Voronoi多面体的计算

Voronoi多面体的计算和统计是液态和非晶态结构研究的一个有效方法。像液氩这样的原子液体。

LiCl急冷过程中结构变化研究的一种几何学方法(英文)

计算了900K、698K、498K和298K温度下共4800个Voronoi多面体并对它们进行了统计分析.计算表明:在玻璃态转变温度区间,Voronoi多面体的统计分布有明显的变化。在以阳离子为中心的Voronoi多面体中,在298K时,四面体、五面体和六面体占总数的80%以上。

液态态密度的计算

本文较详细地叙述了液态态密度的计算方法。

计算机绘制三维曲面图形的一种改进消隐法

叙述了三维图形绘制中的一种改进的消隐方法,并提供了这种方法的流程图.

脑曲面多向投影图的计算与描绘

本文叙述了计算、描绘脑曲面投影图的方法并给出了猫脑曲面的一些投影图。投影图包含投影外形曲线、表面沟位和神经原分布示意图等。

熔融LiCL中的Voronoi多面体

分子动力学计算表明,在熔融LiCl中存在与组分离子尺寸相当的微观空孔。微观空孔的分布规律对理解系统的扩散系数、电导系数、粘度、压缩率和热膨胀系数等都有重要意义,它们与自由体积模型中的自由体积也有密切的关系。

多片双三次Bézier曲面片的C^2连续拼接探讨

文推导了两片双三次Bezier曲面片G2连续拼接的控制顶点之间的12个 约束条件.在进行多片双三次Bezier曲面片的C2连续拼接时,约束条件之间并不一定相 互独立.本文就一般场合下条件的相关性进行了探讨.

熔融BaB_2O_4急冷玻璃态结构和态密度的分子动力学模拟

采用分子动力学模拟方法研究了熔融ＢａＢ２Ｏ４急冷玻璃结构。模拟得到玻璃体的径向分布函数、配位数与熔体的实验结果相近。模拟结果表明，熔态和急冷玻璃态中存在大量ＢＯ３基团及少量ＢＯ４基团，而很少存在Ｂ３Ｏ６环。在分子动力学模拟产生的各瞬态构型基础上，通过正态模式分析方法，研究了Ｈｅｓｉａｎ矩阵元和Ｈｅｓｉａｎ矩阵本征值的计算方法，并统计得到了ＢＢＯ玻璃体静态态密度。在分子动力学模拟产生的各瞬时速度基础上，发展了速度自相关函数及其Ｆｏｕｒｉｅｒ变换程序，并计算得到玻璃体的动态态密度。模拟表明，通过各瞬态构型用Ｈｅｓｉａｎ矩阵计算得到的态密度也与由速度自相关函数的快速Ｆｏｕｒｉｅｒ分析结果得到的态密度符合得很好。

熔融BaB_2O_4急冷玻璃态光谱性质的分子动力学模拟

实验测定和分子动力学模拟研究了熔融ＢａＢ２Ｏ４急冷玻璃态结构的Ｒａｍａｎ光谱。在分子动力学模拟产生的瞬态位移和速度基础上，发展了各种相关函数及其Ｆｏｕｒｉｅｒ变换和有关动力学性质的计算程序。计算得到了βＢａＢ２Ｏ４晶态和玻璃态的Ｂ—Ｏ键长自相关函数和Ｏ原子相对位移互相关函数，及其Ｆｏｕｒｉｅｒ变换得出的Ｒａｍａｎ光谱。实验与模拟结果表明，在分子动力学模拟中调节势参数ｋ＝０．５８时，计算的晶体Ｒａｍａｎ谱主峰在６８３ｃｍ－１，玻璃态Ｒａｍａｎ谱中ＢＯ３的主峰在７６８ｃｍ－１，ＢＯ４的主峰在５９０ｃｍ－１，与实验基本相符。模拟结果表明，玻璃体中存在大量ＢＯ３基团及少量ＢＯ４基团，虽然模拟体系中很少存在Ｂ３Ｏ６环。

非线性代数方程组求根新算法

利用动力系统中的奇点理论与最优化中极值之间的一种等价关系,来求解非线性代数方程组或函数方程组的根.我们重新论证了相应的动力系统的稳定奇点对应于辅助函数的局部极大值,附加判别就能断定是否为非线性代数方程的根.3个实例用来检验算法的有效性.

LiCl急冷玻璃形成过程中微观空洞及其分布的分子动力学模拟

建立了根据计算机模拟所得相轨道计算和描述系统中存在的微观空洞的方法。分析了LiCl急冷玻璃形成过程中微观空洞分布的变化和不同半径的微观空洞的分布特点,讨论了微观空洞与系统自扩散系数间的定量关系。

LiCl急冷玻璃形成过程中局部结构的分子动力学模拟——基于周期性边界条件的Voronoi多面体计算

我们建立的在周期性边界条件下由定义直接构算模拟立方元胞中各粒子Voronoi多面体的逐次切割法,以及对熔融LiCl在急冷过程的四个温度下共二万余个Voronoi多面体的面数、体积、侧面多边形、侧面面积等信息的统计分析结果。讨了退化和非退化的Voronoi多面体与计算精度的关系。计算清楚地表明,不同的相具有不同的局部结构特征。特别值得注意的是在298K,系统的Voronoi多面体分布极为集中。文中还根据Voronoi多面体的信息计算了各温下Li^+离子和Cl^-离子的配位数和配位数的组成。

化学短程序和中程序的Voronoi多面体分析

液体和玻璃中的化学短程序是其物理模型的一个基本问题.Voronoi 多面体的计算和统计,提供了一种研究原子间短程化学有序的方法.然而,Voronoi 多面体只能描述原子最近邻的局域堆垛结构,为考察化学有序与距离的关系,特别是短程序、中程序及其间的过渡,我们提出Voronoi 多面体套的概念,并建立了它的计算方法.Voronoi 多面体套(详称胀套Voronoi 多面体)是Voronoi 多面体的直接推广.随着胀套级的递增,它由近到远地描述了原子的各层次的近邻之堆垛结构。

关于Voronoi多面体构算方法的一个注记

本文叙述了作者先前介绍的Ｖｏｒｏｎｏｉ多面体的构算方法的一种简化．在逐次切割过程的数据处理中，本文所述的方法把适时修正数据缩减到多面体的全部顶点坐标．

熔融LiCl系中微观空洞的确定和分布

分子动力学计算机模拟计算表明在熔融碱金属卤化物中存在微观空洞.本文报道计算微观空洞和描述微观空洞分布的方法. 根据模拟所求相轨道,考虑到周期性边界条件,若在中心元胞的某处能加入一个至少跟组分粒子尺寸相当的“虚粒子”且又不跟任何其它粒子(包括组分粒子和已加入的虚粒子)相交,则称在该处存在一个微观空洞,可容纳最大虚粒子的孔洞的半径即微观空洞半径. 为嵌入虚粒子,须对已存在的粒子进行搜索.以四个粒子为一组,在中心元胞中依次选择一个粒子为母粒子,在其周围的一定范围内再另任选三个粒子,构成一个四粒子组.

双三次Bézier曲面片光滑拼接的实现

该文利用贾红丽推导出的双三次B啨zier曲面片的C2连续拼接条件,对2片和4片双三次B啨zier曲面片的光滑拼接进行了研究.利用曲面片控制顶点之间独立的光滑拼接条件,再适当添加曲面的插值条件,就能反算出双三次B啨zier曲面片的控制顶点,也就可以用曲线法来描绘双三次B啨zier曲面片.该文对上述方法进行了程序实现,并以一些曲面的拟合作为例子来说明所述方法的有效性.

求全局最优解的新算法

利用局部极大值点与动力系统的稳定奇点的对应性,计算代数方程的根、无约束极大值点、有约束极大值点、非线性规划解、及最小二乘解.我们采用了常微分方程数值解的Euler算法及网格初始点的循序迭代算法,并以具体的例子和程序说明创立的方法具有通用性,同时考虑了一些存在的问题以便在理论和算法上作进一步的改进.

LiCl熔盐和玻璃的速度自相关函数和振动频谱

对不同温度下熔融LiCl和LiCl急冷模拟所得分子动力学相轨道的分析表明:虽然模拟系统各个粒子在不同时间的位能、速度和所受力都是不同的,但是,即使在1200K,Li^+离子和Cl^-离子的运动也表现出振荡的特性,温度愈低,振荡特性表现得愈明显。另一方面,模拟也表明落在模拟立方元胞内的粒子只有经过相当长的时间才会迂移到另一个格子。计算启发我们,作为近似似可将LiCl系中离子的运动看作是阻尼振荡和布朗运动的迭加。为了深入研究LiCl系的动力学行为,我们计算了不同温度下LiCl系的速度自相关函数和振动频谱并进行了比较。

基于序列剖面和可及表面积的蛋白质相互作用位点的预测

蛋白质相互作用位点的预测对于突变设计和蛋白质相互作用网络的重构都是至关重要的.由于实验确定的蛋白质复合物和蛋白质配体复合物的结构依然相当少,预测蛋白质相互作用位点的计算方法就显得十分重要.该文提出了一种以支持向量机为分类器,以邻近残基的序列剖面和可及表面积为输入数据来预测蛋白质相互作用位点的方法.计算结果显示,界面残基和非界面残基被识别的准确率为75.12%,假阳性率为28.04%.与输入数据仅有序列剖面的方法相比,界面残基和非界面残基被识别的准确率提高了4.34%,假阳性率降低了4.63%.

双三次Bézier曲面片的光滑拼接

本文根据曲面的总曲率和平均曲率推导出双三次Bezier曲面片拼接的C2连续条件。