基于GEO数据库的胰腺癌循环肿瘤细胞代谢通路及关键基因研究

目的探讨胰腺癌循环肿瘤细胞(CTCs)中起关键作用的代谢通路及关键基因。方法从GEO数据库筛选胰腺癌CTCs相关数据集,利用R studio软件筛选差异基因,与KEGG数据库的代谢相关基因比对,寻找代谢相关差异基因。对差异基因进行KEGG通路富集,使用STRING、Cytoscape进行蛋白相互作用网络分析和可视化。最后,对比两数据集富集的代谢通路,获得关键通路及基因,并利用TCGA和TIMER数据库分析关键基因与临床特征和免疫浸润的关系。结果分别从数据集GSE118556和GSE18670筛选出834个和1119个差异基因。前者基因主要富集到半胱氨酸和蛋氨酸代谢、一碳代谢和辅酶因子合成等代谢通路,后者基因主要富集到一碳代谢、嘌呤代谢和甘油磷脂代谢通路。其中转酮醇酶(TKT)在两个数据集的一碳代谢中均显著上调。TKT与总体生存期、肿瘤分期、组织学分级相关(P<0.05)。同样编码转酮醇酶同工酶的TKTL1和TKTL2与免疫浸润相关(P<0.05)。结论通过对胰腺癌CTCs数据集的生物信息学分析,发现一碳代谢和TKT可能在CTCs的形成和维持中起关键作用,为进一步研究胰腺癌转移的代谢机制提供一定的基础。

桑德兰与伦敦的气息

一我是作为广州市中学交流生对欧洲进行为期三周的观摩学习来到桑德兰的。这是我到达英国的第一站。桑德兰市是英国东北部重要的港口城市,坐落于维尔河流入北海的人海口处。桑德兰市现有人口28.5万。