目的:评估QM/MM方法和Surflex-Dock分子对接程序对DNA-配体复合物模拟的准确性。方法:从蛋白质数据库(Protein Data Bank)下载DNA-配体复合物的三维结构,利用计算机辅助药物设计的分子对接程序Surflex-Dock模拟出147个诱饵化合物(decoys...目的:评估QM/MM方法和Surflex-Dock分子对接程序对DNA-配体复合物模拟的准确性。方法:从蛋白质数据库(Protein Data Bank)下载DNA-配体复合物的三维结构,利用计算机辅助药物设计的分子对接程序Surflex-Dock模拟出147个诱饵化合物(decoys)并计算其结合分数(binding score)。然后将得出的分数与从QM/MM计算的结合能力以Z-score和辨别力(DP)作比较。从而评估Surflex-Dock和QM/MM的准确性。结果:Surflex-Dock的DPi值比QM/MM高,显示Surflex-Dock的辨别力较低。结论:因QM/MM计算速度慢,本研究认为Surflex-Dock可用作快速虚拟筛选,而较准确的QM/MM则适合用于对拥有较高结合分数的化合物进行再评分(rescoring)。展开更多
文摘目的:评估QM/MM方法和Surflex-Dock分子对接程序对DNA-配体复合物模拟的准确性。方法:从蛋白质数据库(Protein Data Bank)下载DNA-配体复合物的三维结构,利用计算机辅助药物设计的分子对接程序Surflex-Dock模拟出147个诱饵化合物(decoys)并计算其结合分数(binding score)。然后将得出的分数与从QM/MM计算的结合能力以Z-score和辨别力(DP)作比较。从而评估Surflex-Dock和QM/MM的准确性。结果:Surflex-Dock的DPi值比QM/MM高,显示Surflex-Dock的辨别力较低。结论:因QM/MM计算速度慢,本研究认为Surflex-Dock可用作快速虚拟筛选,而较准确的QM/MM则适合用于对拥有较高结合分数的化合物进行再评分(rescoring)。
