双孢蘑菇HMG转录因子鉴定及在采后贮藏中的表达模式分析

双孢蘑菇(Agaricus bisporus)采后贮藏期间极易发生表皮褐变,其中涉及的分子机制尚不明确。为探索双孢蘑菇采后褐变涉及的分子机制,基于全基因组数据对双孢蘑菇HMG转录因子进行鉴定,并对AbHMG蛋白特性,以及AbHMG基因在双孢蘑菇采后贮藏期间的表达模式进行了分析。结果表明:基于PFAM注释结果在双孢蘑菇中鉴定到13个AbHMG转录因子,编码序列长度425~1881 bp,编码141~626个氨基酸,相对分子质量15996~69651,等电点5.12~11.13,α螺旋和无规则卷曲为AbH⁃MG蛋白的主要结构元件,所有AbHMG蛋白均为定位于细胞核的不稳定蛋白。双孢蘑菇贮藏期间表皮L*值呈逐渐下降趋势,表现为表皮褐变程度加深,同时双孢蘑菇子实体相对电导率和呼吸强度呈现逐渐上升趋势;荧光定量PCR分析结果表明,AbHMG7、AbHMG9和AbHMG13基因在双孢蘑菇贮藏后期的表皮样品中显著上调表达。双孢蘑菇中共鉴定到13个HMG转录因子,其中AbHMG7、AbHMG9和AbHMG13转录因子可能参与了双孢蘑菇采后褐变相关的转录调控进程。

基于采后转录组的香菇密码子偏好性分析

以香菇基因组数据为基础,对其细胞核基因组的密码子偏好性及偏好性形成因素进行分析。香菇细胞核编码基因的GC含量为48.66%,同义密码子第3位中碱基T(T3s)的出现频率最高(36.07%),同时高表达基因的GC、GC3以及GC3s含量均显著高于基因组水平;相关性分析结果显示基因表达与序列C3s含量、GC3、GC3s、GC含量、C含量以及CAI呈显著正相关;香菇基因组编码序列中共29个高频密码子,结合转录组筛选高表达和低表达基因的基础上鉴定出16个最优密码子;偏好性形成影响因素分析表明,香菇基因组密码子偏好性形成受中性突变和选择压力影响。本研究可以为采后香菇关键基因功能解析,开展香菇采后品质劣变机制研究提供参考。