VNN1基因在急性髓系白血病中的表达及临床意义

目的通过在线数据库挖掘分析VNN1基因在急性髓性白血病(acute myeloid leukemia,AML)中的表达并探讨其临床意义。方法使用癌症基因图谱(the cancer genome atlas,TCGA)、组织特异性基因表达库(the genotype-tissue expression,GTEx)和高通量基因表达数据集(gene expression omnibus,GEO)等数据库分析VNN1基因在AML患者和正常对照组中的表达水平;通过下载TCGA、GEO数据集中AML患者的数据信息,进行VNN1基因表达水平与临床特征及总体生存期的相关性分析;利用STRING数据库分析VNN1蛋白-蛋白互作网络,并进行GO基因富集和KEGG通路富集分析,通过单样本基因集富集分析(ssGSEA)来评估VNN1与免疫细胞浸润之间的相关性。结果与健康对照组(0.025±0.053)相比,VNN1在AML中显著高表达(3.306±1.991)(P<0.001),且其表达水平与AML患者细胞遗传学风险、FLT3突变状态、NPM1突变状态存在密切关系(P<0.05);ROC曲线表明VNN1的表达水平可以准确区分正常人群和AML患者(曲线下面积为0.969);生存分析结果显示VNN1低表达的AML患者中位生存期为27.4个月,而高表达组中位生存期只有10.1个月,差异有统计学意义(P<0.001)。单因素和多因素COX回归分析均表明高表达的VNN1是AML总体预后的独立危险因素(风险比分别为1.998,1.763)(P<0.05);STRING数据库显示与VNN1相互作用的蛋白有PANK1、PANK3、PANK2、VNN2、VNN3、SERPIN2、TAAR2、TAAR5、TAAR1、STX7。GO功能及KEGG信路通路的富集分析显示VNN1主要参与的生物学过程包括囊泡运输中的核心蛋白复合体相互作用、泛酸和辅酶A生物合成、补体和凝血级联反应过程、血小板活化等。结论通过对在线数据库进行挖掘分析发现,VNN1在AML中显著高表达且与患者总体生存期呈负相关,为进一步深入研究AML发病机制和靶向治疗提供了理论依据。

谷胱甘肽过氧化物酶-1在急性髓系白血病中的表达及临床意义

目的通过在线数据库挖掘分析急性髓系白血病(AML)中谷胱甘肽过氧化物酶-1(GPX1)的表达水平并探讨其临床意义。方法通过癌症基因组图谱(TCGA)数据库、基因组织表达(GTEx)数据库及阿拉巴马大学伯明翰分校癌症分析(UALCAN)数据库检索并下载151例AML患者(AML组)和70例正常受试者(正常对照组)的临床资料,以AML患者骨髓细胞中GPX1表达水平的中位数为界,将151例AML患者分为高表达组(76例)和低表达组(75例)。通过数据库收集所有受试者GPX1表达水平及AML组患者的FAB分型、临床资料(性别、年龄、FLT3突变情况、WBC计数、骨髓及外周血原始细胞比例、细胞遗传学中高风险情况)、中位生存时间、1、2、3年生存期及免疫细胞(未成熟树突状细胞、巨噬细胞、自然杀伤细胞、调节性T细胞、辅助性T细胞、记忆T细胞)的单样本基因集富集分析(ssGSEA)评分。采用受试者工作特征(ROC)曲线进行效能诊断。采用单因素和多因素Cox分析探讨影响AML患者预后的因素。采用Kaplan-Meier生存分析曲线比较高表达组和低表达组AML患者的生存时间。采用Spearman相关分析评估不同免疫细胞ssGSEA评分与AML患者GPX1表达水平的相关性。结果AML组患者GPX1表达水平显著高于正常对照组,GPX1在非M3型AML组患者中表达水平显著高于M3型AML组(P<0.001)。ROC曲线分析结果显示,GPX1预测AML的ROC曲线下面积(AUC)为0.987(95%CI 0.976~0.998),GPX1预测M5型AML的AUC为0.713(95%CI 0.543~0.882)。高表达组AML患者WBC计数高于低表达组(P=0.001)。单因素和多因素Cox分析结果显示,年龄、细胞遗传学及GPX1表达水平均为AML患者预后的独立预测因素(P<0.001)。Kaplan-Meier生存分析曲线结果显示,高表达组患者的中位生存时间低于低表达组(P<0.001)。ROC曲线分析结果显示GPX1表达水平预测AML患者1、2、3年生存期的AUC分别为0.669、0.653、0.636。高表达组患者未成熟树突状细胞、巨噬细胞、自然杀伤细胞、调节性T细胞的富集评分均高于低表达组,辅助性T细胞及记忆T细胞的富集评分均低于低表达组(P<0.01)。Spearman相关分析结果显示,GPX1在AML患者中的表达水平与未成熟树突状细胞、巨噬细胞、自然杀伤细胞、调节性T细胞的富集评分均呈显著正相关,而与辅助性T细胞、记忆T细胞的富集评分均呈显著负相关(P<0.05)。结论通过对在线数据库进行挖掘分析发现,GPX1在AML中显著高表达且与患者预后呈负相关,为AML发病机制研究和抗肿瘤治疗提供了理论依据。