEmiRNAs用miRDB数据库和Targetscan数据库进行靶基因预测;使用KOBAS对靶基因进行转录因子的预测并进行GO分析和KEGG通路分析,并从STRING数据库下载靶基因进行蛋白互作网络数据,通过Cytoscape对结果进行分析与构建蛋白互作网络与模型进行可视化。结果 OP与COPD的基因芯片中共有4个有差异的DEmiRNA为hsa-miR-631、hsa-miR-940、hsa-miR-508-5p和hsa-miR-1470,通过蛋白互作网络筛选出前7个核心基因为UBA52、UBE2I、UBE2N、STAM、IPO5、CD28、STX6。结论 OP与COPD之间可能通过缺氧、慢性炎症、氧化应激、钙离子重吸收以及线粒体自噬等一系列病理生理反应相互联系,其中,hsa-miR-940在两种疾病中的关系最为密切。