生物信息学方法筛选胰腺癌进展相关的核心基因

目的·筛选胰腺癌进展相关的核心基因和关键通路。方法·通过GEO(Gene Expression Omnibus)数据库检索筛选得到包含45例胰腺癌组织和45例癌旁正常组织的基因芯片数据集GSE28735。采用GEO2R在线分析工具提取癌组织及癌旁正常组织的基因,联合RStudio软件筛选差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)并对其进行可视化处理。通过基因功能注释在线工具DAVID对差异表达显著的基因进行基因本体(gene ontology,GO)功能富集和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析。利用交互基因检索工具STRING及Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用(proteinprotein interaction,PPI)网络,结合节点度值进一步筛选核心基因。通过基因表达谱分析数据库GEPIA对179例胰腺癌中核心基因的表达水平与患者总生存期(overall survival,OS)、无病生存期(disease free survival,DFS)及肿瘤分期的关系进行分析。结果·从GSE28735芯片中筛选得到131个DEGs,其中表达上调的基因115个,表达下调的基因16个。GO功能富集分析显示DEGs主要在细胞黏附、质膜、蛋白质结合方面富集。KEGG通路富集提示磷脂酰肌醇-3激酶(phosphatidylinositol 3-kinase,PI3K)/蛋白激酶B(protein kinase B,AKT)是DEGs富集的主要信号通路。通过PPI网络筛选得到5个核心基因,分别为纤维连接蛋白1(fibronectin 1,FN1)、间质表皮转化因子(mesenchymal to epithelial transition factor,MET)、层粘连蛋白β3(polyclonal antibody to lamininβ3,LAMB3)、层粘连蛋白α3(laminin subunitα3,LAMA3)、整合素亚单位α3(integrin subunitα3,ITGA3)。MET、LAMA3、LAMB3和ITGA3的表达水平均与胰腺癌患者OS有关,仅MET、LAMB3和ITGA3的表达水平与胰腺癌患者DFS有关,且基因低表达组的预后明显优于基因高表达组。FN1、MET、LAMA3和LAMB3的表达水平在不同分期胰腺癌组织中的差异存在统计学意义。结论·胰腺癌中异常表达的FN1、MET、LAMB3、LAMA3、ITGA3与细胞黏附、质膜组分、蛋白质结合功能的改变和PI3K/AKT通路相关,MET和LAMB3的表达升高可能预示胰腺癌患者的不良预后。

腹腔镜脾切除联合贲门周围血管离断术治疗肝硬化门静脉高压症的近期临床结果

目的:探讨腹腔镜脾切除联合贲门周围血管离断术治疗门静脉高压症的近期结果和安全性。方法:回顾性分析2018年9月至2020年12月间我院行腹腔镜脾切除联合贲门周围血管离断术治疗的23例临床资料。选择同时、同科室临床病理基线相当的开腹脾切除联合贲门周围血管离断术13例临床资料作对比。结果:腹腔镜手术组较传统开腹镜组病人出血量相对较少、手术时间较长、肛门排气较早、恢复进食较早。两组术后住院时间、术后并发症(出血、胸腔积液、深静脉血栓、胃瘫、切口感染)差异均无统计学意义(P>0.05)。结论:腹腔镜脾切除联合贲门周围血管离断术有效治疗肝硬化门静脉高压症具有术中出血量少、术后恢复进食时间较早和安全的优势,近期结果与开腹手术相似。

胃癌患者预后相关微RNA预测模型的构建及其应用价值探讨

目的·通过生物信息学方法建立胃癌患者预后相关微RNA(microRNA,miRNA)的预测模型并探讨其应用价值。方法·收集癌症和肿瘤基因图谱计划(TCGA)数据库中397例胃癌患者的临床病理资料,其中356例临床病理资料完整。397例患者中,男258例,女139例;中位年龄为67岁。将397例患者采用随机抽样法,按7∶3比例分为训练集278例和测试集119例。另从基因表达数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)中下载包含20对胃癌及对应癌旁正常组织的miRNA测序数据集GSE93415,从癌组织和癌旁正常组织差异表达的miRNA中筛选出候选差异表达miRNA。基于训练集患者的信息,利用LASSO回归分析,将候选差异表达miRNA拟合成一个可以预测胃癌患者生存率的预后相关miRNA模型。对构建的预后相关miRNA模型的预测效能,分别在训练集和测试集中进行验证,以Log-Rank检验进行生存分析来验证模型的可靠性;以受试者操作特征曲线下面积(area under curve,AUC)分析该模型的预测效能。使用基因表达数据和pRRophetic包中的算法预测患者对化学治疗药物的敏感性。使用Calibration曲线验证恩诺图的准确性。使用一致性指数(consistency index,C-index)检测恩诺图和其他因素建模的一致性。使用决策曲线分析(decision curve analysis,DCA)推测候选因素对于临床决策的帮助。结果·(1)训练集与测试集患者的临床资料和总体生存率比较,差异均无统计学意义(均P>0.05)。(2)差异表达miRNA筛选结果:从GSE93415测序数据集中计算得到111个候选差异表达miRNA,其中20个在癌组织中上调,91个在癌组织中下调。对111个候选差异表达miRNA进行过滤后,得到59个候选差异表达miRNA。(3)构建预后相关miRNA模型:从59个候选miRNA中,筛选出5个与生存相关的miRNA,分别为let-7i-5p、let-7f-5p、miR-708-5p、miR-135b-5p、miR-100-5p,差异表达模式(癌组织对比癌旁组织)均为降低,差异表达倍数分别2.55、2.78、2.17、3.08、3.26倍。由5个与生存相关miRNA构建的预后表达方程为:风险分数=(-0.049×let-7i-5p表达量-0.033 2×let-7f-5p表达量+0.202 9×miR-708-5p表达量-0.088 9×miR-135b-5p表达量+0.016 3×miR-100-5p表达量)。(4)预后相关miRNA模型的验证:在训练集和测试集中,高风险组患者的总体生存率低于低风险组患者,差异均有统计学意义(均P<0.05)。在训练集中,预后相关miRNA模型的1年、3年、5年生存时间预测概率AUC值分别为0.640、0.763、0.853;在测试集中,则分别为0.631、0.735、0.750。(5)影响胃癌患者预后的相关因素分析:单因素分析结果显示年龄、肿瘤病理分期、T分期、N分期、M分期和预后相关miRNA模型评分是胃癌患者预后的相关因素(HR=1.017、1.633、1.353、1.346、2.652、15.874,95%CI为1.002~1.033、1.333~2.001、1.109~1.650、1.169~1.548、1.553~4.529、5.729~43.985,P<0.05)。多因素分析结果显示年龄、M分期和预后相关miRNA模型评分是胃癌患者预后的独立危险因素(HR=1.03、2.27、18.72,95%CI为1.01~1.05、1.09~4.70、5.96~58.77,P<0.05)。(6)预后相关miRNA模型与临床病理因素预测效能的比较:在356例临床资料完整的胃癌患者中,预后相关miRNA模型对胃癌患者5年生存时间预测的AUC值为0.818,高于年龄、性别、肿瘤病理分期、T分期、N分期、M分期的预测效能。(7)预后相关恩诺图的评估:Calibration验证曲线、C-index以及DCA分析均提示,胃癌患者从预后相关恩诺图中的获益程度高于年龄、性别和肿瘤病理分期。结论·由5个差异表达的miRNA构建了可用于预测胃癌患者生存的预后相关miRNA模型;该模型对胃癌患者的生存状态和预后具有一定的区分预测能力,可为胃癌患者的临床治疗提供参考。