2021-2023年广东省食物中毒来源金黄色葡萄球菌耐药特征与全基因组分析

目的分析2021-2023年广东省疾病预防控制中心收到的食物中毒来源金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus,SA)耐药特点、分子特征与同源性。方法使用VITEK 2 Compact全自动微生物生化鉴定仪进行菌株鉴定。使用微量肉汤稀释法进行药敏试验。利用全基因组测序技术揭示菌株的分子流行特征。使用多位点序列分型(Multilocus sequence typing,MLST)与系统发育分析菌株间同源性。结果8起SA食物中毒事件主要发生在春季(62.5%,5/8);导致中毒的食物类型主要为肉蛋制品(87.5%,7/8)。耐药分析结果表明75株SA均对青霉素耐药,对其他10种药物大部分敏感(76.0%~100.0%);使用耐药基因ErmB、BlaZ、MecA、TetM、Ant6预测SA对红霉素、青霉素、苯唑西林、四环素与庆大霉素耐药性,其总体符合率较高(94.7%)。MLST分析结果显示8起食物中毒来源SA的主要ST型为ST7、ST6与ST45;同一起食物中毒事件来源株同源率为80.5%~100.0%,系统发育进一步提示不同地级市食物中毒来源SA存在传播现象。结论SA所致食物中毒事件春季高发,肉蛋制品为主要致病食物;食物中毒来源SA均对青霉素耐药,且携带多种毒素基因;同一起食物中毒来源SA同源性较高,不同地区食物中毒来源菌株存在传播现象。

广东省2018-2022年侵袭性非伤寒沙门菌病原学特征分析

目的了解2018-2022年广东省侵袭性非伤寒沙门菌(iNTS)的血清型分布、耐药性以及分子流行情况,为沙门菌侵袭性感染的防治提供科学依据。方法对2018-2022年广东省分离自血液和粪便样本的沙门菌进行血清学鉴定、药敏试验、多位点序列分型(MLST)和全基因组测序。同时利用微生物基因注释系统对测序结果开展耐药基因与毒力因子注释。结果136株iNTS分为25种血清型,肠炎沙门菌占38.24%(52/136)。以鼠伤寒变种沙门菌作为对照计算其余iNTS血清型的OR值,奥雷宁堡、里森和波摩那3种沙门菌血清型的OR值较高,分别为423.50、352.92和211.75。iNTS耐药率在0.74%~66.91%之间,普遍低于非iNTS株(3.90%~77.21%)。iNTS耐药以氨苄西林和四环素为主,耐药率分别为66.91%(91/136)和50.00%(68/136),而对环丙沙星(5.88%,8/136)、头孢他啶(5.88%,8/136)、庆大霉素(5.13%,7/136)和头孢西丁(0.74%,1/136)耐药率较低。iNTS携带多种耐药基因与毒力因子,但尚未发现共同毒力因子分布特征。MLST聚类分析显示,iNTS分为26种序列型别,ST11型占38.24%(52/136)。结论2018-2022年广东省iNTS以肠炎沙门菌为主,其中奥雷宁堡、里森和波摩那3种血清型可能与更高的侵袭性感染风险有关。iNTS对临床一线治疗药物(头孢类和氟喹诺酮类抗生素)敏感,序列呈现高度多样性且具有明确的系统发育分支,以ST11型为本地优势克隆群。

新型冠状病毒南非B.1.351变异株的分离与分子特征分析

2020年12月广州市第八人民医院收治了1例南非输入性COVID-19病例,经检测为SARS-CoV-2核酸阳性的实验室确诊病例。本研究使用Vero-E6细胞,对该病例咽拭子样本进行病毒分离,逐日观察,咽拭子接种的细胞管3d开始出现细胞融合样细胞病变(Cytopathic effect,CPE),5d出现完全CPE后再进行第二代接种,2d出现病变,提取核酸进行鉴定,为SARS-CoV-2阳性。第2代复传的SARS-CoV-2病毒株TCID50测定结果为5.5log TCID50/0.1mL~5.8log TCID50/0.1mL。对分离毒株经采用三代测序成功获得全基因组序列,进化分析结果为与参考毒株Wuhan/Hu-1/2019相比共发生30个碱基的变异、18个氨基酸的突变和18个碱基的缺失,比对结果显示分离到的毒株为SARS-CoV-2南非B.1.351变异株。