赤水乌骨鸡PTGDS基因克隆、序列特征及组织表达分析

为研究赤水乌骨鸡PTGDS基因的结构和功能,检测其在赤水乌骨鸡不同组织、胸肌和腿肌中的表达情况,探究PTGDS基因对赤水乌骨鸡肉质性能的影响。运用RT-PCR获得PTGDS基因CDS序列,对其氨基酸序列进行生物信息学分析,揭示其结构特征和亲缘关系,同时通过qPCR检测赤水乌骨鸡PTGDS基因在同一时期不同组织中的表达特性。结果显示,赤水乌骨鸡PTGDS基因编码区长558 bp,编码186个氨基酸,保守性分析发现赤水乌骨鸡PTGDS基因与原鸡的同源性最高,核酸和氨基酸序列比对同源性分别为100%;系统进化分析发现,赤水乌骨鸡与原鸡的亲缘关系最近,与黑天鹅和鸿雁的亲缘关系最远。PTGDS基因在各组织中均有表达,在肾中的表达量最高,显著高于其他组织(P<0.05);肌肉中腿肌的表达量高于胸肌,但差异不显著(P>0.05)。研究结果可为进一步揭示PTGDS基因的功能和调控机制提供参考。

无量山乌骨鸡HMOX 1基因克隆、生物信息学分析及组织表达研究

【目的】扩增无量山乌骨鸡血红素加氧酶1(heme oxygenase 1,HMOX1)基因CDS区并进行生物信息学分析,检测其组织表达特征,为后续该基因的功能研究奠定基础。【方法】以无量山乌骨鸡皮下脂肪组织cDNA为模板,PCR扩增HMOX 1基因,连接PESI-T载体后进行测序分析,使用DNAMAN软件对所获序列进行翻译并与原鸡进行序列比对;使用BLAST、Mega 7.0、SOPMA、ProtParam和ExPASy等在线软件进行相似性比对、系统进化树构建、编码蛋白的理化性质及蛋白结构预测;利用STRING软件预测HMOX1互作蛋白;通过实时荧光定量PCR检测HMOX 1基因在无量山乌骨鸡不同组织中的表达水平。【结果】无量山乌骨鸡HMOX 1基因CDS区长为891 bp,编码296个氨基酸,与原鸡HMOX 1基因(登录号:NM_205344.1)核苷酸序列相比存在3处突变,其中2处为同义突变,第217 bp处G>C为错义突变,导致第73位的天冬氨酸突变为甘氨酸。HMOX 1基因与原鸡和日本鹌鹑的氨基酸序列相似性较高(99.6%和95.0%),与马的相似性最低(60.2%)。系统进化树分析发现,无量山乌骨鸡与原鸡和日本鹌鹑亲缘关系较近,与非禽类的亲缘关系较远。HMOX1蛋白具有不稳定性和亲水性,主要定位在细胞质中,不存在信号肽裂解位点,属于非分泌蛋白;存在1个跨膜螺旋结构,共有47个磷酸化修饰位点;二级结构以α-螺旋为主。HMOX1蛋白与HMOX2、BLVRA、HEPH、CP、COX10等10个蛋白可能存在相互作用。组织表达分析发现,HMOX 1基因在无量山乌骨鸡各组织中均有表达,其中在肝脏中表达量最高,在心脏中表达量最低。【结论】无量山乌骨鸡HMOX 1基因CDS区长为891 bp,编码296个氨基酸;预测其与10个蛋白存在相互作用;HMOX 1基因在无量山乌骨鸡肝脏组织中高表达。研究结果为进一步探究HMOX 1基因在鸡脂代谢中的作用及功能提供了理论依据。