1株J亚群禽白血病病毒env基因克隆及生物信息学分析

【目的】通过生物信息学方法分析1株禽白血病病毒(Avian Leukosis virus,ALV)的囊膜蛋白env的分子特征。【方法】利用鸡成纤维细胞(DF-1)培养疑似禽白血病病鸡的血清样品,通过ELISA和实时荧光定量PCR鉴定ALV亚群。对env基因PCR产物进行测序,利用SeqMan拼接env基因。将该env基因与国内外多个ALV亚群进行序列比对及遗传进化分析,并借助多种生物信息学软件对env蛋白进行分析,包括理化性质、亲/疏水性、跨膜区、信号肽、糖基化位点、磷酸化位点、乙酰化位点、二级结构、三级结构、抗原决定簇和B细胞抗原表位预测。【结果】ALV-J毒株的env基因全长1719 bp,获得GenBank登录号为OP837418,其与J亚群ALV位于同一进化分支,相似性为89.3%~94.8%。该env蛋白有2个跨膜区,是由572个氨基酸组成的不稳定的亲水蛋白,不稳定系数预测值为43.49,总平均亲水性为―0.201;该env蛋白为非分泌蛋白,无信号肽,有17个N-糖基化修饰位点、77个O-糖基化修饰位点、42个磷酸化修饰位点、21个潜在抗原决定簇和9个连续碱基数超过10个的B细胞线性表位。该env蛋白的二级结构中无规则卷曲占比最大,为38.29%。【结论】env基因是导致ALV遗传变异的关键基因,其编码的囊膜蛋白env具有不稳定性,存在多个蛋白修饰位点和抗原表位。

中国西北地区夏半年(4～9月)降水量特征分析

利用中国西北五省(区)1961—1990年4-9月83个测站月平均降水量资料,采用旋转主成份分析方法,研究中国西北地区降水量的空间分布特征。结果表明,该地区按4—9月降水变化特征可分为6个区:河西走廊区,陕西区,青藏高原东部边缘区,北疆区,青海高原区,南疆区。