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基于高通量测序技术构建糖尿病肾病小鼠lncRNA相关ceRNA调控网络
1
作者
王瑾瑾
段英奇
+2 位作者
崔文飞
牛钰琪
闫国立
《郑州大学学报(医学版)》
CAS
北大核心
2024年第5期607-612,共6页
目的:筛选糖尿病肾病(DKD)小鼠肾脏组织中差异表达的长链非编码RNA(lncRNA)、小RNA(miRNA),构建lncRNA相关竞争性内源RNA(ceRNA)调控网络。方法:选取6只BKS-db/m雄性小鼠为对照组,6只BKS-db/db雄性小鼠为模型组,模型组构建DKD小鼠模型...
目的:筛选糖尿病肾病(DKD)小鼠肾脏组织中差异表达的长链非编码RNA(lncRNA)、小RNA(miRNA),构建lncRNA相关竞争性内源RNA(ceRNA)调控网络。方法:选取6只BKS-db/m雄性小鼠为对照组,6只BKS-db/db雄性小鼠为模型组,模型组构建DKD小鼠模型。处死小鼠后取肾脏组织进行高通量测序,利用DESeq软件筛选两组差异表达的lncRNA、miRNA,使用Miranda软件进行差异表达的miRNA靶基因预测。构建lncRNA相关ceRNA调控网络并进行GO功能富集分析以及KEGG信号通路富集分析。结果:共筛选出DKD小鼠差异表达的lncRNA 1495个、差异表达的miRNA 72个。成功构建由MSTRG.7252.3、MSTRG.10465.2、MSTRG.16253.3等23个lncRNA、23个miRNA与2个mRNA组成,与lncRNA相关的ceRNA网络。GO功能富集分析显示,该网络主要涉及生物学过程、细胞组成和分子功能;KEGG信号通路富集显示,主要与PPAR信号通路、造血细胞谱系、细胞黏附分子、TNF信号通路等有关。结论:成功构建DKD小鼠lncRNA相关的ceRNA调控网络。
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关键词
竞争性内源RNA
lncRNA
糖尿病肾病
高通量测序
生物信息学
小鼠
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职称材料
题名
基于高通量测序技术构建糖尿病肾病小鼠lncRNA相关ceRNA调控网络
1
作者
王瑾瑾
段英奇
崔文飞
牛钰琪
闫国立
机构
河南中医药大学医学院公共卫生与预防医学教研中心
出处
《郑州大学学报(医学版)》
CAS
北大核心
2024年第5期607-612,共6页
基金
国家自然科学基金项目(82104748)
河南省科技攻关项目(242102311282)。
文摘
目的:筛选糖尿病肾病(DKD)小鼠肾脏组织中差异表达的长链非编码RNA(lncRNA)、小RNA(miRNA),构建lncRNA相关竞争性内源RNA(ceRNA)调控网络。方法:选取6只BKS-db/m雄性小鼠为对照组,6只BKS-db/db雄性小鼠为模型组,模型组构建DKD小鼠模型。处死小鼠后取肾脏组织进行高通量测序,利用DESeq软件筛选两组差异表达的lncRNA、miRNA,使用Miranda软件进行差异表达的miRNA靶基因预测。构建lncRNA相关ceRNA调控网络并进行GO功能富集分析以及KEGG信号通路富集分析。结果:共筛选出DKD小鼠差异表达的lncRNA 1495个、差异表达的miRNA 72个。成功构建由MSTRG.7252.3、MSTRG.10465.2、MSTRG.16253.3等23个lncRNA、23个miRNA与2个mRNA组成,与lncRNA相关的ceRNA网络。GO功能富集分析显示,该网络主要涉及生物学过程、细胞组成和分子功能;KEGG信号通路富集显示,主要与PPAR信号通路、造血细胞谱系、细胞黏附分子、TNF信号通路等有关。结论:成功构建DKD小鼠lncRNA相关的ceRNA调控网络。
关键词
竞争性内源RNA
lncRNA
糖尿病肾病
高通量测序
生物信息学
小鼠
Keywords
competing endogenous RNA
lncRNA
diabetic kidney disease
high-throughput sequencing
bioinformatics
mouse
分类号
R587.2 [医药卫生—内分泌]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于高通量测序技术构建糖尿病肾病小鼠lncRNA相关ceRNA调控网络
王瑾瑾
段英奇
崔文飞
牛钰琪
闫国立
《郑州大学学报(医学版)》
CAS
北大核心
2024
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