秦川牛TRAF6基因多态及其与体尺性状的关联分析

牛TRAF6基因位于15号染色体上,含有七个外显子,共编码902个氨基酸,是生长发育相关的候选基因。本研究旨在分析陕西地区秦川牛TRAF6基因多态及其与体尺性状之间的关系。本研究针对秦川牛TRAF6基因外显子及部分非编码序列设计引物,利用DNA池做为模板扩增测序,在第六内含子17 628bp处发现1个SNP。通过运用PCRRELP方法对该位点多态进行分析,结果发现存在2种基因型,分为TT和TC。TT的基因型频率为0.9574,TC的基因型频率0.0426;等位基因T的频率为0.9787,等位基因C的频率为0.0213,TT的基因型频率显著高于基因型TC,为优势基因型,TT基因型个体各体尺性状数据普遍高于TC基因型个体。本研究首次对陕西地区秦川牛的TRAF6基因进行了多态性分析,在第六内含子处发现了基因突变位点,且该突变位点与秦川牛体尺和体重等重要生长性状有关,可以作为分子标记辅助选择的参考。

m^(6)A修饰相关lncRNA与宫颈癌的预后不良及免疫治疗的相关性分析

目的本研究旨在通过挖掘宫颈癌TCGA数据库,分析N6-甲基腺嘌呤(N6-methyladenosine,m^(6)A)修饰相关长链非编码RNA(lncRNA)与宫颈癌预后不良及免疫治疗的相关性,从而有效地评估宫颈癌患者的预后和宫颈癌免疫治疗的可行性。方法基于TCGA数据库宫颈癌样本,利用生物信息学的方法鉴定与宫颈癌预后相关的m^(6)A修饰相关lncRNA,并以此构建宫颈癌的预后风险模型。结果从304例患者样本中筛选出343个m^(6)A修饰相关lncRNA,通过单因素Cox回归分析得到26个m^(6)A修饰相关lncRNA与宫颈癌患者预后相关,并利用Lasso回归分析得到7个m^(6)A修饰相关lncRNA(DLEU1、AC099850.4、DDN-AS1、EP300-AS1、AC131159.1、AL441992.2、AL021707.6)用以构建预后风险模型。Kaplan-Meier曲线显示低风险组的OS高于高风险组(P<0.001);ROC曲线下面积(AUC)表明本风险模型准确性高、可信度强;多因素Cox分析显示风险评分是评估宫颈癌患者预后的独立因素。TIDE评分预测高风险组接受免疫治疗后获益更大。免疫检查点PD1与DDN-AS1等m^(6)A修饰相关lncRNA表达相关,且在高风险组中表达更高(P<0.05)。结论基于上述7个m^(6)A修饰相关lncRNA构建的预后风险模型能够有效预测宫颈癌患者的预后,并能评估以PD1为靶点的免疫治疗疗效。

TRIM5高表达与胶质瘤患者不良预后和免疫浸润的相关性研究(英文)

三结构域蛋白家族5(TRIM5)在自噬中起重要作用,并参与免疫和肿瘤进程,然而TRIM5在神经胶质瘤中的功能尚不清楚。本研究旨在通过生物信息学分析来评估TRIM5在胶质瘤中的作用。本研究神经胶质瘤数据库临床样本包括低级别神经胶质瘤(LGG)与多形性成胶质细胞瘤(GBM)。通过Oncomine、基因表达谱交互分析(GEPIA)和癌症基因组图谱(TCGA)数据库探寻了TRIM5在胶质瘤组织中的表达。基于TCGA数据库,我们利用生存分析和多因素Cox回归分析评价TRIM5的预后作用。利用STRING数据库预测TRIM5相关蛋白网络,并通过KEGG富集分析预测TRIM5在胶质瘤中的潜在分子通路。此外,采用CIBERSORT和TIMER数据库进行免疫浸润分析。结果表明,与Oncomine、GEPIA和TCGA数据库中的正常样本相比,神经胶质瘤样本中的TRIM5表达明显上调。生存分析结果显示,较高的TRIM5表达与LGG+GBM患者以及LGG患者较差的总体生存(OS)有关,但与GBM患者OS无关。临床相关性分析结果显示,TRIM5表达与年龄(χ2=44.31,P<0.001)、病理学分级(χ2=130.10,P<0.001)以及组织学类型(χ2=125.50,P<0.001)具有相关性。多因素Cox风险分析结果显示TRIM5表达(HR=1.48,95%CI=1.20~1.80,P<0.001)、年龄(HR=1.05,95%CI=1.03~1.10,P<0.001)以及病理学分级(HR=3.11,95%CI=2.30~4.20,P<0.001)是胶质瘤患者(LGG+GBM)预后的独立危险因素;TRIM5表达(HR=1.82,95%CI=1.42~2.32,P<0.001)、年龄(HR=1.06,95%CI=1.05~1.08,P<0.001)、病理学分级(HR=1.92,95%CI=1.22~3.01,P=0.005)以及组织学类型(HR=0.71,95%CI=0.57~0.89,P=0.003)是LGG患者的独立预后因素。相互作用网络分析发现,IRF3、IRF7、OAS1、OAS2、OAS3、OASL、GBP1、PML、BTBD1以及BTBD2蛋白与TRIM5具有相互作用。此外,KEGG分析还发现细胞凋亡、肿瘤以及免疫相关通路在TRIM5升高时显著富集。免疫浸润分析显示,TRIM5表达可以影响胶质瘤中活化NK细胞、单核细胞、活化肥大细胞、巨噬细胞等免疫细胞浸润水平。以上结果提示,TRIM5在胶质瘤组织中显著上调,并与预后不良和免疫浸润相关。TRIM5可能作为神经胶质瘤预后与指导免疫治疗的生物标志物。