试验旨在通过网络药理学的挖掘功能对乌锦颗粒治疗羔羊痢疾的有效成分进行筛选,并对其潜在作用靶点和可能的通路进行阐释。依据中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)解析乌锦颗粒各单味药的主要有效化合物,同时查找其所对应的靶点,没...试验旨在通过网络药理学的挖掘功能对乌锦颗粒治疗羔羊痢疾的有效成分进行筛选,并对其潜在作用靶点和可能的通路进行阐释。依据中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)解析乌锦颗粒各单味药的主要有效化合物,同时查找其所对应的靶点,没有靶点的化合物再次通过Swiss Target Prediction数据库对其靶点进行预测,最后得到有事实靶点的化合物及其对应靶点蛋白,采用Cytoscape 3.7.1软件构建有效成分-靶点蛋白网络图;将筛选出的靶点蛋白上传至String在线数据库,构建乌锦颗粒作用于羔羊(Ovis aries)痢疾的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)图,最后将PPI网络中的核心靶点上传至DAVID数据库进行GO功能和KEGG通路富集分析,同时进行基因功能聚类分析。结果显示,共筛选出有事实靶点的化合物22种,包括山奈酚、豆甾醇、花生四烯酸甲酯、槲皮素及鞣花酸等,化合物对应靶点蛋白去重后共计129个;PPI网络图显示节点数为74,边数为287,平均节点度为7.76,核心靶点蛋白共计67个,包括INSR、NR3C1、ESR1、PLG及PGR等;GO功能富集分析得到与生物过程(BP)相关的条目54个(FDR<0.05),与细胞成分(CC)相关的条目11个(FDR<0.05),与分子功能(MF)相关的条目22个(FDR<0.05),GO功能富集基因计数较多的条目有转录(transcription)、质膜(plasma membrane)及锌离子结合(zinc ion binding)等;KEGG通路富集结果涉及50个基因,基因协同参与的调控通路43条,涉及基因较多的有神经活性配体-受体相互作用(neuroactive ligand-receptor interaction)、癌症的途径(pathways in cancer)及补体和凝血级联(complement and coagulation cascades)等;基因功能分类结果显示,64个核心靶基因中有12个基因具有聚类结果,将其分为功能不同的2组,分别为聚类1组(富集分数6.11,涉及7个核心靶基因)和聚类2组(富集分数2.84,涉及5个核心靶基因)。综上,乌锦颗粒可能是通过多种化合物作用于多种不同的靶点,参与多种通路的调节来实现对羔羊痢疾的治疗机制。展开更多
为探究鱼腥草芩蓝口服液潜在活性成分的清热抗炎机制,通过中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)收集鱼腥草芩蓝口服液5味中药的有效成分和作用靶...为探究鱼腥草芩蓝口服液潜在活性成分的清热抗炎机制,通过中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)收集鱼腥草芩蓝口服液5味中药的有效成分和作用靶点,构建化合物-靶点网络图、蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图以及靶点通路图。结果共筛选出24种化合物,包括异热马酮、黄芩黄酮Ⅱ、依靛蓝酮、毛果芸香苷、连翘醇等,筛选到与24种化合物相关的作用靶点79个。PPI网络包含43个靶点蛋白,包括ESR1、NCOA1、HSP90AA1、PTGS2、NOS3、MAPK14等关键靶点。富集分析得到与生物过程相关的GO条目64个(FDR<0.05),与分子功能相关的GO条目17个(FDR<0.024),与细胞成分相关的GO条目4个(FDR<0.41)。以P<0.01为标准筛选出显著性富集的GO条目,得到参与清热抗炎的生物过程有:血液循环、雌激素调节、突触后膜调控等。KEGG分析得到5条信号调控通路,包括禽孕酮介导的卵母细胞成熟通路、禽神经细胞膜配体-受体信号通路、血管内皮生长因子信号通路等。初步揭示鱼腥草芩蓝口服液复方中5味中药的24种化合物的基本药理作用,即鱼腥草芩蓝口服液可能是通过调控卵母细胞成熟过程、禽神经细胞膜配体-受体信号调节过程、血管内皮生长因子信号调节过程等实现其清热抗炎作用,具体机制尚需要进一步试验验证。展开更多
文摘试验旨在通过网络药理学的挖掘功能对乌锦颗粒治疗羔羊痢疾的有效成分进行筛选,并对其潜在作用靶点和可能的通路进行阐释。依据中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)解析乌锦颗粒各单味药的主要有效化合物,同时查找其所对应的靶点,没有靶点的化合物再次通过Swiss Target Prediction数据库对其靶点进行预测,最后得到有事实靶点的化合物及其对应靶点蛋白,采用Cytoscape 3.7.1软件构建有效成分-靶点蛋白网络图;将筛选出的靶点蛋白上传至String在线数据库,构建乌锦颗粒作用于羔羊(Ovis aries)痢疾的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)图,最后将PPI网络中的核心靶点上传至DAVID数据库进行GO功能和KEGG通路富集分析,同时进行基因功能聚类分析。结果显示,共筛选出有事实靶点的化合物22种,包括山奈酚、豆甾醇、花生四烯酸甲酯、槲皮素及鞣花酸等,化合物对应靶点蛋白去重后共计129个;PPI网络图显示节点数为74,边数为287,平均节点度为7.76,核心靶点蛋白共计67个,包括INSR、NR3C1、ESR1、PLG及PGR等;GO功能富集分析得到与生物过程(BP)相关的条目54个(FDR<0.05),与细胞成分(CC)相关的条目11个(FDR<0.05),与分子功能(MF)相关的条目22个(FDR<0.05),GO功能富集基因计数较多的条目有转录(transcription)、质膜(plasma membrane)及锌离子结合(zinc ion binding)等;KEGG通路富集结果涉及50个基因,基因协同参与的调控通路43条,涉及基因较多的有神经活性配体-受体相互作用(neuroactive ligand-receptor interaction)、癌症的途径(pathways in cancer)及补体和凝血级联(complement and coagulation cascades)等;基因功能分类结果显示,64个核心靶基因中有12个基因具有聚类结果,将其分为功能不同的2组,分别为聚类1组(富集分数6.11,涉及7个核心靶基因)和聚类2组(富集分数2.84,涉及5个核心靶基因)。综上,乌锦颗粒可能是通过多种化合物作用于多种不同的靶点,参与多种通路的调节来实现对羔羊痢疾的治疗机制。
文摘为探究鱼腥草芩蓝口服液潜在活性成分的清热抗炎机制,通过中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)收集鱼腥草芩蓝口服液5味中药的有效成分和作用靶点,构建化合物-靶点网络图、蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图以及靶点通路图。结果共筛选出24种化合物,包括异热马酮、黄芩黄酮Ⅱ、依靛蓝酮、毛果芸香苷、连翘醇等,筛选到与24种化合物相关的作用靶点79个。PPI网络包含43个靶点蛋白,包括ESR1、NCOA1、HSP90AA1、PTGS2、NOS3、MAPK14等关键靶点。富集分析得到与生物过程相关的GO条目64个(FDR<0.05),与分子功能相关的GO条目17个(FDR<0.024),与细胞成分相关的GO条目4个(FDR<0.41)。以P<0.01为标准筛选出显著性富集的GO条目,得到参与清热抗炎的生物过程有:血液循环、雌激素调节、突触后膜调控等。KEGG分析得到5条信号调控通路,包括禽孕酮介导的卵母细胞成熟通路、禽神经细胞膜配体-受体信号通路、血管内皮生长因子信号通路等。初步揭示鱼腥草芩蓝口服液复方中5味中药的24种化合物的基本药理作用,即鱼腥草芩蓝口服液可能是通过调控卵母细胞成熟过程、禽神经细胞膜配体-受体信号调节过程、血管内皮生长因子信号调节过程等实现其清热抗炎作用,具体机制尚需要进一步试验验证。