猪卵泡液外泌体处理卵巢颗粒细胞的SNP/Indel筛选分析

旨在分析卵泡液外泌体对卵巢颗粒细胞基因的影响,了解卵泡液外泌体在卵泡发育过程中的调控机理,为母猪繁殖研究提供理论依据。本研究选取6月龄、健康状态良好且体重相近的二元母猪为材料,屠宰后收集卵巢150枚,利用梯度离心法获取卵泡液外泌体与猪卵巢颗粒细胞(porcine ovarian granulosa cells,POGCs),并在体外将卵泡液外泌体与猪卵巢颗粒细胞共培养。通过RNA-seq技术对猪卵巢颗粒细胞(granulosa cell samples,GC,n=3)和与外泌体共培养的猪卵巢颗粒细胞(granulosa-exosome co-culture samples,GCE,n=3)进行测序。结果显示,在GC和GCE组中平均每个样品获得5.54×10^(7)条clean reads,Q20和Q30质量得分均在92%以上。在GC和GCE组的6个样品中共获得1310979个SNPs突变和104498个InDel突变,其中纯合型SNP/Indel突变数量为170426个,杂合型SNP/Indel突变数量为1245052个,突变杂合子数目明显高于纯合子且SNP的发生率较高。另外,在突变类型中,转换类型共计973003个,颠换类型339974个,转换的类型显著高于颠换类型。经基因注释,突变主要发生在基因3′UTR、5′UTR、内含子区域,其次为外显子和基因间隔区。另外,通过与差异基因对比后,够筛选出1583个候选基因,经GO和KEGG功能富集发现,候选基因主要与细胞周期以及细胞增殖/凋亡过程相关。此外,共发现14个与细胞周期、增殖/凋亡通路相关的关键候选基因,其中11个基因存在互作关系。本研究获得的这些SNP/Indel信息可为后续研究外泌体在母猪生殖上的调控奠定科学基础。

芝麻酚对猪精液17℃保存效果的影响

本实验旨在探究芝麻酚对猪精液品质、运动性能及抗氧化等指标的影响。在猪精液稀释液中分别添加4.0、4.5、5.0、5.5、6.0 mg/L芝麻酚,0 mg/L添加组为对照组。在17℃环境下保存7 d,并在第1、3、5、7天检测精子活力、质膜完整率等品质指标以及曲线速度(VCL)、直线速度(VSL)、平均路径速度(VAP)等运动参数指标;在常温保存第5天和第7天检测精子中活性氧(ROS)和丙二醛(MDA)水平,筛选出精液稀释液中芝麻酚的最佳添加浓度。结果表明:随着芝麻酚添加浓度的增加,精液品质呈现先升高后降低的趋势;17℃保存精液至第5天时,5.5 mg/L芝麻酚添加组精子活力、质膜完整率、VCL、VSL、VAP等运动能力及顶体完整率均显著高于对照组,且总抗氧化能力水平、过氧化氢酶活性也显著高于对照组,在第6天BCL-2相对表达量极显著高于对照组,BAX和CASPASE3相对表达量极显著低于对照组。本实验条件下,精液稀释液中添加浓度为5.5 mg/L的芝麻酚作为抗氧化剂效果最好。

猪肺炎支原体实时荧光定量PCR检测方法建立及应用

猪肺炎支原体(Mycoplasma hyopneumoniae)是一种严重危害养猪业的重要传染性病原,以猪肺炎支原体编码乳酸脱氢酶的P 36基因保守序列为基础,设计一套特异性引物和探针,并通过优化筛选反应条件,建立了一种Mhp的实时荧光定量RT-PCR检测方法。结果表明,最适引物浓度为10μmol/L,探针浓度为5μmol/L,以浓度为1×10^(2)~1×10^(6)copies/μL的标准品构建标准曲线相关系数为0.998,扩增效率可达96%。该方法能特异地检测猪肺炎支原体,与其他动物支原体及猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪圆环病毒2型、猪瘟病毒、伪狂犬病病毒等病原无交叉反应;灵敏度是常规PCR的10倍,可达到10拷贝;该方法重复性较好,组内和组间变异系数均小于2%。在对30份临床样本的检测中,建立的实时荧光定量PCR检出率为63%(19/30),而常规PCR的检出率仅有30%(9/30)。结果表明,成功建立了猪肺炎支原体实时荧光定量PCR检测方法,可用于猪肺炎支原体的病原学检测和流行病学调查。

新时代下涉农高校耕读教育路径探析

我国现处于高质量发展阶段,如何顺应时代要求培养高质量人才;如何响应乡村振兴种业振兴培养高素质复合型新农人才;如何推动农业高校高质量建设;这些问题既是涉农院校思考当今发展的重点也是其痛点所在。文章解读了重拾耕读教育与新时代涉农教育融合的必要性,探讨农业院校在耕读背景下高质量发展的新思路,为发挥好农业院校向三农领域输送知农爱农人才的载体作用提出了建设性意见。

皖岳黑猪基因组遗传变异分析及特征SNPs挖掘

旨在揭示皖岳黑猪全基因组遗传变异情况,筛选皖岳黑猪特征分子标记SNP位点。本研究随机选取体重达110 kg的24头皖岳黑猪进行全基因组重测序,检测皖岳黑猪全基因组变异类型、分析群体遗传多样性参数;结合公共数据库信息,下载北京黑猪、杜洛克、大白猪、蓝塘猪、民猪、深县黑猪的SNPs信息,利用挑选最大分类能力方法,将7个品种133个个体的SNPs分成两个数据集,进行皖岳黑猪特征位点选择,并对筛选到的SNPs进行基因功能注释。全基因组重测序分析结果显示,皖岳黑猪群体共获得31534384个SNPs,43673个SVs,3258个CNVRs,并筛选出33个皖岳黑猪特异位点;对33个SNP位点所注释基因进行功能富集分析,发现它们与生长(SUSD4、NELL1、GPC6)、繁殖(KHDRBS2、CRISP1)、免疫(NECTIN1)、神经调节及环境适应性(GRIK4)相关;群体遗传结构分析结果显示,皖岳黑猪有效群体较小为4.2,个体间的遗传距离在0.1574~0.2873之间,平均为0.2435±0.0222;皖岳黑猪群体期望杂合度为0.320,观察杂合度为0.328,多态性标记比例为0.788,多态性较为丰富;皖岳黑猪基因组ROH总长度在14.6~178.0 Mb,平均ROH长度为(61±9.4)Mb,群体近交系数较低,为0.025±0.004。综上,皖岳黑猪基因组遗传变异位点丰富,证明了皖岳黑猪在选育过程中保留了较丰富的遗传多样性,个体间遗传距离较远。结果为皖岳黑猪的持续选育提供了科学参考。

皖南黑猪不同生长阶段血清免疫指标及肠道菌群的特征分析

旨在探究皖南黑猪不同生长阶段粪便菌群和血清免疫指标的纵向变化规律及其相关性。采集27头皖南黑猪哺乳期(20 d)、保育期(60 d)和育肥期(120 d)3个不同生长阶段的粪便及血清样本,通过16S rRNA高通量测序方法及血清检测技术,对皖南黑猪生长发育过程中肠道微生物与免疫指标的演替规律及关联性进行了分析。结果表明,肠道微生物物种丰度分析显示,在门水平上共检测到22个核心菌门,其中厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes)是皖南黑猪的主要优势菌门;在属水平上检测到51个核心菌属,其中哺乳期的优势菌属为乳酸菌属(Lactobacillus)、志贺菌属(Shigella)和粪杆菌属(Faecalibacterium)。保育期和育肥期均以乳酸杆菌属(Lactobacillus)、颤螺菌属(Oscillospira)和密螺旋体属(Treponema)为优势菌属;Alpha多样性分析显示,皖南黑猪肠道菌群的多样性随日龄增长呈逐渐增高的趋势,在保育期达到峰值,育肥期逐渐趋向稳定。Beta多样性分析显示,皖南黑猪保育期及育肥期肠道菌群组成相似聚在一起,而与哺乳期肠道菌群没有交叠,说明保育期与育肥期组间差异较小,哺乳期与保育期及育肥期肠道菌群组间差距较大。通过分析不同阶段特异性细菌类群的富集情况,共发现100个组间差异菌群,其中45个在哺乳期富集,34个在保育期富集,21个在育肥期富集;对丰度前30的肠道菌属与血清指标进行相关性分析发现,血清中的LPS、IL-6、IgA、IgG、IgM浓度均与猪肠道菌群存在相关性。本研究可为理解猪在不同生长发育阶段肠道微生物的动态变化规律及改善猪生长性能和健康水平的微生物技术手段提供理论参考。

近5年大白猪经济性状的研究进展

生猪产业是我国畜禽生产的重要组成部分,包括大白猪在内的国外瘦肉型猪种是目前养殖的主要商品品种,在保障居民蛋白质需求方面发挥着重要作用。随着技术进步及检测成本降低,全基因组选择得到了广泛应用,国内外大白猪育种进展取得新突破,同时市场需求及主要流行疫病的改变也开启了大白猪研究的新方向。本文对近5年大白猪繁殖性状、生长性状、肉品质性状、抗性性状研究进展进行归纳总结,以期为我国大白猪良种选育工作提供参考。

皖南花猪肌肉品质及其变化规律

本研究测定 72头不同日龄段皖南花猪的肌肉品质 ,以分析皖南花猪肌肉品质的变化规律。结果表明 ,皖南花猪的肌肉 p H1 值在整个生长期内变化不大 ,一直维持在 6 .58～ 6 .30之间 ;失水率与月龄呈直线负相关关系 ,由初生时的 2 3.0 3%下降到 1 2月龄时的 7.0 0 % ;肉色、大理石纹、熟肉率、剪切力和肌纤维直径等指标则随着日龄的增加而逐渐提高 ,与月龄均呈显著的直线正相关 ,至 1 2月龄时 ,皖南花猪的肉色评分为 3.50 ,大理石纹评分为 2 .88,熟肉率为 6 3.91 % ,剪切力为 4 .4 3kg,肌纤维直径为 53.86 μm,其中肌肉剪切力和肌纤维直径在 1 -6月龄时的提高幅度较大 ,8-1

胎次和分娩季节对皖南花猪产活仔数的影响

采用逐步回归和最小二乘模型分析了皖南花母猪525胎次的产活仔数。结果表明，皖南花母猪在4～6胎产活仔数达到最高峰，平均产活仔数分别为11．21，12．80，11．42头。第5胎的估计效应值t5=2．424，与其他胎次差异极显著，但t4与t6差异不显著（P＞0．05）。另外，皖南花母猪窝产活仔数随月份呈双峰双谷形曲线变化。5月和11月有峰值（11．45，11．32），2月和8月出现谷值（9．62，8．71），同时，7～9月份的高温刺激效应对母猪繁殖性能的危害具有延续性。

利用GLMM方法估计家畜阈性状的遗传力

将广义线性混合模型(GLMM)技术引入家畜阈性状的遗传分析,对不同参数组合下阈性状的遗传力及准确度进行了估计,模拟研究的性状为单阈值和3阈值离散性状,试验设计为全同胞半同胞混合家系。结果表明,GLMM方法能有效地估计阈性状的遗传力,其准确性有较大的优势。不同参数组合下,单阈值与3阈值分类性状的遗传力估计均方误(MSE)均在0.018 4以下;遗传力参数的估计偏差(BIAS)均小于0.429 0。同时,性状的遗传力和性状的表型发生率对遗传力估计效果都有直接影响,随着性状遗传力真值的提高,GLMM方法出现高估现象;随着性状发生率的提高,GLMM方法估计的遗传力结果有上升的趋势。说明利用GLMM方法估计家畜阈性状的遗传力是可行的。

不同胎次、配种季节对丹系大白猪繁殖性能影响

以某国家生猪核心育种场丹系大白猪2 708窝产仔记录为基础数据,研究胎次及配种季节对丹系大白猪母猪妊娠时间、总产仔数、活仔数、健仔数的影响。结果表明:丹系大白猪母猪1胎时总产仔数、活仔数、健仔数均最低,妊娠时间最短;3胎时产仔数最高,4~8胎时仍维持良好水平。相关性分析显示,胎次与妊娠时间、总产仔数、产活仔数、健仔数呈显著正相关(P<0.05)。秋季配种的母猪总产仔数、活仔数、健仔数指标最佳。综上,在实际生产中,可考虑适当延长丹系大白猪母猪使用年限,并在制定配种计划时考虑季节因素。

利用广义线性方法定位家畜抗性等级性状的QTL

在广义线性模型的框架内模拟研究了家畜抗性等级性状的QTL定位方法,QTL参数的估计采用最大似然方法,比较了阈模型方法与一般线性方法的QTL定位效率,并对影响等级性状QTL定位效率的主要因素(QTL效应、性状的遗传力)进行了模拟研究。试验为多个家系的女儿设计,资源群体大小为500头。结果表明:在QTL位置参数估计及检验功效方面,阈模型方法具有一定的优势,对抗性等级性状QTL定位的功效也高于线性方法。另外,性状遗传力和QTL效应的大小对QTL定位的准确度也有直接的影响,随着性状遗传力QTL效应的增大,2种方法QTL定位的效率均有不同程度的提高。

主基因-多基因混合模型下种畜标记辅助遗传评定的效率

在主基因-多基因混合遗传模型的框架内模拟研究了种畜遗传评定的相对效率,比较了常规BLUP与标记辅助BLUP(MBLUP)进行个体遗传评定的效果,模型中将与标记紧密连锁的QTL效应看作随机效应,分子标记的间距为5cM,QTL的基因型通过侧翼标记来推断。试验设计为半同胞女儿设计,模拟中还考虑了性状遗传力和QTL效应的不同水平对MBLUP评定效果的影响。研究结果表明,多数情况下,MBLUP较常规BLUP具有更大的相对优势,二者的遗传评定效果均直接受性状遗传力和QTL效应的影响,随着性状遗传力的提高,两种方法遗传评定的准确性也进一步提高,但MBLUP的相对优势不断下降;而随着QTL效应的增加,MBLUP的相对优势则有不断增大的趋势。特别是在高QTL效应和低遗传力的情况下标记辅助BLUP的优势最为明显,个体遗传评定的相对准确性增加幅度也最大。

气候生态因子与皖南花母猪繁殖力关系的研究

通过最小二乘模型分析了 113头不同Am基因型的皖南花母猪在不同气候条件下 6 70胎次的繁殖力指标 ,以探索气候生态因子及血清蛋白 (酶 )多态性对母猪繁殖力的影响 .结果表明 ,母猪的繁殖性能随着气候条件的变化呈现出有规律的变化趋势 ,7～ 9月高温剌激对母猪繁殖力有较大的危害 ,并出现了显著差异 (P <0 .0 5 ) .不同淀粉酶类型的皖南花母猪繁殖性能存在一定差异 ,其中AmAB型母猪繁殖性能较好 (窝产仔数、产活仔数和断奶头数分别达到 12 .2 8、11.6 1和 11.2 3头 ) ,AmBB和AmBC型母猪相应指标较差 ,但不同Am型母猪的繁殖性能差异均不显著 (P >0 .0 5 ) ,Am型与分娩季节之间的互作效应对母猪繁殖性能的影响显著 (P <0 .0 5 ) .同时 ,窝产仔数、产活仔数、断奶头数等产仔性能与月平均气温和日照率均存在着较强的负相关 ,相关系数都在 0 .6 4 97以上 ,均达到显著或极显著水平 .

受体牛胎次与黄体等级对胚胎移植妊娠率的影响

研究分析了1546头胚胎移植受体母牛黄体发育等级及胎次对胚移妊娠率的影响,结果显示:受体牛黄体的体积和质地对胚胎移植的妊娠率有一定的影响,A级受体的妊娠率相对较高(40.32%),而C级受体的妊娠率则相对较低(30.34%)。另外,受体牛胎次对胚胎移植的妊娠率也有一定的影响,2￣4胎的整体妊娠率相对较高。

皖南花母猪血清Tf多态性及其与繁殖性能的关系

采用垂直板聚丙烯酰胺凝胶电泳法对 115头皖南花母猪血清转铁蛋白 (Tf)多态性进行检测 ,并用二因素有互作的最小二乘模型对不同Tf基因型与母猪繁殖力的关系进行分析。结果表明 ,皖南花母猪Tf位点受 3个等位基因控制 (TfA、TfB 和TfC) ,Tf位点基因的遗传多样性指数为0 390 7,Shannon信息指数为 0 9985。不同转铁蛋白类型的皖南花母猪繁殖性能存在一定差异 ,其中TfAA个体的产仔数、产活仔数和断奶仔猪数较高 ,TfBC型个体相应指标较差 ,二者在窝产仔数上差异达到显著水平 (P <0 0 5)。但其他Tf型母猪产仔性状的最小二乘均数差异均不显著 (P >0 0 5)。同时 ,Tf型与分娩季节之间有较强的互作效应。

离散性状QTL区间定位的最大似然方法

采用最大似然区间定位法对阈模型与一般线性模型的QTL定位效率进行了比较,并对影响离散性状QTL检测效率的主要因素(QTL效应、性状的遗传力和表型发生率)进行了模拟研究,实验设计为多个家系的女儿设计,资源群体大小为500头。研究结果表明:在QTL参数估计及检验功效方面,阈模型方法具有较大的优势,对离散性状QTL定位的效率明显高于LM(LinearModel)方法,定位的准确性也较高。另外,性状遗传力、QTL效应的大小和性状表型发生率对QTL定位的准确度也有直接的影响,随着性状遗传力和表型发生率的提高,随着QTL效应的增大,QTL定位的效率也进一步提高。

家畜抗性等级性状的QTL定位方法(英文)

在广义线性模型的框架内模拟研究了家畜抗性等级性状的QTL定位方法,QTL参数的估计采用最大似然方法,比较了阈模型方法与一般线性方法的QTL定位效率,并对影响等级性状QTL定位效率的主要因素(QTL效应、性状的遗传力)进行了模拟研究,实验设计为多个家系的女儿设计,资源群体大小为500头。研究结果表明:在QTL位置参数估计及检验功效方面,阈模型方法具有一定的优势,对抗性等级性状QTL定位的功效也高于线性方法。另外,性状遗传力和QTL效应的大小对QTL定位的准确度也有直接的影响,随着性状遗传力QTL效应的增大,两种方法QTL定位的效率均有不同程度的提高。

随机效应模型下标记-QTL连锁分析方法

在QTL随机模型的框架内,通过对QTL方差组分的最大似然估计,进行家畜一般系谱群体的QTL标记连锁分析,研究中同时考虑了性状遗传力和QTL效应的不同水平对QTL定位效果的影响。结果表明,采用QTL随机效应模型可以有效地进行标记QTL间的连锁分析并可获得较高的检验功效,QTL位置与效应参数的估计均在合理的范围内;同时,性状遗传力和QTL方差贡献对QTL定位准确度和功效均有较大的影响,随着性状遗传力和QTL方差贡献的增大,参数估计的准确性和检验功效提高。固定性状遗传力的情况下(h2=0.1),QTL效应由0.1→0.5时,相应的检验功效由17%提高到49%;当遗传力和QTL效应均提高到0.5时,QTL检验功效最高达到88%。

母猪血清淀粉酶型与其产仔行为及头胎繁殖力关系初探

本试验采用聚丙烯酰胺垂直平板电泳法对 1 1头纯种长白初产母猪血清淀粉酶 (Am)多态性进行检测 ,并观察和记录其分娩行为、产后行为和繁殖性能 (包括产仔数、产活仔数、初生个体重、2 1日龄个体重和断奶仔猪数等指标 )。结果表明 ,不同Am基因型长白初产母猪在产仔行为和繁殖性能上均存在一定差异 ,AmAB型母猪在产仔行为和繁殖性能上都较AmBB好 ,两种Am类型母猪间分娩行为及产后 1 2小时内的卧息时间趋于一致 (P >0 .0 5) ,而在产后站立活动时间和兴奋性上则表现为显著差异 (P <0 .0 5) ,产后 4 5天内断奶仔猪的压踩死率也出现了显著的差异 (P <0 .0 5)。同时AmAB型母猪在断奶仔猪数上也显著地高于AmBB型母猪 (P <0 .0 5)。