铁死亡相关lncRNA结肠癌预后风险模型的构建及临床应用

目的 基于肿瘤基因图谱计划(TCGA)数据库筛选铁死亡相关长链非编码RNA(lncRNA),建立结肠癌预后风险模型,并探讨其临床应用价值。方法 选取行结肠癌根治术的患者48例,收集术中切除的癌组织及对应的癌旁组织(距离癌组织边缘2~3 cm)。从TCGA数据库中收集结肠癌的转录组数据(结肠癌组织428例、正常结肠组织41例)及对应患者的临床资料。筛选结肠癌组织与正常结肠组织差异表达的铁死亡相关基因,并进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组数据库(KEGG)通路分析。筛选与结肠癌预后相关的铁死亡lncRNA,采用共识聚类分析对结肠癌患者进行分组,并比较总体生存率。采用LASSO-Cox回归分析建立预后风险模型。建立用于预测结肠癌患者总体生存率的列线图。采用细胞学实验分析关键lncRNAITGB1-DT在结肠癌中的生物学功能。结果 从TCGA数据库中筛选出72个差异表达的铁死亡相关基因,其中表达上调47个、表达下调25个,GO和KEGG通路分析结果显示这72个基因广泛参与了铁代谢和脂肪酸氧化等生物学过程。共筛选出20个结肠癌组织与正常组织有差异的铁死亡lncRNA。根据共识聚类分析结果分组的2个结肠癌集群之间总体生存率差异有统计学意义(P<0.001)。根据LASSO-Cox回归分析结果筛选出10个lncRNA,并构建预后风险模型,将428例结肠癌患者按7∶3的比例随机分为训练组和验证组。在训练组、验证组和总体结肠癌患者中,高风险组的总体生存率均显著低于低风险组(P<0.001)。结肠癌组织ITGB1-DT相对表达量显著高于癌旁组织(P<0.001)。细胞实验结果显示,ITGB1-DT可促进结肠癌细胞的增殖并抑制其铁死亡。结论 成功构建了基于铁死亡相关lncRNA的结肠癌预后风险模型,并建立了可用于判断结肠癌患者总体生存率的列线图。ITGB1-DT或可促进结肠癌的发展。