肺纤维化微环境中肺泡巨噬细胞的蛋白质组学分析

目的肺泡巨噬细胞(alveolar macrophages,AMs)能够处理表面活性物质来维持肺泡膨胀开放,并充当防御病原体入侵的第一道免疫防线,对肺部微环境稳态的维持至关重要。已有研究表明,肺纤维化过程中,单核来源的AMs持续释放促炎因子和趋化因子,招募更多免疫细胞到受损区域,维持并加剧炎症,从而发挥负面作用。目前,大多数研究聚焦于肺纤维化微环境AMs的基因表达水平,而在蛋白质功能和调控方面的报道较少。本研究旨在探讨正常生理条件下与肺纤维化后AMs的差异表达蛋白(differentially expressed proteins,DEPs),以便更全面地理解AMs在肺纤维化发展过程中的作用。方法本研究建立博来霉素诱导肺纤维化小鼠模型,利用流式细胞分选技术收集来自生理盐水对照组和肺纤维化模型的AMs(每个样本2.5×105个细胞),通过无标记蛋白质组学方法获得蛋白质表达谱。结果通过将生理盐水组与已公开的生理AMs蛋白质组数据比对发现,本研究产出的蛋白质组数据质量较高,能够满足研究需求。综合分析结果显示,与对照组相比,博来霉素组AMs有778种蛋白质表达上调。此外,上调的DEPs中富集通路包括I-κB/NF-κB通路、炎症反应调节通路、吞噬调节通路、TGF-β通路和HIF-1通路,表明肺纤维化微环境中的AMs具有促炎和促纤维化功能。对DEPs的蛋白质-蛋白质相互作用网络分析表明,Tlr2和Pycard之间的相互作用是AMs促炎表型的控制节点,从而导致肺纤维化进展。结论本研究探讨了AMs在肺纤维化微环境中蛋白质表达谱的变化。结果发现,AMs显著上调多条与炎症和纤维化关联的通路蛋白,并提示Tlr2和Pycard的相互作用是AMs表现出高度促炎活性的控制节点。

采用IP-XL/MS技术研究SGC7901胃癌细胞中EGFR信号通路动态变化

目的研究胃癌细胞在表皮生长因子(EGF)刺激下表皮生长因子受体(EGFR)相互作用蛋白的时序性变化。方法筛选高表达EGFR的胃癌细胞系;EGF刺激不同时间后,利用甲醛固定免疫沉淀联合质谱(IP-XL/MS)技术对胃癌细胞中EGFR相互作用蛋白表达谱进行无标定量,捕获EGFR网络的动态变化。结果与结论 8种胃癌细胞系中,SGC7901细胞表达EGFR量最高。4次生物学重复实验,共鉴定到3728个蛋白,625个EGFR相互作用蛋白,包括已知的相互作用蛋白(GRB2、CBL、SHC1等),并发现59个新蛋白(ANKFY、LGR4、SNX3、VPS26A、ZFYVE20等)。ANOVA检验分析得到406个响应EGF刺激的差异表达蛋白,根据动力学变化可分成5个簇,其具有不同的生物学功能,如蛋白转运、內吞、囊泡循环和蛋白酶体输运等,共同参与EGFR信号传递的动态调控,交叉调节多条信号通路。