利用生物信息学筛选动脉粥样硬化脂质代谢基因

为挖掘动脉粥样硬化脂质代谢相关基因,从基因表达综合(gene expression omnibus, GEO)数据库中下载数据集,利用加权相关网络分析(weighted correlation network analysis, WGCNA)、差异分析以及韦恩图筛选关键基因,并进行疾病相关性分析.结果显示,10个关键基因HMGCR、HMGCS1、LDLR、DHCR24、DHCR7、SQLE、IDI1、INSIG1、FDFT1、MSMO1与低密度脂蛋白受体(low density lipoprotein receptor, LDLR)呈正相关;HMGCR、DHCR7和INSIG1与白介素10(interleukin-10, IL10)呈正相关;除DHCR7外,其余9个基因与ATP结合盒转运体A1(ATP-binding cassette transporter A1, ABCA1)呈负相关;DHCR24、SQLE、IDI1、INSIG1和FDFT1与过氧化物酶体增殖物激活受体γ(peroxisome proliferator activated receptor gamma, PPARG)呈负相关,差异具有统计学意义(P<0.05).GO和KEGG富集分析显示,关键模块基因主要富集于类固醇、胆固醇和甾醇生物合成及代谢过程.10个关键基因可为动脉粥样硬化有效治疗靶点的筛选与研发提供借鉴作用.

基于生物信息学方法分析GABRD基因在结肠癌中的表达及预后情况

采用生物信息学方法探讨GABRD基因在结肠癌样本中的表达及预后情况。通过UCSC XENA下载33种肿瘤类型和正常组织的RNA序列数据和相关临床数据,使用R软件分析GABRD基因在结肠癌样本中的表达,并筛选共表达基因,对其进行富集分析;分析GABRD基因对结肠癌患者生存及预后的影响,并建立预后列线图;构建GABRD基因的蛋白质-蛋白质相互作用(protein-proteininteraction,PPI)网络并筛选关键模块及枢纽基因,验证枢纽基因的生存及临床诊断价值。结果表明:GABRD基因在结肠癌样本中高表达并影响患者生存,筛选得到369个共表达基因,基因本体论(gene ontology,GO)功能富集发现其主要参与G蛋白偶联等生物学过程,京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集显示其主要参与AMPK等信号通路;构建出由51个节点和523个连接组成的PPI网络,筛选枢纽基因5个,其中2个显著影响生存,5个具有临床诊断价值。综上,GABRD基因在结肠癌样本中高表达,影响结肠癌患者生存及预后,可能是结肠癌发生发展过程中的关键基因。