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一种基于Filter Faster R-CNN的数字PCR液滴检测技术
1
作者
张一鹏
陈波
+4 位作者
李家奇
梁业东
张华剑
吴文明
张煜
《南方医科大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第2期344-353,共10页
目的研究液滴数字聚合酶链式反应(ddPCR)液滴检测技术,去除图像中灰尘、气泡、芯片表面的划痕以及微小凹陷等因素产生的异常点对结果的影响,实现高通量、稳定和准确的ddPCR液滴的自动检测。方法提出Filter Faster R-CNN ddPCR液滴检测...
目的研究液滴数字聚合酶链式反应(ddPCR)液滴检测技术,去除图像中灰尘、气泡、芯片表面的划痕以及微小凹陷等因素产生的异常点对结果的影响,实现高通量、稳定和准确的ddPCR液滴的自动检测。方法提出Filter Faster R-CNN ddPCR液滴检测模型。使用Faster R-CNN生成液滴预测框,之后使用异常点过滤模块(Filter)去除阳性液滴预测框中的异常点。以诺如病毒片段的质粒为模板进行ddPCR实验,建立一个ddPCR数据集,用于模型的训练(2462例,约占78.56%)和测试(672例,约占21.44%)。对异常点过滤模块的3个过滤支路在验证集上进行消融实验,通过与其他ddPCR液滴检测模型进行比较的对比实验以及进行ddPCR的绝对定量实验。结果在少尘和多尘的环境中,Filter Faster R-CNN阳性液滴准确率为98.23%和88.35%,综合指标F1分数分别达到了99.15%和99.14%,高于其他相比较的模型。独立样本T检验的结果证明,相比未添加过滤模块的网络,添加过滤模块后能够显著提示模型在多尘环境中的阳性准确率。在ddPCR绝对定量实验中,将商业化流式检测设备的结果作为标准浓度,绘制了回归线。结果显示,回归线斜率为1.0005,截距为-0.025,决定系数达到了0.9997,二者结果高度一致。结论本文提出了一种基于Filter Faster R-CNN的ddPCR液滴检测技术,为在多种环境条件下的ddPCR实验提供了鲁棒的液滴检测方法。
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关键词
ddPCR
Filter
Faster
R-CNN
异常点去除
下载PDF
职称材料
环境友好型循环流化床锅炉发展简述
2
作者
段倩
解瑞达
+2 位作者
李强
梁业东
马晓雷
《中国金属通报》
2018年第9期138-139,共2页
循环流化床锅炉由于原料利用率高、污染小、煤种适用范围广等优点,在近30年时间内得到大规模应用,但是随之引发的环境污染问题也不容小视,因此我们要对循环流化床锅炉进行环保改造。
关键词
飞灰颗粒
节能环保
脱硫脱硝
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职称材料
题名
一种基于Filter Faster R-CNN的数字PCR液滴检测技术
1
作者
张一鹏
陈波
李家奇
梁业东
张华剑
吴文明
张煜
机构
南方医科大学生物医学工程学院
南方医科大学广东省医学图像处理重点研究室
南方医科大学广东省医学成像与诊断技术工程实验室
广东省科学院生物与医学工程研究所
五邑大学应用物理与材料学院
五邑大学生物科技与大健康学院
出处
《南方医科大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第2期344-353,共10页
基金
国家自然科学基金(61971213)。
文摘
目的研究液滴数字聚合酶链式反应(ddPCR)液滴检测技术,去除图像中灰尘、气泡、芯片表面的划痕以及微小凹陷等因素产生的异常点对结果的影响,实现高通量、稳定和准确的ddPCR液滴的自动检测。方法提出Filter Faster R-CNN ddPCR液滴检测模型。使用Faster R-CNN生成液滴预测框,之后使用异常点过滤模块(Filter)去除阳性液滴预测框中的异常点。以诺如病毒片段的质粒为模板进行ddPCR实验,建立一个ddPCR数据集,用于模型的训练(2462例,约占78.56%)和测试(672例,约占21.44%)。对异常点过滤模块的3个过滤支路在验证集上进行消融实验,通过与其他ddPCR液滴检测模型进行比较的对比实验以及进行ddPCR的绝对定量实验。结果在少尘和多尘的环境中,Filter Faster R-CNN阳性液滴准确率为98.23%和88.35%,综合指标F1分数分别达到了99.15%和99.14%,高于其他相比较的模型。独立样本T检验的结果证明,相比未添加过滤模块的网络,添加过滤模块后能够显著提示模型在多尘环境中的阳性准确率。在ddPCR绝对定量实验中,将商业化流式检测设备的结果作为标准浓度,绘制了回归线。结果显示,回归线斜率为1.0005,截距为-0.025,决定系数达到了0.9997,二者结果高度一致。结论本文提出了一种基于Filter Faster R-CNN的ddPCR液滴检测技术,为在多种环境条件下的ddPCR实验提供了鲁棒的液滴检测方法。
关键词
ddPCR
Filter
Faster
R-CNN
异常点去除
Keywords
digital droplet ddPCR
Filter Faster R-CNN
anomaly points removal
分类号
TP391.41 [自动化与计算机技术—计算机应用技术]
TP183 [自动化与计算机技术—控制理论与控制工程]
R440 [医药卫生—诊断学]
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职称材料
题名
环境友好型循环流化床锅炉发展简述
2
作者
段倩
解瑞达
李强
梁业东
马晓雷
机构
中北大学朔州校区
出处
《中国金属通报》
2018年第9期138-139,共2页
文摘
循环流化床锅炉由于原料利用率高、污染小、煤种适用范围广等优点,在近30年时间内得到大规模应用,但是随之引发的环境污染问题也不容小视,因此我们要对循环流化床锅炉进行环保改造。
关键词
飞灰颗粒
节能环保
脱硫脱硝
分类号
TK229.6 [动力工程及工程热物理—动力机械及工程]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
一种基于Filter Faster R-CNN的数字PCR液滴检测技术
张一鹏
陈波
李家奇
梁业东
张华剑
吴文明
张煜
《南方医科大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024
0
下载PDF
职称材料
2
环境友好型循环流化床锅炉发展简述
段倩
解瑞达
李强
梁业东
马晓雷
《中国金属通报》
2018
0
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职称材料
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