不同杂交组合鸡蛋品质的比较分析

试验旨在研究以芦花鸡H系作为亲本的杂交组合蛋品质的差异,为地方鸡种的利用与开发提供理论依据。试验选择萧山鸡(X)、狼山鸡(L)、隐形白羽肉鸡(Y)、来航鸡(H),分别与芦花鸡H系(B)进行正反杂交(F1代),共7个试验组和2个对照组(B、L),每组15个重复。每个组合分别留取同期8 d的受精蛋F2代,孵化后在同一饲养条件和营养水平下饲养至43周龄,每个试验组分别收取30个鸡蛋测定蛋品质。结果显示:各试验组蛋重与对照组B差异不显著(P>0.05);试验组XB蛋黄重极显著高于对照组L(P<0.01);试验组BL、LB蛋黄比率与对照组B、L无显著差异(P>0.05);各试验组及对照组蛋白高度差异不显著(P>0.05);试验组BX、BL、XB、YB蛋壳强度极显著高于对照组L(P<0.01),与对照组B差异不显著(P>0.05);试验组BX、BL、BH、XB、YB蛋壳厚度均极显著高于对照组B和L(P<0.01);蛋黄色泽与蛋重、蛋黄重、蛋黄比率极显著相关(P<0.01),与蛋壳强度显著相关(P<0.05);主成分分析选取5个主成分,特征根累计贡献率为82.852 0%,包含所有杂交组合蛋品质的基本信息。由此可见,芦花鸡H系在与其他地方品种或引进品种杂交时,可较好地保持地方品种蛋品质特性,在选育过程中是优良的亲本素材。

蛋鸡开放式鸡舍光照管理研究

光照对蛋鸡的生产性能有重要影响。蛋鸡开放式鸡舍所用的自然光照时长随季节变化而变化,要达到精准化管理,方法比较繁琐。本研究利用软件Origin9在高斯函数下求出光照时长表达式y=y_(0)+A/w√π/2e^-2(x-x_(c)^(2)/w^(2)))的4个参数值(y_(0)、w、x_(c)、A),此表达式计算出的光照时长与实际自然光照时长高度吻合,拟合度达0.99923。根据不同饲养阶段对光照时长的需求,利用卡西欧fx-CG2CN计算器编程,制定4种用光方案(育雏、育成期自然光照时长渐增、先增后减、渐减和先减后增),有利于发挥蛋鸡生产性能,并为我国家禽业的智能化发展提供参考。

基于RAD-Seq简化基因组测序分析琅琊鸡的遗传进化

为在基因组水平上探讨琅琊鸡的遗传进化,试验以琅琊鸡与其他22个地方鸡品种资源及2个国外引进品种为研究对象,利用简化基因组测序(RAD-seq)鉴定25个品种基因组SNP,计算琅琊鸡的遗传统计量,分析遗传多样性和遗传结构,基于Fst选择信号检验方法,筛选受选择基因并进行功能富集分析。结果显示:在琅琊鸡群体中鉴定出299648个SNPs,琅琊鸡的平均杂合度(Ho)为0.220,核苷酸多样度为0.266,近交系数为0.173;琅琊鸡与汶上芦花鸡、元宝鸡、天津猴鸡和狼山鸡聚为一类,亲缘关系较近。共筛选出113个受选择基因,受选择基因主要富集在谷氨酸受体活性、钙黏蛋白结合、4铁,4硫团簇结合、G蛋白偶联谷氨酸受体信号通路等生物学过程,主要参与柠檬酸循环(TCA循环)、代谢、类固醇激素生物合成等信号通路。研究表明,选择作用主要影响琅琊鸡的繁殖性状、适应性免疫和代谢等,结果为琅琊鸡的品种保护、鉴定评价及开发利用提供分子理论支撑。

基于PacBio三代测序的高质量汶上芦花鸡基因组的组装

【目的】汶上芦花鸡为中国唯一的芦花羽地方鸡品种资源,芦花基因可伴性遗传,芦花羽性状可用于雏鸡的自别雌雄。试验旨在丰富家鸡基因组信息,获取汶上芦花鸡全基因组序列,为鸡伴性芦花羽分子机制研究提供材料。【方法】以汶上芦花鸡为试验动物,基于BGI MGISEQ构建小片段文库进行基因组特征评估,利用PacBio三代测序技术、Hi-C技术组装及构建汶上芦花鸡全基因组信息数据库,利用生物信息学方法对获得的基因组序列进行组装和功能注释。【结果】试验共获得BGI二代测序数据量59.70 Gb;获得PacBio三代测序数据量31.13 Gb,reads平均长度为15362 bp;获得Hi-C数据量95.37 Gb;拼接和初步组装得到基因组大小为1.12 Gb,经Hi-C辅助组装后,共有1.07 Gb的序列挂载到41条染色体上,挂载率95.62%,基因组contigs N50为9.61 Mb,scaffold N50为91.29 Mb,BUSCO评估为98.50%,基因组连续性和完整度良好;预测基因组有22.57%的重复序列,有426个tRNAs、56个rRNAs、260个miRNAs和308个snRNAs;共预测得到蛋白编码基因17338个,其中96.00%的基因在数据库中得到了功能注释;组装获得汶上芦花鸡Z染色体长度约88.23 Mb,预测并注释到蛋白编码基因742个,这些基因显著富集于氨基酸、脂肪等代谢相关通路,在汶上芦花鸡Z染色体上准确定位了TYRP 1、CDKN 2 A、SLC 45 A 2等羽色相关基因。【结论】研究获得了汶上芦花鸡高质量染色体水平基因组,丰富了家鸡基因组遗传信息,准确定位了Z染色体上一些羽色相关基因。研究结果可为从全基因组水平挖掘汶上芦花鸡优异性状调控机制奠定基础。

芦花鸡H系开产性状的遗传参数和育种值估计

试验旨在进行芦花鸡H系开产性状遗传参数和育种值估计,为芦花鸡H系选育提供依据。收集芦花鸡H系2016—2020年系谱信息和开产性状表型数据,利用DMU软件以平均信息约束最大似然法(AIREML)剖分表型方差,以单性状动物模型分析各性状遗传力,以多性状动物模型分析性状间的遗传相关系数和表型相关系数,并基于系谱-加性效应模型(PBLUP_A)对所有个体开产性状进行育种值估计,计算遗传进展。结果显示:芦花鸡H系开产日龄、开产体重和开产蛋重遗传力分别为0.42、0.40和0.27,开产日龄与开产体重、开产蛋重间的遗传相关分别为0.17、0.31,表型相关分别为0.11、0.18,开产体重和开产蛋重间遗传相关和表型相关系数分别为0.56和0.38;开产日龄、开产体重和开产蛋重年遗传进展分别为-0.014 d、1.14 g、0.018 g。结果表明:芦花鸡H系各开产性状均为中等遗传力性状,开产蛋重与开产日龄呈中等遗传正相关,与开产体重呈高遗传正相关,开产日龄与开产体重遗传相关较低,经过5个世代的选育,芦花鸡H系开产性状有了一定的遗传进展。对芦花鸡H系开产性状遗传参数和育种值的确定与分析研究结果,为芦花鸡H系选育制定适宜的综合选择指数、选育方案以及加快选育进程提供科学依据。

不同狼山鸡累计产蛋数曲线拟合和比较分析

运用Logistic、Gompertz和Bertallanffy 3种被广泛采用的非线性生长模型对狼山鸡的累计产蛋数进行拟合分析,结果表明,3种模式都能很好地对其累计产蛋数进行拟合,拟合度(R2)都在0.99以上,但Bertallanffy模型对狼山鸡的累计产蛋数拟合效果更佳,Bertallanffy模型拟合的拐点日龄和拐点产蛋数更为准确;进一步分析Bertallanffy模型拟合参数,发现狼山鸡的拐点产蛋数为66.142个,狼山鸡的拐点日龄275.412 d,在生产中可以运用该模型对狼山鸡的饲养日累计产蛋数进行估计与预测。

汶上芦花鸡与芦花鸡H系屠宰性能及肉品质的比较

研究以汶上芦花鸡与培育的芦花鸡H系为试验素材,每个品种(系)随机选取100只(公母各半)120日龄个体进行屠宰,比较分析屠宰性能和肉品质。结果表明:汶上芦花鸡和芦花鸡H系的屠宰率、全净膛率和半净膛率差异不显著(P>0.05);芦花鸡H系公鸡胸肌率显著高于汶上芦花鸡公鸡(P<0.05)。两个群体胸肌的p H值显著低于腿肌的p H值(P<0.05),汶上芦花鸡母鸡腿肌的p H值显著低于芦花鸡H系母鸡腿肌的p H值(P<0.05);剪切力、失水率、肉色在公母、胸腿肌之间均表现显著差异(P<0.05);肌肉化学指标中,两个群体公、母鸡腿肌中的水分和粗脂肪含量均显著高于胸肌(P<0.05),腿肌中的粗灰分和粗蛋白含量均显著低于胸肌(P<0.05)。总体而言,与汶上芦花鸡相比,培育的芦花鸡H系在屠宰性能和肉品质上并未发生显著改变。

基于RAD-seq简化基因组测序的河南斗鸡遗传进化研究

研究旨在基因组水平上揭示河南斗鸡的遗传进化机制。利用RAD-seq简化基因组测序鉴定河南斗鸡与其他18个地方鸡种、2个引入肉鸡品种的SNP标记,计算遗传统计量,分析河南斗鸡的遗传多样性和遗传结构,鉴定受选择基因。结果表明,在河南斗鸡中鉴定出SNP标记259,412个。与其他18个地方鸡种相比,河南斗鸡的观察杂合度Ho(0.1560)和核苷酸多样度Pi(0.1752)均为最低,近交系数Fis为0.1099,遗传多样性相对匮乏;河南斗鸡的平均遗传分化系数Fst最高(0.2187),平均基因流Nm最低(0.9017),在以引入品种为外群的系统发育树中形成一个独立的分支。通过Fst和θπ检验,在河南斗鸡中鉴定出24个受选择区域、129个受选择基因。GO和KEGG分析表明这些受选择基因主要富集在能量代谢、神经系统发育、运动行为、微管细胞骨架等生物学通路。

基于RAD-seq简化基因组测序的19个地方鸡种遗传进化研究

旨在基因组水平上揭示地方鸡种的遗传进化,发掘重要种质特性基因。本研究利用简化基因组RAD-seq测序鉴定19个地方鸡种(每个品种按照家系选取30个个体,10公、20母)基因组SNP标记,计算观察杂合度(Ho)、核苷酸多样度(Pi)、近交系数(Fis)、遗传分化系数(Fst)和基因流(Nm)等遗传统计量指标,分析地方鸡种的遗传多样性和遗传结构,并通过选择信号检测鉴定基因组受选择基因。结果表明,在19个地方鸡种中鉴定出400562个SNPs标记。瓢鸡(PJ)和文昌鸡(WC)的遗传多样性最为丰富,观察杂合度(Ho)分别为0.2468、0.2430,核苷酸多样度(Pi)分别为0.2781、0.2655;河南斗鸡(DJ)的遗传多样性相对匮乏,Ho为0.1560,Pi为0.1752;东乡绿壳蛋鸡(DX)和边鸡(BJ)的近交系数最高(Fis>0.1600)。瓢鸡与文昌鸡、惠阳胡须鸡(HX)、藏鸡(ZZ)、大围山微型鸡(WX),惠阳胡须鸡与文昌鸡,藏鸡与茶花鸡(CH)间的遗传分化最低(Fst<0.1000),对应的基因流最高(Nm>0.2400)。河南斗鸡与其它品种间的遗传分化均处于较高水平,与其中15个品种间的Fst>0.2000、Nm<1.0000。遗传聚类分析(2个引入品种做外群)将地方鸡种总体上分为5类,与品种形成历史和地理分布基本吻合。通过选择信号分析,在19个地方鸡种合并群体中检测出9个常染色体上的26个区域受到选择作用,包含31个受选择基因。这些受选择基因广泛参与免疫系统调节、生殖机能调控、应激响应、代谢等生物学过程。利用基因组SNP标记能更全面准确地揭示地方鸡种的遗传多样性和遗传结构,选择作用主要体现在对地方鸡种抗逆抗病特性、配子活力及行为等方面的塑造。

鸡球虫病四价活疫苗对毒害艾美耳球虫和柔嫩艾美耳球虫的免疫效果观察

为评价一种商品化鸡球虫病四价活疫苗[柔嫩艾美耳球虫(E.tenella)、毒害艾美耳球虫(E.necatrix)、巨型艾美耳球虫和堆型艾美耳球虫]对E.necatrix和E.tenella的免疫保护效果,本研究基于试验鸡血便记分、存活率、相对增重率、病变值、卵囊值及抗球虫指数(ACI)等指标对其免疫效果进行检测。结果表明,免疫攻虫组抗E.necatrix和E.tenella的ACI分别为157.3和135.6,均低于160,表明该球虫疫苗抗两种球虫的效果均为低效。然而,免疫攻虫组鸡血便数量、血便记分、增重、卵囊产量和病变记分等指标均优于阳性对照组。综合指标显示,该疫苗对E.necatrix和E.tenella具有一定的免疫保护力,但单纯采用疫苗并不能够达到防控鸡球虫病的目的。

我国不同地方品种鸡(Gallus gallus domesticus)对柔嫩艾美耳球虫的易感性

旨在比较不同品种鸡（Gallus gallus domesticus）对柔嫩艾美耳球虫的易感性差异。选取26日龄无球虫感染的24个我国地方品种鸡和国外引进品种隐性白羽鸡各45只,分别分为2个感染组和1个非感染对照组,每组15只。感染组每只鸡嗉囊内接种1×105个孢子化柔嫩艾美耳球虫卵囊,基于感染鸡的死亡率、相对增重率、肠道病变记分、卵囊产量和抗球虫指数（ACI）等指标,评价不同鸡种对柔嫩艾美耳球虫的易感性。25个鸡种中,狼山鸡、藏鸡、大骨鸡、萧山鸡、文昌鸡、安义瓦灰鸡、白耳黄鸡、仙居鸡、大围山微型鸡和金湖乌凤鸡易感性最低,ACI介于56.80～85.76,表现为未发生死亡或死亡率低,相对增重率高,肠道病变记分低,但卵囊产量相对较高（藏鸡除外）。隐性白羽鸡、清远麻鸡、惠阳胡须鸡、固始鸡、北京油鸡、瓢鸡和汶上芦花鸡易感性最高,ACI介于-11.64～18.67之间,表现为死亡率较高（北京油鸡除外）,相对增重率较低,肠道病变记分和卵囊产量较高（固始鸡除外）。其余8个品种易感性中等,ACI介于29.81～53.36。不同品种鸡对柔嫩艾美耳球虫的易感性存在较大的差异,且肉用型品种较蛋肉兼用型品种易感性高。

苏禽乌骨鸡累计产蛋数曲线拟合和比较分析

运用Logistic、Gompertz和Bertallanffy 3种被广泛采用的非线性生长模型,对苏禽乌骨鸡的累计产蛋数进行拟合分析。结果表明,3种模型都能很好地对其累计产蛋数进行拟合,拟合度(R2)都在0.99以上,尤其以Bertallanffy模型对苏禽乌骨鸡的累计产蛋数拟合效果最佳,其拟合的拐点周龄和拐点产蛋数更为准确;进一步分析Bertallanffy模型拟合参数,发现苏禽乌骨鸡的极限产蛋数为199.14个,拐点产蛋数为60个,产蛋拐点在产蛋后3.83周,与实际相当,在生产中可以运用该模型对苏禽乌骨鸡的累计产蛋数进行估计与预测。

基于RAD-seq简化基因组测序评价鹿苑鸡不同保种群保种现状

本研究旨在评价基因库与保种场两个鹿苑鸡保种群的保种现状。利用RAD-seq简化基因组测序鉴定基因库与保种场两个鹿苑鸡群体的SNP标记,通过计算遗传统计量,比较分析两个群体的遗传差异。结果,经过两步数据质控,在基因库与保种场两个鹿苑鸡群体中分别鉴定出SNPs标记395 021个和428 314个,两个群体的平均杂合度Ho分别为0.211 1和0.206 8,群体间的遗传分化系数Fst为0.005 6;在Structure模型聚类分析中两个群体始终聚为一类,没有个体分离出来,表明两个鹿苑鸡群体未发生显著遗传分化(P>0.05)。两个群体的近交系数Fis分别为0.178 8和0.193 5,相对较高的近交水平可能是由于起始基础群规模较小(抢救性保护)所导致的。进一步的选择信号分析发现,两个鹿苑鸡群体在1、2、5、Z等染色体区域(位点)上存在一定分化,通过F_(st)和θ_π检验鉴定出58个受选择区域,筛选到96个受选择候选基因。GO和KEGG分析表明,这些差异基因主要富集在能量代谢、信号传递、应激免疫反应等调控通路。利用全基因组SNP标记信息可以更全面地评价保种现状,研究结果为进一步优化鹿苑鸡保种技术方案提供了依据。

东乡绿壳蛋鸡和苏禽绿壳蛋鸡产蛋性能及蛋品质比较

研究测定和比较了东乡绿壳蛋鸡与苏禽绿壳蛋鸡的产蛋性能和蛋品质。结果表明,苏禽绿壳蛋鸡的开产日龄比东乡绿壳蛋鸡显著提前;苏禽绿壳蛋鸡的开产蛋重、开产体重、300日龄体重、300日龄和66周龄产蛋数均显著高于东乡绿壳蛋鸡;苏禽绿壳蛋鸡的蛋重、蛋壳重、蛋黄重、哈氏单位均显著高于东乡绿壳蛋鸡;苏禽绿壳蛋鸡高峰期产蛋率显著高于东乡绿壳蛋鸡;开产日龄与开产蛋重呈极显著正相关(P<0.01),开产日龄与300日龄体重、300日龄产蛋数和66周龄产蛋数呈现极显著负相关(P<0.01);开产蛋重与开产体重、300日龄蛋重和300日龄产蛋数呈极显著正相关(P<0.01);开产体重与300日龄体重、300日龄蛋重、300日龄产蛋数和66周龄产蛋数呈极显著正相关(P<0.01);300日龄体重分别与300日龄蛋重呈极显著正相关(P<0.01);300日龄产蛋数与66周龄产蛋数呈极显著正相关(P<0.01)。

芦花鸡H系生长及累计产蛋数曲线拟合分析

为了解芦花鸡H系在育种及生产过程中生长发育和产蛋的规律,采用三种非线性生长模型Logistic、Gompertz和Bertalanffy对芦花鸡H系的生长和累计产蛋数进行拟合,结果表明,三种模型都能对其生长和累计产蛋数进行拟合,拟合度(R^2)都在0.990以上。Bertalanffy模型对芦花鸡H系体重累积生长和累计产蛋数曲线拟合效果最佳,拟合的成熟体重为1 236.84 g,极限产蛋数为236.98个,结果符合芦花鸡H系的实际生产情况。因此,在育种和生产中可以运用该模型对芦花鸡H系的生长曲线和累计产蛋数进行估计与预测。

文昌鸡性成熟启动前后下丘脑c-Myc/LIN28B/let-7a通路表达规律分析

本研究旨在分析c-Myc/LIN28B/let-7a调节通路与鸡性成熟启动的关联。测定5～17周龄文昌鸡母鸡卵巢重量、最大卵泡直径、输卵管长度及冠大小的发育性变化,并采用qRT-PCR检测c-Myc/LIN28B/let-7a基因在性成熟启动前后下丘脑中的表达。结果表明,在发育早期,文昌鸡性腺组织发育缓慢,卵泡保持原始状态。12周龄后,性腺组织进入快速发育期,13周龄母鸡的卵巢重量（1.35g）和输卵管长度（15.68cm）与12周龄测量值（0.60g,7.16cm）相比分别增加了125%和120%,同时出现等级前小白卵泡（SWF,直径1.0～2.0 mm）或大白卵泡（LWF,直径3.0～5.0mm）,由此确定,12～13周龄为文昌鸡母鸡的性成熟启动关键时机。qRT-PCR检测表明,c-Myc、LIN28B基因在文昌鸡性成熟启动时,下丘脑组织中的表达水平显著降低（P〈0.05,P〈0.01）,且c-Myc基因的低表达能够持续到开产,而LIN28B基因表达水平在开产前（15周龄）又恢复至较高水平;性成熟启动后let-7a表达水平显著升高（P〈0.01）,并持续至开产。综上表明,c-Myc→LIN28B┤let-7a通路参与鸡性成熟启动调节。

江西2个地方鸡品种MHC B-G座位多态性及生物信息学分析

利用PCR和测序技术获得江西安义瓦灰鸡和东乡绿壳蛋鸡MHC B-G基因全序列,分析其序列多态性,并预测其蛋白质结构与功能。结果表明:瓦灰鸡和东乡绿壳蛋鸡MHC B-G基因全序列大小分别为6 427和6 107bp,2个鸡品种存在216个变异位点,均为单一多态位点,共缺失624bp。核苷酸多样度(Pi)为0.037 2,平均核苷酸差异(K)为216。2个鸡品种MHC B-G蛋白的二级结构以无规则卷曲和延伸链为主,且具有明显的跨膜螺旋结构,疏水性、柔韧性、表面可能性及抗原性预测结果显示,该蛋白具有丰富的B细胞抗原位点,分别含有108和85个磷酸化位点。MHC B-G蛋白在2个鸡品种中功能类似,但存在一定差异,2个鸡品种MHC B-G蛋白均在运输与合成功能方面可能性均最大。此外,瓦灰鸡MHC B-G蛋白主要承担生物合成辅因子的功能,在转录方面发挥重要作用;而MHC B-G蛋白在东乡绿壳蛋鸡中主要承担阳离子通道的作用。

五个地方鸡种蛋品质的比较研究

为探讨藏鸡、茶花鸡、北京油鸡、狼山鸡和汶上芦花鸡5个地方鸡种的蛋品质差异,挖掘地方鸡种蛋用性能,研究对5个地方鸡种的蛋品质性状进行方差分析及相关性分析。结果显示:汶上芦花鸡的平均蛋重显著高于藏鸡和茶花鸡(P≤0.05);藏鸡和茶花鸡的蛋壳色泽显著浅于狼山鸡(P≤0.05),藏鸡的蛋壳强度显著高于狼山鸡(P≤0.05);汶上芦花鸡的蛋白高度显著高于藏鸡(P≤0.05);5个品种的蛋黄色泽、蛋形指数、蛋黄比率和哈氏单位之间没有显著性差异(P>0.05)。5个品种的蛋壳强度和蛋壳厚度呈极显著正相关(P≤0.01),汶上芦花鸡的蛋重和蛋黄色泽呈极显著性正相关(P≤0.01),藏鸡的蛋重和蛋黄比率呈极显著性负相关(P≤0.01)。此外,5个品种蛋品质性状的平均变异系数都超过12%,证明保种群体内的遗传变异较大,群体近交程度较低,遗传多样性丰富。研究结果表明蛋品质性状在不同品种间存在显著差异且地方品种在蛋品质性状上具有优异的潜在性能,为地方鸡种资源的保护及开发利用提供基础数据参考。

禽白血病病毒在惠阳胡须鸡和汶上芦花鸡的垂直传播特性分析

旨在探明禽白血病病毒(ALV)在地方鸡种惠阳胡须鸡和汶上芦花鸡的垂直传播特性。以惠阳胡须鸡和汶上芦花鸡为素材,43周龄时进行血液与精液ALV病毒分离检测,结合系谱追溯筛选个体组建两个大试验组:阳性惠阳胡须鸡♂×阴性汶上芦花鸡♀;阴性汶上芦花鸡♂×阳性惠阳胡须鸡♀。后代群体隔离饲养,进行1日龄胎粪p27抗原、42日龄泄殖腔拭子p27抗原和病毒分离检测,并对ALV分离检测阳性样本进行PCR扩增、测序和遗传演化分析确定ALV的亚型。结果表明,阳性公鸡后代胎粪p27抗原、泄殖腔拭子p27抗原和血浆病毒分离阳性率显著高于阳性母鸡后代(P<0.05),阳性公、母鸡后代病毒分离阳性率分别为8.54%和0%;阳性公、母鸡S/P值高低与其后代的p27抗原阳性率没有显著相关性(P>0.05);胎粪和棉拭子p27抗原的假阳性率较高,且与病毒分离相比,胎粪p27抗原检测的漏检率为15%;序列分析和遗传演化分析结果表明病毒分离检测阳性个体均为ALV-J。公鸡在地方鸡种惠阳胡须鸡和汶上芦花鸡ALV垂直传播中发挥重要作用,在禽白血病净化过程中要加强对于公鸡感染的监测。

禽白血病病毒感染鸡肝脏的转录组变化与新基因分析

试验以禽白血病病毒感染汶上芦花鸡和正常汶上芦花鸡肝脏为研究对象,利用RNA-Seq技术对其进行高通量转录组测序,分析基因组结构信息及挖掘新转录本及新基因的功能,6个样品共获得254 413 928条有效数据(Clean Reads),总计32.05 Gb。得到可靠的SNP位点673 689个,其中位于基因区的SNP位点469 160个,基因间的SNP位点204 544个。6个样品中平均8 249个基因涉及可变剪接,其中外显子跳跃事件比例最大,其次为第一个外显子可变剪接事件,并对6 283个基因结构进行了优化,修正基因的边界。与所选鸡的参考基因组序列进行对比,共发掘新基因1 446个,其中1 058个新基因得到功能注释。研究进一步完善汶上芦花鸡的基因结构信息,为发掘潜在的新抗白血病基因提供分子水平依据。