丝氨酸蛋白酶抑制剂(SERPIN)家族相关基因在结肠腺癌中预后模型的建立及应用

应用生物信息学方法,构建结肠腺癌(COAD)丝氨酸蛋白酶抑制剂(SERPIN)家族相关基因预后模型。从TCGA数据库和GEO数据库下载结肠腺癌(COAD)转录组和临床数据,根据数据中SERPINs家族基因的表达量对COAD患者进行一致性聚类分析;将数据随机均分为训练集(Train)组和验证集(Test)组,基于两个亚型的差异基因,利用Train组进行COX回归和Lasso回归构建预后模型,根据模型风险评分中位值将样本分为高、低风险两组,绘制高低风险组患者生存曲线;通过ROC曲线评价模型预测能力;利用Test组数据验证模型;构建列线图,评估患者生存率模型预测值与实际值的一致性;并利用利用ESTIMATE算法和CIBERSORT算法评估风险评分和肿瘤微环境(TME)以及免疫浸润的相关性。通过34个SERPIN基因确定了两个亚型,基于2个亚型筛选出了436个预后相关分型差异基因,通过Lasso回归确定出了11个预后相关基因参与风险模型的构建,根据模型评分区分的高低风险组具有明显的生存差异,列线图可以准确预测1、3和5年生存率。肿瘤微环境分析和免疫浸润分析显示高风险评分组患者免疫活性差。SERPIN家族相关基因构建的风险评分模型能够预测COAD的预后,有利于进一步指导临床对COAD的诊治,提高患者生存率。

m^(6)A甲基化修饰在结直肠癌中的研究进展

N^(6)-甲基腺嘌呤(m^(6)A)是真核生物信使RNA中最为广泛的表观遗传修饰,m^(6)A甲基化修饰过程受甲基转移酶、去甲基化酶和m^(6)A识别蛋白酶调控,参与RNA的转录、运输、翻译和降解等过程的调节,其在肿瘤的发生发展过程中也具有重要作用,可影响肿瘤细胞的增殖、分化与迁移。在结直肠癌中,许多m^(6)A相关调控因子存在异常表达,通过改变靶基因转录后甲基化水平调控相关代谢通路的表达发挥促癌或抑癌作用,影响患者的药物治疗和生存预后。因此,未来深入研究m^(6)A甲基化修饰在结直肠癌中的作用机制可以为寻找新的肿瘤标志物和潜在的治疗靶点提供新思路。