微卫星位点在基因组扫描中的信息表现

目的 研究汉族人群中 139个微卫星位点的杂合度和多态信息量 (polymorphisminformation content,PIC)。方法 应用多重 PCR方法对 139个位点进行扩增。聚丙烯酰胺凝胶电泳分离 ,Gene Scan TM、Genotyper TM软件进行基因分型。结果 这些微卫星位点的杂合度为 0 .35～ 0 .89,其中 88%的杂合度 >0 .6 0 ,PIC为 0 .32～ 0 .88,94%位点的 PIC>0 .5 0。结论 微卫星位点有较高的多态信息量 ,在不同群体间存在一定的差异 ,在遗传分析中有广泛的应用价值。

单管双向等位基因专一性扩增的单核苷酸多态分型的新方法

目的 建立一种基于等位基因专一性 PCR原理的单核苷酸多态 (single nucleotidepolymorphism ,SNP)分型新方法 :单管双向等位基因专一性扩增 (single- tube bi- directional allele specificamplification,SB- ASA) ,并考察专一性引物的 3′端第 3位碱基不配对对特异延伸的影响。方法 一个PCR反应体系包含两个 3′末端分别与 SNP两个等位基因特异结合的引物 ,它们延伸方向相反 ,产生长度不同的等位基因专一性扩增产物 ,同时在两个等位基因特异性引物的 3′端第 3位碱基引入不配对以增加特异性。PCR产物经琼脂糖凝胶电泳后分析确定样本的基因型。观察在不同的温度条件下 ,近 3′末端引入与不引入碱基不配对时两种引物特异延伸的情况 ,比较两种引物能特异延伸的退火温度 (annealingtemperature,Ta)范围。结果 对于 4个不同类型的 SNP位点 ,SB- ASA都成功地分型了 36个样本 ,与直接测序的结果完全一致。两条专一性引物 3′端第 3位碱基引入不配对后 ,能特异延伸的退火温度 Ta范围分别从 6 4℃～ 6 9℃、6 0℃～ 6 2℃扩大到 46℃～ 6 6℃、5 6℃～ 6 1℃。结论 SB- ASA是一种简单快速而有效的 SNP分型新方法 ;在等位基因专一性 PCR体系中 ,专一性引物 3′端第

变性高效液相色谱与直接测序法在单核苷酸多态性检测中的应用比较

目的 了解变性高效液相色谱 (denaturing high performance liquid chromatography,DH-PL C)方法 ,在人类基因组单核苷酸多态性 (single nucleotide polymorphism,SNP)检测中的灵敏度和精确度。方法 应用 DHPL C方法检测了 41份样本 ,并与直接测序法相比较。结果 在 41个样本的检测中 ,DHPL C的检出率达到了 10 0 %。在大规模样本的杂合子筛检中 ,检测的错误率几乎为 0。结论 DHPL C技术是一项可用于未知 SNP的检测、尤其是在人群中大规模筛查已知 SNP的有效手段。