基于网络药理学与分子对接探讨五味子治疗急性肝损伤的作用机制

采用网络药理学合并分子对接的方法预测五味子治疗急性肝损伤的作用机制.在TCMSP和SwissADME数据库中筛选有效成分,使用PharmMapper数据库预测潜在作用靶点并利用Uniprot数据库匹配基因名.利用OMIM、Genecards、NCBI数据库预测急性肝损伤靶点,与药物靶点取交集并构建药物-靶点-疾病网络.将交集靶点导入STRING数据库进行PPI分析并找出核心靶点基因.通过DAVID数据库进行京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, KEGG)和基因本体(Gene Ontology, GO)富集分析,根据KEGG结果构建药物-靶点-通路-疾病网络,并将所有网络图导入Cytoscape软件进行可视性优化.从TCMSP数据库中下载有效成分结构文件,从RCSB PDB数据库下载靶点蛋白骨架,利用Python和AutoDock系列软件进行分子对接验证.共筛选出交集靶点50个,并根据网络互作结果综合分析,药物治疗疾病主要有效成分可能为去氧紫草素、蚕豆酮等;核心靶点有MAPK1、MAPK8、MAPK14、CASP3、PTGS2、AR等;主要涉及PI3K-Akt、FoxO、TNF等信号通路;分子对接各成分与蛋白骨架结合状态良好.五味子通过去氧紫草素、蚕豆酮等有效成分作用于MAPK1、MAPK8、MAPK14、CASP3、PTGS2、AR等靶点来治疗急性肝损伤,调控过程可能和PI3K-Akt、FoxO、TNF等信号通路有关.

基于网络药理学和分子对接探讨真武汤治疗慢性肾衰竭的作用机制

目的:利用网络药理学和分子对接方法探讨真武汤治疗慢性肾衰竭(CRF)的作用机制。方法:采用TCMSP数据库筛选真武汤中有效成分及靶点,并将靶点导入Uniprot数据库匹配基因名。利用OMIM、Drugbank、Genecards、CTD数据库筛选CRF靶点并与真武汤靶点取交集。将交集靶点导入STRING数据库进行PPI分析并找出核心靶点。通过DAVID数据库进行KEGG和GO分析,根据KEGG结果构建药物-靶点-通路-疾病网络,并将所有网络图导入Cytoscape软件进行可视性优化。从TCMSP数据库中下载有效成分结构文件,从RCSB PDB数据库下载靶点蛋白骨架,利用Python和AutoDock系列软件进行分子对接验证。结果:共筛选出交集靶点70个,并根据PPI网络和药物-靶点-通路网络综合分析,药物治疗疾病主要有效成分可能为山奈酚、β-谷甾醇、芍药苷等;核心靶点主要有AKT1、IL6、TNF、MAPK8、TGFB1、RELA等;主要涉及TNF、Toll样受体、NF-κB、HIF-1等信号通路;分子对接各成分与蛋白骨架结合状态良好。结论:真武汤通过山奈酚、β-谷甾醇、芍药苷等有效成分作用于AKT1、IL6、TNF、MAPK8、TGFB1、RELA等靶点治疗CRF,调控过程可能和TNF、Toll样受体、NF-κB、HIF-1等信号通路有关。

基于生物信息学的结肠癌关键基因及中药活性成分筛选

目的 通过生物信息学方法筛选结肠癌关键基因表达并进行验证,筛选潜在的中药活性成分。方法 从GEO(Gene Expression Omnibus)数据库中获取结肠癌和正常组织基因芯片,使用GEO2R在线工具及Rstudio软件筛选出差异表达基因(DEGs),对筛选出来的DEGs,用DAVID网站进行基因本体论(gene ontology,GO)功能分析和KEGG(kyoto encyclopedia of genes and genomes)通路富集分析,用STRING网站(https://cn.string-db.org/)及Cytoscape软件对DEGs进行蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络分析并筛选出关键基因,使用GPEPIA数据库对关键基因进行验证,并通过生存曲线分析肿瘤中关键基因表达水平与总体生存率的关系。最后将验证后的基因输入比较毒理基因组学数据库(Comparative Toxicogenomics Database),筛选相关中药活性成分后进行分子对接验证。结果 GEO数据库4个基因数据集(GSE37182、GSE44861、GSE74602、GSE23878)经GO功能分析、KEGG通路富集分析、STRING网站及Cytoscape软件分析后,筛选出4个Hub(IL1B、AURKA、CXCL2、THBS2)进行生存分析,IL1B、AURKA、CXCL2、THBS2与结肠癌总体生存率相关(均P<0.05)。CTD数据库筛选得白藜芦醇、槲皮素、姜黄素、柚皮素、长春新碱、鱼藤酮、齐墩果酸和小白菊内酯等活性成分,分子对接结果显示,所筛选的活性成分与其相应靶点蛋白结合性能良好。结论 IL1B、AURKA、CXCL2和THBS2基因可能对结肠癌的发展和预后存在一定影响,小白菊内酯等活性成分可为下一步的实验提供思路。

均匀设计法结合药效学优化真武汤组方配伍

目的优化真武汤治疗慢性心力衰竭的组方配伍。方法采用均匀设计对真武汤进行4因素6水平的实验设计,以6种生物碱含量为指标,进行含量测定。分别以正常大鼠、慢性心衰大鼠为模型,进行药动学、药效学实验验证。结果真武汤按照附子︰茯苓︰白芍︰生姜︰白术为15︰45︰9︰9︰45组方时,在大鼠体内具有最佳效果,C_(max)、AUC_(0-∞)、脑钠肽等指标均优于古方(P<0.05)。结论该组方配比疗效优于古方,可为真武汤临床应用提供一定的参考。

以药效学参数为终点指标的生物等效性评价方法

生物等效性是仿制药一致性评价的重要阶段。以药效学参数为终点指标评价生物等效性方法逐渐引发关注。在药动学方法无法实施或药动学参数无法灵敏地体现两药差异的情况下,选择合理的药效学参数作为终点指标可有效地评价药品之间的差异。参考相关指南、法规及文献,系统地阐述药效学方法的适用条件,根据量效曲线选择终点指标,终点参数分析以及具体药物方法设计等,为相关研究提供参考和帮助。