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基于Aerolysin纳米孔道的单个β-淀粉样多肽N-端片段分析
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作者 陈天泽 胡方舟 +2 位作者 林绪波 应佚伦 邹爱华 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2024年第11期200-208,共9页
淀粉样蛋白(β-amyloid,Aβ)引起的淀粉样蛋白异常沉积被认为是诱发阿尔茨海默症的因素之一.与人类不同,啮齿动物较少出现这类特征性病变.与人类Aβ相比,啮齿动物Aβ的第5,10和13位氨基酸由Arg,Tyr和His分别变为Gly,Phe和Arg.本文采用... 淀粉样蛋白(β-amyloid,Aβ)引起的淀粉样蛋白异常沉积被认为是诱发阿尔茨海默症的因素之一.与人类不同,啮齿动物较少出现这类特征性病变.与人类Aβ相比,啮齿动物Aβ的第5,10和13位氨基酸由Arg,Tyr和His分别变为Gly,Phe和Arg.本文采用分子动力学模拟和Aerolysin纳米孔道单分子分析技术对人类Aβ_(1—15)和啮齿动物Aβ_(1—15)的结构差异进行研究.实验结果表明,与人类Aβ_(1—15)相比,啮齿动物Aβ_(1—15)穿过纳米孔道时具有更低的阻断频率和能垒,证明了Aerolysin纳米孔道可以辨别具有细小结构差异的Aβ多肽分子.本文以硫酸盐K_(2)SO_(4)作为糖胺聚糖(Glycosaminoglycans,GAGs)的简化模型,对Aβ_(1—15)与硫酸根离子的相互作用进行研究.统计分析显示,两种多肽均能与硫酸根离子结合,降低它们被纳米孔道捕获的频率,人类Aβ_(1—15)的捕获频率降低25%,啮齿动物Aβ_(1—15)的捕获频率降低59%.然而,加入硫酸根离子后,两种多肽阻断时间的变化存在明显差异,与未加入硫酸根时相比,人类Aβ_(1—15)的阻断时间延长了14%,啮齿动物Aβ_(1—15)的阻断时间则缩短了7%.由实验结果推测,两种多肽不同的序列和构象导致它们与硫酸根离子结合的方式和强度不同,对过孔行为产生了不同影响.本文研究结果对于筛选用于阿尔茨海默症治疗的小分子抑制类药物具有参考价值. 展开更多
关键词 Β-淀粉样蛋白 气单胞菌溶素 多肽单分子分析 生物纳米孔道
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医学纳米颗粒对类细胞膜作用的仿真研究进展 被引量:1
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作者 顾宁 林绪波 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2013年第10期918-924,共7页
细胞膜是包围细胞质、维持细胞内部组分动态平衡的一个半透膜,参与细胞黏附、离子传导、信号传导等分子生物学过程.类细胞膜提供了有效的模型研究这些生物学过程,故而分子层面上研究医学纳米颗粒对类细胞膜的作用有助于评估纳米颗粒的... 细胞膜是包围细胞质、维持细胞内部组分动态平衡的一个半透膜,参与细胞黏附、离子传导、信号传导等分子生物学过程.类细胞膜提供了有效的模型研究这些生物学过程,故而分子层面上研究医学纳米颗粒对类细胞膜的作用有助于评估纳米颗粒的生物安全性以及促进纳米颗粒的生物医学应用.本文初步探讨了医学纳米颗粒对类细胞膜作用的仿真研究进展,并在此基础上结合膜生物物理学的研究热点对后续的研究进行了展望. 展开更多
关键词 医学纳米颗粒 类细胞膜 吸附 跨膜 仿真
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靶向PD-L1蛋白的计算机辅助药物筛选
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作者 林开东 林晓倩 林绪波 《物理学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2023年第24期58-70,共13页
针对PD-1/PD-L1免疫检查点的单克隆抗体抑制剂逐渐进入市场并在多种类型的肿瘤治疗中取得一定的积极效果.然而,随着应用范围的不断扩展,抗体药物的局限性以及过多同质化研究等问题逐渐显现出来,小分子化合物抑制剂成为了研究者们关注的... 针对PD-1/PD-L1免疫检查点的单克隆抗体抑制剂逐渐进入市场并在多种类型的肿瘤治疗中取得一定的积极效果.然而,随着应用范围的不断扩展,抗体药物的局限性以及过多同质化研究等问题逐渐显现出来,小分子化合物抑制剂成为了研究者们关注的新焦点.本文旨在利用基于配体和基于结构的结合活性预测方法实现针对PD-L1靶点的小分子化合物虚拟筛选,从而帮助加速小分子药物的开发.通过从相关研究文献及专利收集PD-L1小分子抑制活性数据集,根据不同分子表征方法和算法构建机器学习活性判定分类模型和活性强度预测回归模型,两类模型从大型类药小分子库(ZINC15)中筛选获得68种高PD-L1抑制活性候选化合物.其中10种化合物不仅具备良好的药物相似性和药代动力学,还在分子对接中与已报道的热点化合物表现出同等水平的结合强度和相似的作用机制,这一现象在后续分子动力学模拟和结合自由能估计中得到进一步验证.本文提出了一个融合基于配体方法和基于结构方法的计算机辅助药物研发工作流程,其在大型化合物数据库中有效筛选出有潜力的PD-L1小分子抑制剂,有望助力加速肿瘤免疫治疗的应用. 展开更多
关键词 PD-1/PD-L1 虚拟筛选 机器学习 分子动力学模拟
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点击化学介导的细胞膜仿生涂层减轻材料异物反应 被引量:1
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作者 杨铃冰 林绪波 +2 位作者 杨力 李林昊 樊瑜波 《医用生物力学》 CAS CSCD 北大核心 2021年第S01期472-472,共1页
目的合成聚合物纤维支架植入引起的体内异物反应严重影响组织与生物材料的整合、伤口愈合和组织功能的恢复,然而构建长期有效的抗异物反应涂层仍具有挑战。方法为缓解该问题,开发一种细胞膜仿生涂层,以静电纺丝聚苯乙烯微纤维支架为模... 目的合成聚合物纤维支架植入引起的体内异物反应严重影响组织与生物材料的整合、伤口愈合和组织功能的恢复,然而构建长期有效的抗异物反应涂层仍具有挑战。方法为缓解该问题,开发一种细胞膜仿生涂层,以静电纺丝聚苯乙烯微纤维支架为模型基底,将接有叠氮基团的丝素蛋白通过层层自组装沉积在纤维表面,最后通过无铜离子的应变促叠氮-炔基环加成反应(SPAAC)点击化学共价修饰脂质体。结果与物理吸附相比,点击共价键合的脂质体能快速融合。 展开更多
关键词 异物反应 点击化学 聚合物纤维 层层自组装 伤口愈合 共价键合 环加成反应 丝素蛋白
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转移消失蛋白研究进展 被引量:1
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作者 曹萌 叶子琦 +1 位作者 林绪波 顾宁 《科学通报》 EI CAS CSCD 北大核心 2015年第4期356-366,共11页
转移消失蛋白(missing in metastasis,MIM)是一种重要的胞内膜调控蛋白,属于inverse BAR(I-BAR)家族成员,能结合细胞膜并在细胞极化、运动和内吞作用等过程中发挥调节功能,其表达异常与多种疾病尤其是肿瘤发生或转移相关,在神经系统、... 转移消失蛋白(missing in metastasis,MIM)是一种重要的胞内膜调控蛋白,属于inverse BAR(I-BAR)家族成员,能结合细胞膜并在细胞极化、运动和内吞作用等过程中发挥调节功能,其表达异常与多种疾病尤其是肿瘤发生或转移相关,在神经系统、循环系统和生殖泌尿系统中也有一定作用.MIM蛋白的生物学功能包括调节肌动蛋白细胞骨架、与皮动蛋白等其他蛋白相互作用、参与细胞信号通路调控、改变细胞膜形态并促进细胞极化等,在结构上表现出典型I-BAR家族成员特征,借助其N端的I-BAR区域自聚合形成二聚体,促使细胞膜形成伪足状突起,甚至可以调控人造磷脂囊泡,但二聚体的形成也可被靶向的多肽等抑制剂阻断.除作用于蛋白I-BAR,RPTP结合域的特异性多肽外,MIM也可被RNAi干涉,在肿瘤生物治疗领域具有开发潜力.本文回顾了MIM蛋白相关医学研究进展,综述了MIM蛋白已知的生物功能,分析了MIM蛋白靶向治疗及其他应用前景,并提出了可能的研究新方向、新思路. 展开更多
关键词 转移消失蛋白 细胞膜 肿瘤 神经系统 B细胞 肾脏功能 信号传导 靶向药物
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Shape affects the interactions of nanoparticles with pulmonary surfactant 被引量:1
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作者 林绪波 左毅 顾宁 《Science China Materials》 SCIE EI CSCD 2015年第1期28-37,共10页
The interactions with the pulmonary surfactant,the initial biological barrier of respiratory pathway,determine the potential therapeutic applications and toxicological effects of inhaled nanoparticles(NPs). Although m... The interactions with the pulmonary surfactant,the initial biological barrier of respiratory pathway,determine the potential therapeutic applications and toxicological effects of inhaled nanoparticles(NPs). Although much attention has been paid to optimize the physicochemical properties of NPs for improved delivery and targeting,shape effects of the inhaled NPs on their interactions with the pulmonary surfactant are still far from clear. Here,we studied the shape effects of NPs on their penetration abilities and structural disruptions to the dipalmitoylphosphatidylcholine(DPPC) monolayer(being model pulmonary surfactant film) using coarse-grained molecular dynamics simulations. It is found that during the inspiration process(i.e.,surfactant film expansion),shape effects are negligible. However,during the expiration process(i.e.,surfactant film compression),NPs of different shapes show various penetration abilities and degrees of structural disruptions to the DPPC monolayer. We found that rod-like NPs showed the highest degree of penetration and the smallest side-effects to the DPPC monolayer. Our results may provide a useful insight into the design of NPs for respiratory therapeutics. 展开更多
关键词 DPPC NP 肺表面活性剂 纳米颗粒
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