液相芯片技术在沙门菌抗原缺失血清型鉴定中的应用

目的探讨液相芯片技术在检测、鉴定抗原缺失的沙门菌中的应用。方法依据国标GB 4789.4-2016和盲样考核手册,对3份考核盲样进行增菌分离培养和生化鉴定,分别采用血清凝集和多重PCR液相芯片技术进行血清型分型,比较其优缺点。结果3份考核样经分离、纯化,以血清凝集法和多重PCR液相芯片技术进行分型分析,鉴定结果一致,2份样品为阿贡纳沙门菌和婴儿沙门菌,1份样品为未检出。2017S-10(5)-1 H相中第二相未观察到凝集现象,2017S-10(5)-3第一相观察不到凝集现象,分别经3次、2次诱导后才获得鉴定结果,分别耗时3d、2d,平均成本为1 000元/样本;液相芯片技术分型耗时4h,平均成本为500元/样本。结论利用液相芯片技术能够快速、准确鉴定抗原缺失血清型沙门菌,可在有条件的机构推广。

一起GⅡ/2型诺如病毒腹泻疫情的病原学检测

目的 研究一起常州地区感染性腹泻暴发疫情的病原类别及其基因型别.方法 用诺如病毒特异性引物对15份病例标本通过逆转录-聚合酶链反应（RT-PCR）方法进行病毒核酸扩增,阳性产物回收测序,用Clustal W和MEGA 7.0分析软件对序列进行序列比对和系统进化分析.结果 15份病例中9份诺如病毒阳性,均为GⅡ型.阳性产物进行核酸序列测定并分析,均为GⅡ/2型.结论 该次感染性腹泻暴发疫情由诺如病毒GⅡ/2型引起.

一起不明原因腹泻疫情的病原学研究

目的研究一起常州地区发生的不明原因感染性腹泻疫情的病原种类。方法应用FilmArray多重PCR法及实时荧光定量PCR快速检测腹泻病例肛拭子标本。结果18份病例标本中5份为肠出血性大肠杆菌(EHEC)。结论该起疫情由EHEC引起。

“常州疾控”微信公众号关注者参与度影响因素研究

目的了解公众对疾病预防控制机构官方微信公众号的需求,探讨影响信息传播效果的因素,为提高微信公众号信息传播效果、提升公众科普实效提供借鉴。方法收集2020年12月28日—2021年12月31日常州市疾病预防控制中心微信公众号发布的407篇推文,采用二元logistic回归模型分析影响关注者参与度的因素。结果与工作类推文相比,风险(OR=66.474)、政策(OR=49.358)类推文关注者参与度较高;以春季发布的推文相比,秋季(OR=7.932)发布的推文关注者参与度较高(P<0.05)。结论常州市疾病预防控制中心微信公众号应找准定位,抓住公众关心的健康热点话题,以季节防病为切入点,着力公众喜爱的科普的创作,提升信息发布的权威性、科学性,增强用户互动、提高黏性,扩大影响力。

鲍氏不动杆菌血流感染的临床分离株耐药性及毒力相关基因分布

目的探讨鲍氏不动杆菌血流感染的分离株耐药性及毒力相关基因分布差异。方法分析2018年1月-2021年12月从常州市疾病预防控制中心等数家合作医疗机构中检出的鲍氏不动杆菌的标本来源、感染科室分布及耐药状况;全自动微生物药敏分析仪做菌株鉴定、药敏试验,多位点序列分型探讨菌株克隆型,黏液拉丝试验鉴定菌株的毒力表型,聚合酶链式反应检测菌株毒力基因、荚膜血清型。结果鲍氏不动杆菌菌株主要来源于痰、伤口分泌物、血液标本;鲍氏不动杆菌菌株分布主要科室是重症监护病房(ICU)、创伤显微外科、神经外科;鲍氏不动杆菌菌株对亚胺培南、美罗培南、头孢哌酮/舒巴坦的耐药率比较高,具有多药耐药和广泛耐药性;鲍式不动杆菌菌株种包含15种ST型(牛津分型),主要为ST195,共检测出黏液丝试验阳性菌株22株(占比15.28%),共检出40株荚膜血清型(占比27.78%),菌株毒力基因主要为abaI、ompA、HemO、bap、CsuE、bfmS基因。结论鲍氏不动杆菌菌株主要来源于痰等标本,主要分布在ICU,其多药耐药及广泛耐药率均较高。鲍氏不动杆菌菌株以ST195型为主要流行菌株。鲍氏不动杆菌携带多种毒力基因,临床应严格防控重症监护病房中耐药高毒力鲍氏不动杆菌菌株的传播。

血流感染来源鲍曼不动杆菌耐药和毒力基因的分析

目的:采用全基因组测序(WGS)技术分析血流感染(BSI)来源鲍曼不动杆菌(Ab)的耐药和毒力基因及两者间的关系。方法:选取2021年12月到2023年6月常州市某三甲医院BSI来源Ab菌株25株进行WGS,使用基因组流行病学中心(CGE)的ResFinder4.0程序解析其耐药基因,R软件制作热图;在PubMLST(https://pubmlst.org/)上进行多位点序列分型(MLST)和全基因组多位点序列分型(cgMLST),CSIPhylogeny1.4和FigTreev1.4.4软件绘制最大似然树(MLT),用ITOL(https://itol.embl.de)工具美化并分析其同源性,SPSS 26.0软件分析不同毒力基因耐药性差异。结果:25株Ab有20株属我国常见的ST2,其余为ST2266、ST25、ST106、ST1917、ST1641。25株Ab共检测出28种获得性耐药基因。25株菌株均携带blaADC-25,除编号为S1、S4、S10、S12、S24这5株菌株,其余均携带碳青霉烯酶耐药基因blaOXA-23和blaOXA-66,每个菌株的耐药基因分布不同,其中β-内酰胺酶耐药基因被携带的菌株数量最多。25株Ab均携带多种毒力因子,包括外膜孔蛋白、脂多糖、生物膜、外排泵、磷脂酶等毒力因子。毒力基因abaI、galE阳性菌株与阴性菌株在部分抗生素中的耐药性差异有统计学意义(P<0.05)。结论:该院Ab的耐药性、毒力特征复杂多样,携带不同毒力基因的菌株之间耐药性存在差异。

常州市2019—2022年学校札如病毒聚集性疫情的流行病学及病毒基因特征分析

目的了解常州市学校札如病毒(SaV)聚集性疫情的流行病学及病毒基因特征,为学校处置聚集性呕吐腹泻事件提供参考。方法收集2019—2022年常州市SaV聚集性疫情的流行病学资料和实验室检测数据进行流行病学分析,对SaV阳性样本进行VP1部分基因扩增和测序,并进行系统进化分析。结果2019—2022年常州市中小学及幼儿园共报告SaV聚集性疫情8起,报告病例数118例,总罹患率为1.47%,罹患人数中位数为15例。疫情流行时间集中在9—12月,场所分布为幼儿园6起,小学2起;主要临床表现为呕吐(113例,95.76%)、腹痛(39例,33.05%)、腹泻(16例,13.56%)。8起疫情中17株样本株测序成功,其中5起疫情由GII.3基因型引起,另外3起分别为GI.1、GI.3和GII.2。GI和GII是本地区主要型别,GII.3为聚集性疫情流行优势株。结论SaV是学校聚集性呕吐腹泻疫情中的重要病原体,应对其进行持续监测,进一步了解其流行特征及病毒基因型分布情况,为学校疫情防控提供科学依据。

核酸检测在HIV检测策略中的应用探讨

目的分析本地区HIV待确证样本核酸检测和WB结果,探讨核酸检测在HIV检测策略中的应用。方法收集常州市2019-2021年共1382份HIV待确证样本,在获得WB确证(包括随访后)结果后进行核酸检测,通过比较两种方法的检测结果分析不同检测策略的灵敏度、特异性和符合率。结果1382份HIV待确证样本出具了1073份HIV-1抗体阳性报告,165份HIV-1抗体不确定报告,144份HIV-1抗体阴性报告。1073份抗体阳性样本核酸检出率为96.37%(1034/1073),165份抗体不确定样本核酸检出率为32.12%(53/165),144份抗体阴性样本检出2例高病毒载量样本。抗体不确定样本随访率33.94%(56/165),核酸检出率和随访抗体阳性率单条带样本分别为20.54%(23/112)和27.59%(8/29),双条带样本为52.08%(25/48)和72.73%(16/22),三条带样本均为100.00%(5/5)。含p24条带样本分别为64.15%(34/53)和65.52%(19/29)。补充实验检测策略分别采用先抗体确证再随访、先抗体确证再核酸检测和先核酸检测再抗体确证的灵敏度为98.39%(1102/1120)、100.00%(1120/1120)和86.34%(967/1120),特异性为62.60%(159/254)、99.61%(253/254)和99.61%(253/254),符合率为91.78%(1261/1374)、99.93%(1373/1374)和88.79%(1220/1374)。结论HIV核酸检测可以提高抗体不确定样本的阳性发现率,并避免抗体阴性样本漏检,应用抗体确证再核酸检测的检测策略具有最佳的灵敏度、特异性和符合率。

205份HIV抗体不确定样本WB带型特征及其分析

目的分析常州地区艾滋病病毒(HIV)抗体不确定样本的蛋白印迹(WB)带型特征。方法收集2010-2018年常州地区205例HIV抗体不确定样本,对其WB带型进行分析。结果205例HIV抗体不确定样本中,WB条带ENV、POL和GAG出现率分别为90.24%、0.98%和69.76%;gp160出现率为31.71%,gp160+p24为32.20%,p24为18.05%,gp160+p24+p17为8.78%,gp160+gp120为6.83%。男女性WB条带,gp160出现率分别为83.67%和75.86%,gp120分别为10.88%和0,p24分别为68.03%和41.38%,p17分别为10.88%和5.17%;带型gp160出现率分别为21.09%和58.62%,gp160+p24分别为39.46%和13.79%,p24分别为16.33%和22.41%。<20岁、20~39岁、40~59岁和≥60岁年龄组WB条带,gp160出现率分别为4/4、85.25%(104/122)、36/46和23/33,p24分别为1/4、62.30%(76/122)、28/46和19/33。四个年龄组WB带型,gp160出现率分别为2/4、31.15%(38/122)、13/46和12/33,p160+p24分别为1/4、35.25%(43/122)、15/46和7/33,p24分别为0、14.75%(18/122)、10/46和9/33。110例HIV抗体不确定案例随访成功,男性随访94例,阳性70例,阴性8例,不确定16例;女性随访16例,阳性3例,阴性11例,不确定2例。结论本地区HIV抗体不确定样本WB带型以gp160和p24为主;WB的条带判读是关键。

金属β内酰胺酶基因bla_(NDM)重组酶聚合酶扩增方法的建立

目的建立一种基于重组酶聚合酶(recombinase polymerase amplification,RPA)扩增方法金属β内酰胺酶基因bla_(NDM)的快速检测方法,为广泛耐药菌基因类型的确定提供技术支持。方法遵照重组酶聚合酶扩增引物和探针设计原则,以bla_(NDM)基因特异性序列为靶基因,设计相应的RPA扩增引物和探针。取梯度稀释已知拷贝数的DNA模板和致病菌核酸样品进行各扩增体系的RPA扩增实验,分析扩增体系的敏感性、特异性和重复性特征以便筛选和评价bla_(NDM)基因的RPA扩增体系。结果 3组扩增体系的引物和探针能够有效的扩增靶基因,检出限达到2×10~2copys/反应,与其他细菌样品无非特异性扩增反应,能够在2～7 min内实现靶基因有效扩增。结论建立了金属β内酰胺酶基因bla_(NDM)的重组酶聚合酶扩增体系,该反应迅速,检出限较低,具有较高的特异性,适用于耐药菌的现场检测。

食源与人源性沙门氏菌的血清和耐药水平差异分析

目的分析2012—2018年常州市食源性沙门氏菌和人源沙门氏菌分离株的血清型分布、耐药情况、喹诺酮耐药基因携带状况和菌株亲缘关系,为沙门氏菌的防治提供科学依据。方法利用血清凝集和液相芯片鉴定血清型,采用微量肉汤稀释法测定抗生素敏感性,基因序列测定法确定喹诺酮类抗生素耐药基因,对耐喹诺酮的沙门氏菌进行多位点序列(multilocus sequence typing,MLST)分型,并用BioNumerics 8.0分析亲缘关系。结果46株食源性沙门氏菌和152株人源沙门氏菌分别检测出10种和36种血清型,优势血清型分别为印第安纳沙门氏菌和鼠伤寒沙门氏菌;两种来源沙门氏菌都以红霉素耐药率最高,多重耐药菌分别占比为93.47%(43/46)和80.92%(123/152);38株喹诺酮耐药的食源性沙门氏菌GyrA亚基主要发生双突变Asp87Asn、Ser83Phe,ParC亚基主要发生单突变Ser80Arg,119株喹诺酮耐药的人源沙门氏菌qnrS基因检出率较高,达到了68.1%(81/119);两种来源的耐喹诺酮沙门氏菌的优势ST型分别为ST17和ST19。结论常州市两种来源沙门氏菌耐药菌抗生素敏感性一致;具有协同耐药的情况,但是两者喹诺酮耐药基因突变和携带又不一致;耐喹诺酮菌株ST型分布也不一致,亲缘关系较远。提示我们本地区通过食物传播引起沙门氏菌耐药菌感染的概率较小,两者的治疗应区别用药。

2017-2018年常州市甲型H3N2流感病毒血凝素基因特征分析

目的了解2017—2018年江苏省常州地区H3N2流感病毒血凝素(hemagglutinin,HA)基因的流行特征和变异情况。方法收集2017年4月至2018年3月常州市流感监测哨点医院采集的流感样病例咽拭子标本,用实时荧光定量RT-PCR的方法检测流感病毒核酸,H3N2阳性标本进行病毒分离,获得毒株后进行HA基因扩增和测序。结果在2017年4月至2018年3月间共分离获得28株甲型H3N2流感病毒毒株,经基因测序后构建系统进化树,发现其全部属于Group3C.2a,与同期疫苗株A/Hong Kong/4801/2014类似。将常州市分离的甲型H3N2流感病毒株与A/Hong Kong/4801/2014疫苗株在HA氨基酸序列上进行差异分析,发现常州分离的流行毒株在HA抗原决定簇(A-E)区域,有10个氨基酸位点突变,在HA抗原的茎部区域有2个氨基酸位点突变。结论2017年4月至2018年3月间常州市流行的H3N2流感病毒与同期疫苗株A/Hong Kong/4801/2014(group 3C.2a)分布在同一进化分枝上,呈现1个基因亚组为主流的流行趋势,但HA抗原决定簇有部分氨基酸位点发生了突变,提示可能有变异发生,可能会对疫苗免疫效果产生一定的影响,需要在今后的工作中加强监测。

基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱在车间洁净室污染同源性分析中的应用

目的调查车间洁净室的微生物污染来源。方法对车间的空气,环境和人员进行微生物采样和培养,然后使用MALDI-TOF-MS进行检测,并使用仪器配套的微生物鉴定系统进行同源性分析。结果共检出14种41株细菌。选择9株表皮葡萄球菌进行同源性分析,来源于人员手套和头套上的表皮葡萄球菌有94.00%的同源性。来源于沉降菌和地面环境及人员的表皮葡萄球菌之间有83.00%的同源性,均较标准菌株的71.00%为高。结论同源性分析证明车间洁净室的污染主要来自人员,其次来源于车间外环境。企业需要加强管理,防范微生物污染的发生。MALDI-TOF-MS可应用于快速检测复杂的环境菌并进行同源性分析。

液相悬浮芯片技术在沙门氏菌血清分型中的应用优势

目的探讨液相悬浮芯片技术对食品风险监测和哨点医院食源性疾病监测中分离的沙门氏菌株血清型别鉴定的可行性及适用性。方法对已分离出的沙门氏菌用传统玻片凝集试验进行血清分型,同时采用液相悬浮芯片技术对沙门氏菌的O抗原、H抗原、AT抗原基因进行分型鉴定。结果2012—2019年共收集沙门氏菌215株,可分出38种血清型,其中96%可用液相悬浮芯片技术进行完整分型,且与传统血清凝集结果相符。其中有11株不能用玻片凝集法分型的沙门氏菌,有8株用SSA试剂盒能成功分型。结论液相芯片技术具有高通量、高灵敏度、高特异性等优点,可在短时间内完成常见沙门氏菌血清型的鉴定。相对传统血清凝集法在检测时间上有明显优势,特别是在处理沙门氏菌暴发疫情时,对沙门氏菌血清快速分型至关重要。