国家斑马鱼资源中心的资源、技术和服务建设

随着我国斑马鱼研究群体的日益壮大,对各类斑马鱼研究资源和技术的需求日益增加,国家斑马鱼资源中心(China Zebrafish Resource Center,CZRC,网址:http://zfish.cn)于2012年在中国科学院水生生物研究所成立。目前,CZRC已发展成为国内规模最大的单体斑马鱼养殖系统,建成包含1200多个斑马鱼品系和10 000余份冻存精子的斑马鱼资源保藏库,其中有超过200个突变和转基因品系是由CZRC自主创制。在此基础上,CZRC建立了安全规范的斑马鱼养殖和健康平台、高效的基因操作平台和稳定高效的精子冻存平台。CZRC致力于为国内外从事斑马鱼研究的科研人员提供各类服务,包括提供斑马鱼品系等资源服务、转基因和基因敲除等技术服务、养殖和健康等咨询服务,以及技术培训和学术会议服务等。经过5年的建设,CZRC已成为国际学术界公认的全球三大斑马鱼资源库之一。

斑马鱼“裂头病”病原的分离与鉴定及常见疾病诊断

目的斑马鱼是生命科学研究中应用最广的实验动物之一,其健康状况关乎实验数据的质量和结果的可信度。2018年以来,中国斑马鱼鱼房内出现危害性极高的新型鱼病“裂头病”,其病原未知,防治困难。确定“裂头病”的病原,并提出鱼房管理健康建议,可帮助研究者防止鱼病带来的损失。方法对“裂头病”病鱼脑组织进行病原分离,对分离的病原理化特征、16S rDNA同源性进行分析,采用回归感染试验确认病原菌。分析121例鱼病数据,总结中国斑马鱼鱼房各类常见疾病种类及发病因素。结果确定“裂头病”病原为鮰爱德华氏菌。2017至2021年国内斑马鱼鱼房数据显示,50.4%的健康问题由非生物因素直接或者间接导致;致死率最高的问题是气体中毒。在已知病原中细菌性病原最为常见,占比83.46%。结论“裂头病”病原为鮰爱德华氏菌。近一半鱼房健康问题是由非生物因素导致。致病率最高的为细菌性病原。因此,实验室日常工作中,加强设备维护,稳定优良水质,保证卫生管理措施,是防止鱼病发生的主要手段。

敲除trim47基因斑马鱼脑和脾的比较转录组学分析

用CRISPR/Cas9技术敲除斑马鱼(Danio Rerio)的trim47,收集TRIM47~(-/-)(trim47基因敲除)和WT(野生型)斑马鱼的大脑和脾脏进行RNA-seq分析,以鉴定差异表达基因(DEGs)。总共确定了271个DEGs,经过简要分析,将这些DEGs注释为KEGG途径和GO富集分析,与WT组相比, TRIM47~(-/-)组的脑中DEGs集中在细胞黏附和谷氨酸能突触信号传导途径中。在脾脏中,与野生型组相比, TRIM47~(-/-)组的DEGs在补体和凝血级联信号通路中发生了变化。使用qRT-PCR验证了脑和脾中与补体途径相关的基因,与转录组数据一致。这些结果表明, Trim47在脾脏和大脑中起着重要的生物学作用,尤其是通过补体途径参与先天免疫功能。体内感染实验表明, trim47基因敲除可提高斑马鱼中鲤春病毒血症病毒(SVCV)的感染率。总之,这些发现为TRIM成员在先天免疫中的功能提供了新线索。

斑马鱼常用信息网络及数据库建设进展

随着生命科学的快速发展和互联网信息化时代的到来,各类实验动物的信息数据库都在研究工作中凸显出越来越重要的作用。斑马鱼是新兴的模式动物,被越来越广泛的应用于生命科学研究的各个领域。如何对斑马鱼相关科研信息进行整理、展示、挖掘和开发成为信息化建设面临的重要问题。本文对国内外主要的斑马鱼信息数据库进行梳理、总结,重点介绍中国国家斑马鱼资源中心正在开发建设的中国斑马鱼信息中心(CZIN),为我国相关领域的科研人员及管理者提供参考。