基于纳米孔测序技术对新型重组H3N2禽流感病毒的测序鉴定及其基因特征分析

目的利用纳米孔测序技术对新型重组H3N2禽流感病毒进行测序鉴定并分析病毒的基因特征。方法对2021年广州市某农贸市场外环境H3N2禽流感阳性样本进行鸡胚培养,联合病毒全基因组序列靶向扩增和纳米孔测序技术进行病毒高通量测序。通过生物信息学软件,分析病毒基因特点。结果系统发育进化树显示,该毒株各基因片段均属于欧亚进化分支,宿主来源均为禽源。其HA基因与我国H3N6禽流感病毒亲缘关系较近。NA基因与2017-2020年我国H3N2禽流感病毒亲缘关系较近。PB1基因与2016-2022年我国广西壮族自治区、福建省H5N6禽流感病毒亲缘关系较近,与广州市H5N6禽流感流行株PB1基因亲缘关系较远。其余内部基因片段来源复杂,具有明显的遗传多样性。分子特征显示,该毒株具有典型的低致病性禽流感病毒分子特征,倾向结合禽源受体。生物特性相关重要蛋白位点上,该毒株发生PB2-L89V、PB1-L473V、NP-A184K、M1-N30D/T215A、NS1-P42S/N205S等致病性增强突变。结论本研究通过纳米孔测序鉴定一株新型重组H3N2禽流感病毒,分析发现该病毒与H5N6禽流感病毒发生了基因重组。目前该病毒跨种传播能力较低,但有必要密切关注H3亚型禽流感病毒的流行和变异。

基于季节性分解在广州市2015—2022年流感季节性及病原变迁分析中的应用

目的分析广东省广州市流行性感冒(流感)病毒季节性流行特征和各病原型别的变迁规律,为制定适宜本地流行病学的防控措施提供依据。方法选取中国流感监测信息系统中2015—2022年广州市每周流感病原学监测数据,利用基于局部加权回归的季节性分解将流感病毒总阳性率及各型别阳性率序列分解成趋势分量、季节分量及剩余分量,通过计算协方差,分析所得分量序列对阳性率序列波动的贡献率。结果共检测样本39198份,流感病毒核酸阳性3632份,总体阳性率9.27%。趋势序列显示2015—2019年总阳性率呈轻微波动上升(4.57%~16.07%),2020—2022年经历“U”形低谷后趋水平。季节性序列显示流行高峰有冬春季和春夏季。剩余序列显示2022年剩余分量波动峰值达48.96%,较以往年份有明显增大。A(H3N2)型流行峰型与B(Victoria)型相似,可有冬季和夏季高峰,但夏季高峰晚于B(Victoria)型。A(H1N1)pdm09型与B(Yamagata)型峰型和流行时间相似,呈单峰流行,集中在冬春季。剩余成分是总阳性率波动的主要贡献因素,占59.16%(80.81/136.60),其次是季节成分和趋势成分,分别占25.19%(34.41/136.60)和15.65%(21.38/136.60)。结论流感季节性高峰和持续时间与流行的病原型别有关,不同亚型流感具有型别特异的流行特征和变化趋势。流感流行模式不仅受长期趋势和季节效应影响,随机波动效应起着更重要作用。

新型冠状病毒感染疫情发生前后广州市流感流行水平和时空聚集性分析

目的评价广州市在新型冠状病毒(新冠病毒)感染疫情发生前后流行性感冒(流感)流行水平和时空聚集性的变化,为后疫情时代流感流行风险研判提供重要参考。方法采用综合指数法,选择2015—2019年度流感监测数据建立的流感流行水平分级评价体系,以评价广州市在新冠病毒感染疫情发生后(2020年第4周至2022年第52周,共154周)的流感流行水平等级变化,并采用回顾性时空扫描分析,探索新冠病毒感染疫情前后流感病例时空聚集性变化。结果在新冠病毒感染疫情发生后流感流行水平骤降,自2020年第7周—2021年第46周一直维持在1级非流行水平,于2021年第52周—2022年第1周和2022年第8—10周出现冬季3级中水平流行,于2022年第20周进入夏季流行并于第22—27周出现5级极高水平流行。新冠病毒感染疫情发生后流感流行等级秩平均值188.00低于新冠病毒感染疫情发生前秩平均值222.04(Z=-3.325,P<0.01)。时空扫描分析显示,新冠病毒感染疫情前一类聚集区为中心城区的海珠、越秀和天河区,新冠病毒感染疫情后一类聚集区转变为南部及中南部的南沙、番禺和海珠区,聚集时间均出现在夏冬季。结论新冠病毒感染疫情发生后广州市流感整体流行水平低于新冠病毒感染疫情前,新冠病毒感染疫情发生后广州市流感仍然存在时空聚集性,且一类聚集区的空间区域较新冠病毒感染疫情发生前有所变化,由中心城区向中南部城区转移,夏冬季依然为防控重点季节。卫生部门应针对聚集地区和流行时间提早做好预案,以有效控制流感流行。