基于生物信息学分析筛选镍变应性接触性皮炎的关键基因

目的利用生物信息学方法分析镍变应性接触性皮炎(Ni-ACD)皮损与正常皮肤的差异基因,筛选关键基因,并进行治疗药物预测。方法由基因表达数据库(GEO)检索得到GSE60028及GSE168735数据集,采用R语言对数据进行校正、筛选差异表达基因、基因本体(GO)功能分析和京都基因与基因组百科全书数据库(KEGG)通路富集分析,并对2个数据集交集的差异基因进行蛋白-蛋白相互作用(PPI)分析,通过Cytoscape分析得到关键基因,将12个关键基因输入Connectivity Map(CMap)中预测治疗Ni-ACD的潜在化合物。结果本研究筛选获得GSE60028和GSE168735数据集交集差异表达基因417个,关键基因MX1、ISG15、IRF7、XAF1、BST2、IRF1、IFI35、OAS2、RSAD2、IFIT3、ISG20和OASL共12个。GO及KEGG分析结果表明,差异表达基因主要参与白细胞的细胞-细胞黏附、细胞因子介导的信号通路、白细胞迁移、T细胞激活的调节和白细胞的细胞-细胞黏附的调节等生物过程,主要富集在细胞因子及免疫相关通路上。预测得到10种化合物,可能对Ni-ACD具有潜在的治疗作用。结论本研究基于生物信息学方法筛选Ni-ACD关键基因,并预测潜在的治疗药物,为临床及药物研究提供参考。

两种致敏途径诱导的过敏性气道炎症小鼠模型的免疫应答比较

目的比较两种致敏途径诱导的过敏性气道炎症小鼠模型的免疫炎症差异,为使用过敏性气道炎症小鼠模型的研究提供参考。方法建立卵清蛋白经腹腔致敏和经皮肤致敏诱导的过敏性气道炎症小鼠模型,通过ELISA分析小鼠血清中的总IgE和OVA特异性IgE。支气管肺泡灌洗液细胞行瑞士-吉姆萨染色以评估嗜酸性气道炎症。对肺组织进行苏木素伊红染色和高碘酸希夫染色以评估其组织病理学变化,肺免疫细胞进行mRNA测序和数据分析。结果经腹腔致敏和经皮致敏诱导的过敏性气道炎症小鼠模型均表现出肺组织嗜酸性粒细胞浸润、支气管上皮杯状细胞增生、Th2型细胞因子表达上调的炎症反应。但腹腔致敏模型系统免疫更强,经皮致敏模型局部免疫更强。哮喘相关通路如JAK-STAT信号通路在两个模型中均上调而Hippo通路仅在经皮致敏模型中下调。经皮致敏模型与金属蛋白酶、肥大细胞和嗜碱性粒细胞的关系更密切。结论过敏原经腹腔和经皮肤致敏途径不同,诱导产生的过敏性气道炎症小鼠模型的免疫学表型和分子机制存在差异。

恶唑酮诱导的小鼠急性至慢性皮炎T细胞免疫表型的变化

目的比较恶唑酮诱发的急性至慢性皮炎小鼠皮损处T细胞免疫表型的变化。方法建立恶唑酮(oxazolone,OX)诱导的急性、亚急性和慢性皮炎小鼠模型。通过小鼠耳部皮损及组织学改变、T细胞极化相关转录因子及效应细胞因子表达、角质细胞来源的细胞因子表达和血清IgE水平等比较半抗原诱导的急性至慢性皮炎小鼠模型皮损处T细胞免疫表型的变化。结果随着OX激发次数的增加,小鼠皮肤厚度呈逐渐增加然后缓慢下降并趋于稳定的趋势。急性至慢性皮炎小鼠外周血清IgE水平均显著升高,在亚急性期达最高水平。OX诱导的急性皮炎,皮损处Th1效应细胞因子IFN-γ和TNF-α表达显著升高;OX诱导的亚急性皮炎,皮损处Th2效应细胞因子IL-4和IL-13表达开始显著升高,并出现IL-22的升高;OX诱导的慢性皮炎,皮损处Th17效应细胞因子显著升高。角质形成细胞来源的IL-25和IL-33在急性皮炎中表达最高,之后逐渐下降,胸腺基质淋巴细胞生成素(thymic stromal lymphopoietin,TSLP)表达水平在炎症各阶段无变化;IL-36α在亚急性皮损中升高并持续升高至慢性期;IL-1β和IL-6在亚急性和慢性皮损中显著升高。结论增加恶唑酮激发次数可逐渐诱导小鼠急性、亚急性和慢性皮炎改变,在此过程中皮损内T细胞表型也表现为从Th1向Th2优势转化,再向Th1、Th2和Th17混合表型的变化。

小鼠骨髓B细胞发育过程中环状RNA的鉴定与功能分析

[目的]鉴定小鼠骨髓B淋巴细胞发育各阶段表达的环状RNA(circRNA),并初步探究其在B细胞发育过程中的潜在功能。[方法]利用流式细胞分选技术从3只正常小鼠的骨髓中分离得到不同发育阶段的4群B细胞亚群,利用RNA-Seq高通量测序技术鉴定各细胞亚群中表达的circRNA,并通过生物信息学工具与在线数据库对随发育呈持续性上调与下调表达的circRNA进行表达分析与功能分析。[结果]小鼠B细胞在骨髓内发育各阶段表达的circRNA共约千余个,这些circRNA全长范围多在150 bp~10000 bp,其中约55.72%的circRNA长度小于1500 bp;表达分析发现5个circRNA随B细胞发育呈持续性上调或下调表达;利用在线数据库进行预测分析,结果显示5个circRNA存在42个潜在靶miRNA,256个潜在靶mRNA,其中与B细胞发育密切相关的靶基因包括Sirt1、TLR4、FOXO1和Notch1等;GO分析与KEGG分析结果显示,这些靶基因可能参与PI3K-Akt与MAPK等信号通路。[结论]B细胞在骨髓内发育过程中表达千余个circRNA,其中随B细胞发育而呈持续性性上调或下调的5个circRNA存在256个潜在靶基因,其中关键靶基因包括Sirt1、TLR4、FOXO1和Notch1等。这些靶基因参与PI3K-Akt与MAPK等重要信号通路,提示circRNA有可能参与B细胞的发育调控。