基于RNA-seq的基因训练集构建方法

针对基因组新测序物种缺乏高质量的基因结构用于从头预测软件训练的现状,本文提出了一种以新测序物种自身RNA-seq组装为基础的可靠基因训练集构建方法(Building reliable training gene set,BRTGS)。该方法利用RNA-seq组装获得大量初始基因结构,然后根据蛋白同源证据筛选具有正确且编码区相对完整的基因结构,最后综合利用RNA-seq组装结构和蛋白同源证据统计信息确定的基因起始密码子和终止密码子位置,从而获得基因完整的编码结构。实验结果表明,该方法不仅可为各种组装水平的基因组构建高质量的基因训练集,而且从头预测软件在这些基因集上训练后能够获得很好的预测性能。

农业院校生物信息学发展现状和建议

生物信息学是在生物学、信息学和统计学等多个传统学科基础上发展起来的新兴交叉学科,在生命科学研究领域受到高度重视。生命科学是农业院校专业设置的主体,农业院校发展生物信息学对其提升学校竞争力具有重要的推动作用。本文分析认为当前农业院校发展生物信息学既有机遇又有挑战,并在形成交叉共识、管理机制改革、人才培养方案以及课程体系建设等方面提出了农业院校生物信息学发展的建议。

我国番茄出口贸易及国际竞争力研究

该文从我国番茄的贸易趋势出发,构建了国际竞争力测度指标,科学评价了我国番茄产品的国际竞争力状况,并与世界主要番茄产品贸易国进行比较找出差距,通过研究中国各类番茄产品的国际竞争力变化趋势得出研究结论,对如何提升中国番茄国际竞争力的可持续发展战略提出相应对策,以期为中国番茄出口的健康发展提供决策参考。

生物信息高性能计算平台的建设与实践——以南京农业大学为例

高性能计算在生命科学研究中的需求日益增长,已成为高校生命科学科研创新的一个重要手段。在此背景下,南京农业大学在“双一流建设”经费支持下建设了生物信息高性能计算共享平台。本文介绍了生物信息高性能计算平台的建设情况,并对提升平台运行效率的相关实践进行了探讨。

生物信息高性能计算平台的建设与实践——以南京农业大学为例

高性能计算在生命科学研究中的需求日益增长,已成为高校生命科学科研创新的一个重要手段。在此背景下,南京农业大学在“双一流建设”经费支持下建设了生物信息高性能计算共享平台。本文介绍了生物信息高性能计算平台的建设情况,并对提升平台运行效率的相关实践进行了探讨。