消化道反应 Toll-样受体及肠内微生物

排名前10位的热点文章中占据优势的仍然是分析基因组和蛋白质序列的软件工具，其中包括一两篇新文章，例如，排名第3位的论文描述的是序列数据的一种新“环境”，第8篇论文是有关Pfam蛋白质家族数据库的最新报道。这种热点文章非常集中的现象今后也许会减少，不过它的确反映出此类分析工具的重要性。第12篇论文中描述了由3种蛋白数据库——Swiss—Prot、TrEMBL和PIR整合而成的一个通用蛋白质信息库Uniprot（R．Apweiler，et al.，32：D115—9，1 January 2004；本期引用28次）：对该数据库的年度更新即可取代对上述三个数据库的更新。

快速、经济的新型基因组测序法

1998年，位于瑞典斯德哥尔摩的皇家理工学院的Pal Nyren等研究者发表文章，提出了一种全新解读DNA的方法（M．Ronaghi，et al．，Science，281[5375]：363—5，1998），这项技术能够大大提高基因组测序的速度。相关研究论文入选本期热点论文排行榜，排名第2。

鸡、黑猩猩及河豚的基因组学研究

不知将鸡、黑猩猩和河豚的基因组组合起来进行研究，能否增加对物种演变过程的了解。排在本期生物学热点第4位的论文研究的是硬骨鱼Tetraodo nnigrovirids，这是红鳍多纪纯（Takifugu rubripes，又称作fugu）的一种生活在淡水中的“远亲”。排在第6位的热点论文研究的是黑猩猩（Pan troglodytes），排在第7位的热点论文研究的是红原鸡（Gallus gallus），即家鸡的祖先。实际上，黑猩猩基因组是当今最热点的研究；尽管黑猩猩基因组的研究论文比河豚基因组的研究论文晚将近一年发表，但其被引频次却成倍增长，这说明研究人类最近亲缘的物种符合人类自我利益的考虑。

马提亚·曼恩：质谱分析与蛋白质组

随着分子生物学家研究水平的提升，其研究内容从以基因角度解读整个基因组向以蛋白质层次解读整个蛋白质组的方向发展，因此他们所需要的研究工具也必须随之发生转变。对单一组织样本中多种蛋白质的测序和鉴定需要全新的技术，而在过去的10多年中，对蛋白质组学研究带来革命性推动的就是质谱技术。

寻找DNA调控序列

现在所获得的庞大的基因组序列使得分子生物学家能对DNA的详尽机理提出更复杂的设想。两篇高被引论文采用几乎相同的方法，对调控机制进行了全面研究。论文4是由马萨诸塞州坎布里奇Whitehead生物医学研究院的Ernest Fraenkel和Richard Young领导的研究小组完成的，该文研究的是酵母的基因组调控。

通过SNPs的DNA变异分析进行重大预测

基因组分析的一个梦想是实现个性化的医疗。如果能够了解患者DNA的详细情况，医生就能为患者实施专门的、效果最好的治疗方案。另一个梦想，可以称为个性化预测，即有可能从DNA预测出将来可能罹患的疾病，并采取措施避免此类疾病的发生。随着2005年2月一篇研究文章的发表，使得这两个梦想向现实更靠近了一些。该论文现已冲到生物热点论文的第一位。

科学家携“鸟枪”涉足马尾藻海

J．Craig Venter对基因组的研究并没有中途停止，伴随着人类基因组研究的缓慢脚步变成激烈的竞赛后，他也转变了研究注意力，横跨世界几大洋去找寻更丰富的遗传财富。排在本期热点论文第3位的文章就是最早的研究成果之一，它报道了测序马尾藻海（Sargassosea）中全部微生物的各种成果。

被生物学家忽视的研究工具

如果动物反复受到同样的刺激而没有什么收获的话，它就不再对此刺激做出反应，这就是适应。这些排名前10位的热点论文也面临同样的境遇。本期排名第1和第3的论文徘徊在前5名那么长时间，再加上许多其它相类似文章的出现，人们对它们已经熟视无睹了。

人类基因组因LCVs而发生改变

人们总是过于简单化地提到“人类基因组序列”，就好像人类基因组只有这唯一的一条序列。我们每个人都与别人不同，甚至连同卯双胞胎之间也有差异。即使测序者最初已经共用了一些不同个体，以构建一条有代表性的人类基因组序列，但人群中的变异研究已经成为蓬勃发展的领域，有待深入探究。一项全新变异类型的发现已经将两篇独立完成的论文推进了热点文章之列。