临床诊断为手足口病病例的病原分析326例

目的:分析临床诊断为手足口病的住院患儿的病原分型,为手足口病提供实验室结果佐证,以及为手足口病的临床治疗和预防提供科学依据。方法:通过RT-PCR的方法对医院诊断为手足口病的住院患儿采咽拭子标本进行鉴定分型。结果:326例患儿标本中250例为肠道病毒阳性,其中肠道病毒71型(EV71)201例、柯萨奇A16(CA16)16例、33例未分型;阳性标本中男168例,女82例;年龄段分布为0～1岁62例,1～2岁88例,2～3岁72例,>3岁28例;年龄1个月～6岁,以3岁以下男孩居多;另76例为阴性标本,与临床诊断不符。结论:临床诊断为手足口病的住院患儿的主要病原为EV71,EV71的检测可以为临床诊断和治疗手足口病提供参考和依据。实验室诊断阳性病例以男孩居多。

食物中毒样品中大肠埃希氏菌的分离、检测和鉴定

目的:建立食物中毒样品中大肠埃希氏菌(Escherichia coli)的检测方法,并对分离的大肠埃希氏菌进行生化鉴定和药敏分析。方法:根据E. coli特异性基因设计引物和探针序列,建立荧光定量PCR检测体系,并使用VITEK系统对分离的E. coli进行生化鉴定和药敏分析。结果:成功建立了荧光定量PCR检测E. coli的方法,方法检测灵敏度高(LOD为10 CFU·mL^(-1))、特异性强,应用该方法对10份食物中毒样品中的E. coli进行检测,发现4份阳性样本,纯培养后获取4株E. coli,进一步的VITEK生化鉴定结果表明这4株分离株为E. coli,药敏分析结果显示4株E. coli分离株均表现为多重耐药株。结论:本研究建立的荧光定量PCR能够灵敏、准确地检测食物中毒样品中的E. coli,且通过生化鉴定和药敏分析掌握食物中毒样品中E. coli的生化特征,为预防和控制E. coli引发的食物中毒提供了科学依据。

流水式养殖动物中弧菌和嗜水气单胞菌的PCR法监测

为了解流水式养殖场养殖动物中弧菌和气单胞菌的感染状况,分别针对霍乱弧菌肠毒素A亚单位(ctxA)基因、O139和O1群群特异基因、毒力协同调节菌毛A亚单位基因(tcpA)、中心调节蛋白基因(toxR)、副溶血弧菌不耐热溶血素基因(tlh)、创伤弧菌Vibrio vulnificus溶细胞素基因(vvhA)和嗜水气单胞菌的气溶素基因(aerA)设计引物,建立了聚合酶链式反应(PCR)检测技术,PCR产物经电泳,根据扩增条带的大小和数目,检测和区分霍乱弧菌、嗜水气单胞菌和副溶血弧菌。对南昌沿岸霍乱流行水域及附近养殖场的养殖动物进行了18个月的连续监测,对1 440份水产品的增菌液进行PCR检测,17份检出副溶血弧菌,25份检出霍乱弧菌,创伤弧菌和嗜水气单胞菌均未检出。扩增结果与传统培养检测法的结果一致。监测结果表明,南昌附近地区霍乱弧菌和副溶血弧菌检出率分别为1.74%和1.18%,总体感染状况处于较低水平,但个别养殖品种弧菌检出率较高。

连续性血液滤过对危重型肠道病毒71型感染患儿炎性因子及血流动力学的影响

目的探讨连续性血液滤过对危重型肠道病毒71型感染患儿炎性因子及血流动力学的影响。方法选择2016年3月至2019年3月收治的70例危重型肠道病毒71型感染患儿,按随机数表法分为对照组和观察组,各35例。对照组给予常规对症治疗,观察组实施连续性血液滤过治疗,比较两组治疗效果、炎性因子及血流动力学。结果对照组TNF-α、IL-2、IL-6及IL-10水平均高于观察组,差异有统计学意义(P<0.05);观察组HR低于对照组,且MAP、OI及治疗总有效率高于对照组,差异有统计学意义(P<0.05)。结论危重型肠道病毒71型感染患儿实施连续性血液滤过治疗,能有效提高临床疗效,降低炎性因子水平,改善血流动力学各指标,促进患儿疾病转归。

南昌地区HIV/AIDS患者合并毕氏肠微孢子虫感染现状及基因型分析

目的了解南昌地区HIV/AIDS患者合并毕氏肠微孢子虫感染现状及其基因型,为HIV/AIDS患者治疗提供依据。方法采集南昌市辖区内的3个江西省艾滋病定点治疗医院的HIV/AIDS患者粪便样本,采用巢式PCR扩增毕氏肠微孢子虫的核糖体RNA内转录间隔区序列基因,可疑产物进行双向基因测序和比对,应用Mega 11.0软件基于邻接法绘制系统进化树,根据分析结果鉴定毕氏肠微孢子虫基因型,应用SPSS 22.0软件进行统计学分析。结果共调查382例HIV/AIDS患者,检出毕氏肠微孢子虫阳性6例,感染率为1.6%(6/382),6例阳性患者均为男性,不同性别、年龄、职业、文化程度、饮食及卫生习惯人群感染率差异均无统计学意义(P均>0.05);6个毕氏肠微孢子虫阳性样本经基因测序构建系统发育进化树,通过种群发育分析显示,所有基因型均属于组1。结论南昌地区HIV/AIDS患者检出的毕氏肠微孢子虫基因型均属于组1,应加强对南昌地区HIV/AIDS患者毕氏肠微孢子虫感染的监测力度。

高通量测序在鸟类肠道微生物中的研究进展

鸟类作为分布广泛、种群数量庞大和高度多样化的物种之一,在病原体传播中发挥了重要作用。本文综述了基于高通量测序技术的3种测序策略(16S rDNA测序、宏基因组测序和宏转录组测序)的特点及其在鸟类肠道菌群多样性、抗生素抗性基因和病原微生物发现中的应用,并对未来发展趋势进行了展望。

2015—2017年南昌市手足口病疫情病原学分析

目的分析2015年至2017年南昌市手足口病原学构成,为手足口病疫情的防控提供科学依据。方法利用商品化试剂对肠道病毒的PE、EV71、CoxA16等基因片段进行检测,对检测结果进行分析。结果临床诊断为手足口病的实验室确诊病例3年分别为52.2%、59.9%、55.7%;EV71、CoxA16是手足口病的主要病原体,但PE阳性比重较大,3年分别达到45.9%、35.9%、58.5%;发病以3岁以下为主,发病年龄最小的10 d、最大40岁。结论手足口病发病年龄以3岁以下为主,EV71、CoxA16是主要病原体。

烧伤早期创面细菌菌种分布及临床意义

目的 探讨近年来笔者单位烧伤早期创面细菌菌种分布和临床意义。 方法 2 15例严重烧伤患者 ,在烧伤后 6d内作首次创面细菌培养和药物敏感试验。 结果 (1)检出细菌 12 2株 ,其中革兰阴性菌 6 2株 ,革兰阳性菌 6 0株 ;这些细菌包括凝固酶阴性葡萄球菌 2 8株 (占 2 3% ) ,金黄色葡萄球菌 2 7株 (2 2 % ) ,铜绿假单胞菌 17株 (14 % ) ,大肠埃希菌 11株 (9% ) ,肠杆菌属 10株 (8% ) ,肠球菌属 9株 (7% ) ,霉菌 3株 (2 .5 % ) ,其他 17株 (14 .5 % ) ;(2 )对氨苄青霉素、苯唑青霉素钠、羟氨苄青霉素 克拉维酸耐药的金黄色葡萄球菌耐药率分别为 81%、38%和 31% ,对亚胺培南和头孢他啶耐药的铜绿假单胞菌分别占 11%和 16 % ;(3)革兰阳性球菌对万古霉素及去甲万古霉素、氯霉素、替考拉宁 (Teicoplanin)、甲氧苄啶 磺胺甲基异唑、利福平的敏感率分别达到 10 0 %、10 0 %、10 0 %、94 %和88% ;革兰阴性杆菌对美罗培南、亚胺培南、丁胺卡那霉素、头孢吡肟、头孢哌酮 舒巴坦、头孢他啶的敏感率分别为 91%、90 %、81%、78%、71%和 70 % ;铜绿假单胞菌对头孢哌酮 舒巴坦、头孢他啶、妥布霉素、美罗培南、环丙沙星、丁胺卡那霉素、头孢吡肟的敏感率在 82 %～ 91%之间 ;MRSA对万古霉素及去甲万古霉素全部敏感?

2013-2018年南昌市重症肺炎病例中甲型流感病毒感染状况分析

目的分析南昌市重症肺炎病例的甲型流感病毒分布特征和发病特点,为重症肺炎病例的临床防治提供依据。方法收集2013年4月～2018年3月南昌市重症肺炎病例的呼吸道样本和病例资料,进行病原学和流行病学分析。结果 2013年4月～2018年3月共检测来自南昌市17家医疗机构的261例重症肺炎病例,检出甲型流感病毒核酸阳性77例,总阳性率为29. 50%。其中包括39例新甲H1NI病例、13例季节性H3、16例人感染H7N9禽流感、3例人感染H10N8禽流感。甲型流感病毒重症肺炎病例主要发生在冬春季(12月至次年5月),年龄中位数48岁,其中男性48例,女性31例。2013-2018年南昌市报告21例人感染H7N9/H10N8禽流感病例,90. 48%(19/21)的病例通过不明原因肺炎监测发现,病死率33. 33%。结论南昌市重症肺炎病例中近三成感染甲型流感病毒,其中新甲H1NI流感病毒为主要流行株,死亡病例均为禽流感病毒感染。

2013—2018年江西省南昌市重症肺炎病例流行病学特征分析

目的分析江西省南昌市重症肺炎病例的流行病学特征,为重症肺炎病例的临床防治提供依据。方法收集2013年4月至2018年3月南昌市重症肺炎病例的呼吸道样本和病例资料,进行病原学和流行病学分析。结果来自17家南昌市医疗机构的261例重症肺炎病例,检出流感病毒核酸阳性81例,阳性检出率为31.03%。其中包括新甲H1(43例)、季H3(13例)、人感染H7N9禽流感(18例)、人感染H10N8禽流感(3例)和乙型流感(4例)。重症肺炎病例主要集中在冬春季(12月至次年5月),男女性别比为1.69∶1。病例年龄最小为1月龄,最大为95岁。21例人感染H7N9/H10N8禽流感病例,病死率33.33%。90.48%(19/21)的病例通过不明原因肺炎监测发现,年龄中位数为69岁,大部分病例有基础性疾病和明确禽类接触史。结论南昌地区重症肺炎病例流感病毒以新甲H1流感病毒流行为主,应及时发现新型流感病毒,坚持监测工作常态化,做好传染病防控工作。

2012年江西省南昌市手足口病病原学监测结果分析

目的分析江西省南昌市2012年临床诊断为手足口病患者标本的病原学检测结果,为手足口病的临床诊治和防控提供实验室依据。方法采用实时荧光定量反转录-聚合酶链反应(real time RT-PCR)对2012年1—12月间1028例医院诊断为手足口病的患者标本核酸进行鉴定分型,并统计分析。结果临床诊断为手足口病的患者标本1028份中,632份为肠道病毒通用阳性,总阳性率为61.48%,其中肠道病毒71型(EV71)、柯萨奇病毒A组16型(Cox A16)、EV71和Cox A16混合感染、其他肠道病毒阳性检出率分别为39.0%、10.21%、0.09%和12.16%。病原学检测阳性标本中男女性别比为1.8∶1;发病年龄段主要集中在5岁以下儿童(94.36%),尤其是3岁以下男童。结论 2012年南昌地区手足口病的主要病原体为EV71,且较2009—2011年有上升趋势。

南昌市2010—2013年手足口病聚集性疫情流行特征分析

目的了解南昌市2010—2013年手足口病聚集性疫情流行特征,为制定相应的防控措施提供科学依据。方法收集2010—2013年南昌市手足口病聚集性疫情信息,应用描述性流行病学方法进行数据处理。结果 2010—2013年南昌市共报告聚集性疫情195起,累计报告病例586例。聚集性疫情数和病例数均集中在城区;3—6月为聚集性疫情发生高峰期,9月为小高峰;疫情发生场所以幼托机构为主(68.2%);手足口病聚集性疫情2010—2013年在地区和场所间分布差异有统计学意义(χ2值分别为9.085,20.636,P值均<0.05)。采集病例标本367份,阳性率为59.13%(217/367),阳性标本中以肠道病毒71型(EV71型)为主(54.38%)。2010年以柯萨奇病毒A16型(Cox A16型)和其他肠道病毒为主,2011—2013年以EV71型肠道病毒为主。结论应继续加强城区、幼托机构手足口病发病监测,及时发现聚集性疫情,同时加强手足口病病原监测工作,了解病原变异情况。

一起由肠侵袭性大肠埃希菌O136∶K78引起的聚集性腹泻暴发

目的明确聚集性食源性腹泻暴发的病原。方法根据现场流行病学调查,对患者肛拭子标本18份,粪便标本2份,厨师粪便标本1份,进行分离培养,对分离到的可疑病原菌进行生化鉴定,采用Real-time PCR技术检测可疑病原菌的ipaH毒力基因,同时进行脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型分析。结果分离到11株血清型为O136∶K78的肠侵袭性大肠埃希菌,除1份肛拭子外,其余7份患者肛拭子、3份粪便标本Real-time PCR均阳性;除1株菌外,其余10株菌株的PFGE带型一致。结论具有侵袭性相关基因ipaH的O136∶K78肠侵袭大肠埃希菌是本次聚集性腹泻暴发的主要原因。

2011年-2015年南昌市流感监测哨点医院病原学检测结果分析

目的了解2011年-2015年南昌市流感病毒流行情况,为科学制定流感防控策略提供参考依据。方法收集2011年1月-2015年12月南昌市哨点监测医院流感样病例标本,采用实时荧光定量反转录PCR（real-time RTPCR）反应进行病毒核酸检测分型,阳性标本接种MDCK细胞进行病毒分离,血凝抑制实验鉴定。结果共检测流感标本核酸3 856份,阳性标本829份,阳性率为21.5%;其中新甲型H1N1、季节性H3、B型阳性率分别为4.69%、10.8%、5.9%。各年度阳性率差异有统计学意义（χ2=160.38,P〈0.01）。不同年龄组流感病毒检出结果差异有统计学意义（χ2=12.93,P〈0.01）,其中以5岁~年龄组阳性率最高（25.8%）,0岁~年龄组阳性率最低（14.6%）。流感病毒在各监测年度冬春交季有1个流行高峰。结论南昌市2011年-2015年有3种毒株呈现共同或先后交替流行。新型人禽流感病毒的活跃对南昌市流感病毒流行态势造成了一定的影响。

2011年南昌市乙型流感病毒HA1基因特征分析

目的了解南昌市2011年乙型流感病毒HA1基因的特征,探讨2011年流感监测季乙型流感病毒的分子流行病学特征。方法按照采样时间,选取南昌市2011年从犬肾传代细胞(MDCK)培养分离到的乙型流感毒株共25株,提取病毒核糖核酸(ribonucleic acid,RNA),反转录-聚合酶链反应(reverse transcription-polymerase chainreaction,RT-PCR)扩增HA1基因片段,产物纯化测序,进行基因进化特性分析。结果 2011年南昌市流行的乙型流感病毒优势株为Victoria系病毒(84%)。与北半球国际疫苗株B/Brisbane/60/2008相比,2011年南昌市流行的Victoria系乙型流感病毒HA1片段有8个氨基酸位点发生了变异,其中T197D氨基酸变异涉及抗原决定簇的B区。与北半球国际疫苗株B/Wisconsin/1/2010相比,Yamagata系流感病毒HA1片段有19个氨基酸位点发生了替换,其中R130K、T165N、Q195R、Q196T,氨基酸变异涉及A、C、D三个抗原决定簇。结论 2011年南昌市流行的乙型流感病毒优势株属Victoria系,分离到的Yamagata系毒株血凝素基因发生了明显变异,Victoria系毒株血凝素基因未发生明显的变异。

南昌市1例输入性登革热病例的型别鉴定及基因特征

目的通过实验室检测技术分析1名输入性发热病例的病毒性病原体,并判定其型别,为临床防治提供实验室依据。方法将采集到的血标本采用实时荧光定量聚合酶链式反应(Real time PCR)检测登革病毒核酸,使用通用引物和型特异性引物行逆转录-套式PCR扩增保守区域特异性核酸片段进行型别鉴定,通过登革病毒E基因扩增和序列测定对登革病毒进行亚型基因分型。结果病例血标本核酸经RT-PCR和逆转录-套式PCR方法鉴定为登革病毒2型(DENV-2),基因分类属于DENV-2全球型。结论该例输入性疑似登革热病例系DENV-2全球型引起。

南昌市市售水产品中副溶血性弧菌的污染状况及耐药性和分子分型

目的 了解南昌市市售水产品中副溶血性弧菌的污染状况和耐药性、毒力基因携带情况及分子分型特征。方法 2021年3—9月采集南昌市各农贸市场市售小龙虾、淡水鱼蛙及相关涂抹样本170份,分离副溶血性弧菌菌株,进行抗生素耐药检测、毒力基因检测以及采用脉冲场凝胶电泳(Pulsed-Field GelElectrophoresis,PFGE)进行分子分型分析。结果 在采集的样品中,仅在小龙虾和小龙虾涂抹样本中分离到副溶血性弧菌,总共分离副溶血性弧菌35株,其他淡水鱼、蛙及其涂抹样品均未分离到副溶血性弧菌。针对受试的17种常见抗生素,35株副溶血性弧菌中仅有2株显示对氨苄西林耐药、1株对链霉素耐药,而对其他抗生素均敏感;35株副溶血性弧菌都携带tlh基因,但只有1株携带耐热相关溶血毒素基因trh,未发现直接耐热溶血毒素基因tdh阳性菌株;PFGE图谱聚类显示没有PFGE图谱完全一致的菌株,且这些菌株中没有明显的优势簇,亲缘关系较为疏远。结论 南昌市售水产品中小龙虾中副溶血性弧菌污染比较严重。这些污染小龙虾的副溶血性弧菌菌株一般不携带tdh等关键毒力基因,对常见抗生素较为敏感,仅对氨苄西林和链霉素存在低水平耐药。PFGE图谱聚类显示副溶血性弧菌没有明显的优势簇,这些菌株具有丰富的遗传多样性,显示具有不同的来源。

一起肠炎沙门菌引起的食物中毒事件的病原学检测及溯源

目的通过实验室检测分析,查明某起食物中毒事件的原因,为今后防控细菌性食物中毒提供参考。方法针对各县区送检的病人肛拭子或粪便、市场监督管理局送检的食品样本进行食源性致病菌PCR检测、分离培养、生化鉴定、血清学分型、药敏实验、脉冲场凝胶电泳(PFGE),分析不同菌株之间的同源性。结果 61份临床及食品样本经荧光定量PCR检测,59份为沙门菌阳性,并分离鉴定到59株沙门菌,经血清分型确认均为肠炎血清型,59株肠炎沙门菌的药敏结果大致相同,PFGE带型完全一致。结论本次食物中毒事件是由于患者食用了经相同肠炎沙门菌污染的食物引起的,通过PFGE基因分型技术,对本次肠炎沙门菌引起食物中毒事件成功溯源。