深海化能极端环境中劳盆拟刺铠虾(Munidopsis lauensis)的全长转录组测序分析

劳盆拟刺铠虾(Munidopsislauensis)是一种十足目铠甲虾,能够适应深海化能合成生态系统的极端环境,但是其已知基因序列信息却很少。为此,采用PacBio平台的SMRT测序技术对来自南海台西南冷泉劳盆拟刺铠虾的肝胰腺、鳃、肌肉和肠混合组织进行了三代全长转录组测序。通过聚类、校正、去冗余之后共获得28811条高质量isoform,平均长度为2086 bp,N50长度为2275 bp。使用Nr、SwissPort、KEGG、KOG数据库对转录本序列进行功能注释,共有20616(71.56%)条isoform得到注释。进一步高级注释共获得21848个蛋白编码序列,共预测到537个转录因子、6430个长链非编码RNA和10060个SSRs位点。KEGG通路分析发现两条可能与劳盆拟刺铠虾适应深海化能极端生境相关的通路,分别为过氧化物酶体通路和谷胱甘肽代谢通路。其中,共有180条isoform被发现参与编码过氧化物酶体通路中的31个关键酶,213条isoform参与谷胱甘肽代谢通路中19个关键酶的编码。基于全长转录组数据,利用同源比对、功能结构域预测及系统发育树构建等方法对劳盆拟刺铠虾谷胱甘肽S-转移酶(GST)基因家族进行挖掘与鉴定,共发现属于theta、delta、mu、kappa四种亚家族的20条GST候选序列。通过对劳盆拟刺铠虾全长转录组测序、功能注释和环境适应相关的重要基因及通路的分析,不仅丰富了深海组学数据资源,也为进一步揭示甲壳动物适应深海化能极端环境的分子机制奠定了基础。

基于18S基因序列的姬小蜂分子系统发育(英文)

本文基于18S rDNA部分序列,用MP和Baysian方法研究了姬小蜂科的系统发育,对姬小蜂科的单系性及其与其它小蜂科间的关系进行了讨论。姬小蜂亚科、灿姬小蜂亚科和啮姬小蜂亚科形成三个独立的支系,研究结果支持它们各自的单系性,但本结果没有明确姬小蜂科的单系性。研究结果同时还支持瑟姬小蜂族、扁股姬小蜂族和狭面姬小蜂族三个族的地位,但不支持姬小蜂族的地位。姬小蜂科的单系性及其与其它小蜂间的关系还需更多的形态学数据和更多的基因序列来进一步研究[动物学报52 (2) : 288 -301 , 2006]。

基于线粒体COI序列的DNA条形码在中国海口足类物种鉴定中的应用分析

中国海口足类动物区系具有丰富的物种多样性,是我国海洋底栖生物中的重要经济类群。口足类的属内种间鉴别特征有的极为相似,仅依靠传统的形态分类方法很难对近缘种和疑难种进行准确的鉴定。DNA条形码技术可以弥补传统形态学鉴定的某些局限,为物种鉴定提供了有效的工具。该研究探讨了利用线粒体COI序列对中国海口足类进行物种鉴定的可行性,共获得口足目4总科6科24属38个种的204条线粒体COI序列,与Gen Bank收录的14种42条口足类同源序列进行比对,结果显示口足类COI基因不存在碱基插入缺失现象,碱基组成偏倚明显,A+T含量(63.5%)显著高于G+C含量(36.5%)。基于Kimura双参数模型计算遗传距离,结果显示遗传距离随着分类阶元的增高而增大。同物种种内个体间的遗传距离变化范围在0%~3.91%,平均值为0.76%。同属内各物种间的遗传距离变化范围为6.55%~18.99%,平均值为12.91%。同科内不同属间的遗传距离变化范围为9.16%~23.32%,平均值为16.89%。不同科间的遗传距离变化范围为16.52%~26.6%,平均值为21.31%。由此可见,口足类COI基因的种间和种内遗传距离存在明显的间隙。基于COI序列构建的口足类邻接关系树显示所有包含大于1个个体的物种均可形成单系群,且节点支持率均为100%。本研究证明了COI序列作为DNA条形码标准基因在口足类物种鉴定中的有效性。此外,研究发现中国沿海分布的口虾蛄可能至少存在两个隐存种,实证了基于COI序列的DNA条形码技术能够用于口虾蛄隐存多样性的探究。

中国棘腿管蓟马属一新种记述(缨翅目:管蓟马科)

记述缨翅目Thysanoptera管蓟马科Phlaeothripidae棘腿管蓟马属An-drothrips1新种:贵阳棘腿管蓟马Androthripsguiyangensis,sp.nov.。模式标本保存于内蒙古包头市园林科技研究所。

中国竹管蓟马属分类研究(缨翅目:管蓟马科)

研究了中国竹管蓟马属4种,其中包括1新种Bamboosiellabrevibristla,sp.nov.和1中国新记录种Bamboosiellaexastis(AnanthakrishnanetKudo);编制了分种检索表。模式标本保存于包头市园林科技研究所(BLRI),其余观察标本保存于西北农林科技大学昆虫博物馆(NWSUAF)和华南农业大学植物保护系昆虫标本室(SCAC)。

基于分子系统学的可疑瑟姬小蜂分类修订及姬小蜂亚科盾纵沟的演化分析(英文)

姬小蜂为寄生蜂的演化研究提供了很好的材料。在姬小蜂分类中,盾纵沟是一个重要性状,曾被用来区分亚科、族、属及种。非同源性相似形态特征的存在使得物种准确鉴定存在困难。从盾纵沟形状上,可疑瑟姬小蜂Cirrospilus ambiguus和双斑潜蝇姬小蜂Diglyphus bimaculatus应介于瑟姬小蜂属Cirrospilus和潜蝇姬小蜂属Diglyphus之间。确定这两种姬小蜂的系统发育位置将有助于分析盾纵沟的演化模式。本文用贝叶斯方法分析了线粒体COⅠ部分序列、核糖体ITS1序列及核糖体28S D2区部分序列等3个基因序列,结果显示可疑瑟姬小蜂应被移到潜蝇姬小蜂属中;研究结果支持潜蝇姬小蜂属是单系,而不支持瑟姬小蜂属是单系。结合28S D2区部分序列的贝叶斯分析结果,分析了在姬小蜂亚科中盾纵沟的演化模式。结果显示,完整且延伸到中胸背板后缘的盾纵沟代表其原始类型;完整且延伸到三角片的盾纵沟类型分别出现在5个独立的枝上,代表了该特征5次独立的演化;不完整的盾纵沟类型出现在4个独立的枝上,表明该类型独立演化了4次。

中国海鼓虾科阿莱鼓虾属分类研究(甲壳亚门,十足目)(英文)

阿莱鼓虾属Arete Stimpson曾被多个研究者作为Athanas Leach角鼓虾属的异名处理(Banner and Banner,1960 , 1973 ;Chace, 1988 ;Miya and Miyake, 1968) ,作者认为Kemp(1915)描述Athanus polymorphus多形角鼓虾出现的第2胸足腕节4节为形态变异,第2胸足腕节分节情况完全可以将两属分开,阿莱鼓虾属应该做有效属处理。文中记述了中国海分布的3个种:A.borradailei,A.dorsalis,A.indicus,其中A.borradailei为中国海首次报道。文中详细描述A.borradailei,并提供了世界阿莱鼓虾属种的检索表。所有研究标本保存在中国科学院海洋研究所。

中国海鼓虾科角鼓虾属分类研究(甲壳亚门,十足目)(英文)

对中国海鼓虾科角鼓虾属系统分类进行了研究。角鼓虾全世界共记录34种,其中中国海记录了9种。本文中记录中国海分布的角鼓虾属Athanas8种,其中对中国海2新纪录种A.polymorphus Kemp和A.squillophilus Hayashi,进行了描记,并提供了中国角鼓虾种检索表。在中国的材料中:A.japonicus、A.ohsimai、A.polymorphus及A.squillophilus4种的螯足表现了多态性,A.ohsimai和A.squillophilus的螯足多态性也是首次发现和记载。所有研究测量标本均保存在中国科学院海洋研究所。

昆虫体内储存蛋白的研究进展

储存蛋白是昆虫体内普遍存在的一种特异性血淋巴蛋白 ,通常在幼虫的脂肪体内合成 ,释放进入血淋巴中。化蛹时 ,又被脂肪体选择性吸收 ,作为氨基酸的贮存库对成虫变态发育和雌性卵发育起着重要的作用。该文介绍了昆虫体内储存蛋白的特性、功能、及调节机制。

中国小头蓟马属一新种记述(缨翅目:蓟马科)

记述我国蓟马科小头蓟马属 1新种 Microcephalothrips yanglingensis,sp.nov.,模式标本保存在西北农林科技大学昆虫博物馆。

藤壶科DNA分类研究

围胸总目藤壶科的分类系统经历了二亚科系统(小藤壶亚科Chthamalinae,藤壶亚科Balaninae)、三亚科系统[藤壶亚科(Balaninae),巨藤壶亚科(Megabalaninae),凹藤壶亚科(Concavinae)],现在采用的是四亚科系统[藤壶亚科(Balaniae)、纹藤壶亚科(Amphibalanus)、巨藤壶亚科(Megabalaninae)和凹藤壶亚科(Concavinae)],但各亚科之间的系统演化关系尚未进行过分子系统学方面的研究。许多藤壶科物种存在趋同进化的趋势,致使传统的形态分类存在困难,不能正确地进行鉴别。本文测定了藤壶科3个亚科里个代表种的线粒体COI,16S和12S基因的部分序列,结合GenBank中藤壶科其他物种的12S,28S和18S等基因序列,比较了不同基因片段作为鉴别藤壶科物种的条形码的可行性和有效性,并联合16S和12S序列初步分析了藤壶科各亚科之间的一些亲缘关系。研究结果表明:COI基因的种间和种内遗传距离有明显的间隔区,COI最小种间距离为0.122,远大于最大种内距离0.023,而16S基因的种间与种内距离存在覆盖,最小种间距离为0.018,小于最大种内距离0.023,因此表明,线粒体基因COI能更准确地鉴定藤壶科种间以及种内关系,并得出阈值为种内差异小于0.023,种间差异大于0.1。ML和BI系统发育分析结果基本一致,支持4亚科的分类系统;巨藤壶亚科形成明显单系群,支持率很高,而两种纹藤壶和管藤壶聚成一支,形成一个单系,本结果支持Newman&Ross的假说,即纹藤壶属和管藤壶属应合并。

深海化能生态系统大型生物多样性分布格局及其起源演化研究进展

深海被认为是地球上尚未被认识和开发的"最后疆域",深海环境不仅可满足人类对未来资源的部分需求,还孕育出了独特的生态系统和特殊的生命过程。地球上绝大部分生态系统是利用光合作用来维持生命循环,而深海中存在着以化能合成为基础的生态系统。本文重点综述了国内外关于深海化能生态系统中大型生物多样性及其起源演化方面的研究进展,并对印太交汇区深海极端环境的生物多样性研究趋势和发展方向进行了展望。

口足目系统分类学研究进展

口足目Stomatopoda隶属甲壳动物亚门Crustacea软甲纲Malacostraca掠虾亚纲Hoplocarida。掠虾亚纲是软甲纲三个亚纲中形态构造最为特殊的一个类群,仅含口足目1目,现生种超过450种,分隶于7总科17科[1]。口足类在世界各大海域广泛分布,但主要分布于热带和亚热带水域,其中在印度-西太平洋热带海域种类最为丰富[1]。口足类是十分重要的海洋底栖甲壳动物,在海洋底栖生物和海岸软泥沙底质群落食物链中占据重要地位。

基于Bibexcel和Pajek的海洋生态环境保护领域科学计量与知识图谱分析

利用文献处理工具Bibexcel和网络分析工具Pajek对SCIE和SSCI文献数据库1990—2020年全球海洋生态环境保护文献数据进行统计与可视化分析,以期揭示该领域的科研产出情况、领域知识基础、研究热点分布及前瞻发展态势。研究结果表明:海洋生态环境保护领域文献产出近30年来持续增长;美国、澳大利亚、加拿大、法国等国家在该领域内有着较强的科研竞争力和学术影响力,其中美国处于研究合作核心地位,美国加利福尼亚大学、法国国家科研中心等机构为主要发文机构;海洋生态环境保护研究的热点方向主要为海洋生态环境修复与管控、气候变化、生态系统服务、海洋保护区等;该领域研究学科交融趋势明显,研究者应充分借鉴、吸收其他学科理念和方法,加强海洋生态环境与气候变化、人为活动及生态物种等因素的制衡与协同。

鼓虾科分类学研究进展

1鼓虾科简介 鼓虾科（Alpheidae）隶属于节肢动物门（Arthropoda）甲壳动物亚门（Crustacea）十足目（Decapoda）真虾下目（Caridea）,是一个物种丰富和生态多样性非常高的科[1],至今已建立47属[2],其中仅鼓虾属（Alpheus）就已发现近300种[2-5]。本科中多为穴居或潜伏生活的种类,大部分种生活于热带和亚热带浅海,以印度洋-西太平洋区种类最为丰富[6],少数种生活在寒温带。

中国海真寄居蟹属一新记录种(寄居蟹总科,活额寄居蟹科)

本文记述了采自中国南沙及北部湾的活额寄居蟹科Diogenidae真寄居蟹属Dardanus Paul’son 1新纪录种:丽螯真寄居蟹D.callichela Cook,1989。提供了形态描述、形态特征图及分种检索表,并讨论了其与近似种的区别。研究标本保存于中国科学院海洋生物标本馆(MBMCAS)。

A new species of the genus Arcoscalpellum(Cirripedia,Thoracica,Scalpellidae) from deep waters in the South China Sea

A new species of deep-water barnacle that belongs to the family Scalpellidae is described from the South China Sea. A rcoscalpellum liui sp. nov. is morphologically similar to A rcoscalpellum gryllum Zevina,but differs from the latter by the absence of longitudinal striae on the capitular plates and the presence of caudal appendages with few terminal setae.

A new record of a species of Alpheus(Decapoda: Caridea: Alpheidae) from China

This paper reports a new record of Alpheus tenuicarpus de Man, 1908 that belongs to the Brevirostris group of Alpheus from Chinese seas. The species is re-described and includes morphological characters not in the original description. A key to species of the group is provided. Remarks on similar species are also provided.

构建自立自强的海洋科学观测探测技术体系的思考

海洋是国家战略必争领域,建设海洋强国必须要提高海洋资源开发能力,发展海洋经济,保护海洋生态环境,坚决维护国家海洋权益。推动海洋科技实现高水平科技自立自强,是加快建设海洋强国的必然要求。海洋观测探测技术是认识海洋的基本手段,是海洋资源开发、环境保护和权益维护的重要基础。文章回顾了全球和我国海洋观测探测计划和观测网络取得的重要进展,重点介绍了中国科学院海洋科学观测探测技术体系构建的实践,并对下一步发展提出了思考和展望。构建自立自强的海洋科学观测探测技术体系,要进一步加强顶层设计,推动国家战略需求和科技前沿问题“双引擎”;强化科技攻关,瞄准最紧急、最紧迫的关键问题持续发力;创新体制机制,充分发挥海洋领域国家战略科技力量作用,为我国海洋强国建设提供强有力的科技支撑。