不同组织及干旱胁迫下黄薇内参基因的筛选与验证

【目的】为黄薇Heimia myrtifolia不同组织及不同干旱胁迫下基因表达分析筛选最适内参基因。【方法】选取黄薇盛花期的根、茎、叶、花,以及5种不同干旱处理的叶片作为实验材料,借助RT-qPCR技术对黄薇转录组数据筛选的9个候选内参基因进行分析,并利用软件geNorm、BestKeeper、NormFinder和RefFinder综合评价候选基因的表达稳定性。最后选取2个与胁迫相关的基因CSLD和SOD,对所选内参基因进行验证。【结果】geNorm、BestKeeper和NormFinder分析得出的候选内参基因排序存在一定差异。利用RefFinder对上述3个软件的结果综合分析得出:在不同组织中,最稳定的内参基因为GAPDH,最不稳定的内参基因为TUA;在干旱胁迫中,最稳定的内参基因为GAPDH,最不稳定的内参基因为TUB。在全部样本中,最稳定的内参基因为GAPDH,最不稳定的内参基因为18S RNA。对不同组织和干旱胁迫下的CSLD和SOD基因表达模式进行验证表明:上述2个基因与筛选所得内参基因的表达量和变化趋势均较为一致。【结论】在不同组织和干旱处理后,GAPDH是最适合黄薇基因表达的内参基因。图4表4参33。

小麦Sec24基因的不同亚型在不同组织中的初步表达分析

指出了小麦胚乳贮藏蛋白以蛋白体的形式在胚乳细胞中积累,其组分和积累量直接决定小麦的加工品质。细胞质中包被蛋白复合体II的内衣被蛋白组分Sec24作为关键调控因子参与了蛋白质的运输和分选。前期研究发现小麦Sec24基因有3个亚型,分别是Sec24a、Sec24b和Sec24c,其中Sec24a受氮素影响显著,它的表达水平与蛋白含量呈正相关。研究通过半定量RT-PCR和实时荧光定量PCR对扬麦158的根、幼叶、叶鞘、成熟叶、小穗和籽粒等组织中Sec24基因的3个亚型的表达量差异进行了初步分析,结果显示3个亚型均不是组织特异性表达的基因,它们在不同组织中的表达量不一致;Sec24a在各器官中的相对表达量要低于Sec24b和Sec24c;三个亚型均在根中的表达量最高,旗叶中的表达量最低。研究结果可为后续探明Sec24a基因对胚乳蛋白体发育和贮藏蛋白积累的分子调控奠定理论基础。

29种桃金娘目物种psbA基因密码子偏好及聚类分析

为探究桃金娘目(Myrtales)物种psbA基因密码子使用偏好性,本研究从NCBI数据库获取29个桃金娘目物种的psb A基因的编码区序列,运用CodonW、EMBOSS和DAMBE软件获得基因碱基组成和密码子使用偏性的相关参数。29种桃金娘目物种psbA基因的ENC范围在39.532~43.104,CAI均值是0.310,GC含量均小于50%。psbA基因密码子中有25个偏好性较强的密码子;ENC-plot、中性绘图分析、奇偶偏差分析显示,密码子偏好主要受自然选择的影响。基于RSCU值和CDS序列的聚类中,桃金娘科的11个物种存在差异。桃金娘目物种psbA基因编码区在选择碱基时倾向于AT,对A/T结尾的密码子使用偏好更强。密码子整体偏好性不强,基因表达量不高。自然选择是影响桃金娘目物种psbA基因密码子偏好性的主要因素。烟草是进行基因功能验证的较合适受体,大肠杆菌适宜作异源表达载体。