基于机器学习识别干燥综合征发病相关长链非编码RNA

通过机器学习筛选干燥综合征(SS)患者唇腺组织及全血中潜在发病相关长链非编码RNA(Long non-coding RNA,lncRNA)以及lncRNA与唇腺组织中免疫细胞浸润的相关性。通过GEO数据库获取SS唇腺组织及全血的表达数据,将唇腺组织表达数据归一化处理后,差异分析得到lncRNA表达谱,通过2种机器学习方法筛选并取交集得到共同的lncRNA。基于CIBER-SORT软件计算唇腺组织中22种免疫细胞浸润情况并分析关键lncRNA与免疫细胞浸润的相关性;分析全血中关键lncRNA与临床性状的相关性并绘制ROC曲线;分析关键lncRNA共表达编码蛋白基因,并进行KEGG信号通路分析。共筛选出SS关键lncRNA 1个(HCP5),在唇腺组织及全血中HCP5表达上调。免疫浸润分析显示,在SS唇腺组织中,γδT细胞、巨噬细胞、CD4^(+)记忆T细胞比例明显升高,而浆细胞的比例在SS唇腺组织中比例减少。HCP5的表达与γ/δT细胞、CD4^(+)记忆T细胞在唇腺中的浸润程度呈正相关。在全血中,HCP5与ANA、IgG、抗SSA抗体、抗SSB抗体、ESSDAI具有明显相关性。不同数据集中ROC诊断曲线结果显示HCP5的AUC为0.833和0.877;KEGG信号通路分析显示,唇腺与HCP5共表达的蛋白功能集中于抗原加工和呈递、B细胞受体信号通路等信号通路,全血中与HCP5共表达的蛋白功能集中于代谢途径细胞、凋亡等信号通路。HCP5可能通过影响SS患者唇腺组织免疫细胞的浸润从而影响SS疾病的发病与进展,为SS潜在的诊断及治疗靶点。

HRCT胸部成像在类风湿关节炎肺间质病变中的诊断价值及影像学分析

目的:探究HRCT胸部成像在类风湿关节炎肺间质病变(RA-ILD)中的诊断价值及影像学分析。方法:选取我院2019年5月至2021年5月收治的RA-ILD患者,通过分群随机抽样法选取120人,通过不同分型总结HRCT在RA-ILD中的诊断价值及影像学分析。结果:男、女HRCT影像图比常规CT影像图清晰率高,可更清晰反映肺部细微结构;HRCT影像较常规CT可更清晰观察磨玻璃样影、肺小叶间隔增厚、小叶内间质增生、网络状影、胸膜下弧线影,差异有统计学意义(P<0.05);男性、年龄、有吸烟史、关节受累数、咳嗽、抗CCP阳性、GLOB、RF阳性均为RA-ILD危险因素,WBC为保护因素(P<0.05)。结论:HRCT胸部成像影像表现良好,对于RA-ILD患者早期诊断具有重要意义,应加大应用力度,进一步提高其生活质量。

类风湿性关节炎患者滑膜组织lncRNA HCP5表达上调并与免疫细胞浸润相关

目的通过机器学习筛选类风湿性关节炎(RA)滑膜中潜在发病相关长链非编码RNA(lncRNA)及与各种免疫细胞浸润的相关性。方法通过基因表达数据集(GEO)数据库获取多个RA滑膜的基因芯片数据,归一化后通过多种机器学习方法筛选并取交集得到关键的lncRNA。使用估计已知RNA转录本的相对子集识别细胞类型(CIBER⁃SORT)算法计算滑膜中22种免疫细胞浸润情况,计算关键lncRNA与免疫细胞的相关性,最后通过实时定量PCR验证关键lncRNA在RA滑膜细胞中表达情况。结果筛选出RA关键lncRNA人类白细胞抗原复合物P5(lncRNA HCP5)。免疫浸润分析显示,在RA滑膜组织中,CD8+T细胞、γδT细胞、M1型巨噬细胞比例升高而M2型巨噬细胞的比例减少。lncRNA HCP5的表达与CD8+T细胞、γδT细胞、M1型巨噬细胞呈正相关。实时定量PCR结果显示在RA滑膜细胞lncRNA HCP5表达上调。结论lncRNA HCP5在RA滑膜细胞表达上调,可能与滑膜免疫细胞的浸润有关。

LINC01465在痛风性关节炎中的表达及临床意义

目的:探索痛风性关节炎(gouty arthritis,GA)潜在发病相关长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA)及与炎症因子的相关性。方法:通过基因表达综合(Gene Expression Omnibus,GEO)数据库获取GA芯片数据,通过多种机器学习方法筛选并取交集得到关键的lncRNA。分析与lncRNA共表达的mRNA,并进行GO富集分析及京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)信号通路分析。通过实时荧光定量PCR(quantitative real-time polymerase chain reaction,qRT-PCR)验证关键lncRNA在GA患者中表达情况与炎症因子水平相关性,并绘制受试者操作特征曲线(receiver operator characteristic curve,ROC曲线)分析LINC01465表达水平对GA患者诊断价值。结果:筛选出GA关键lncRNA 1个(LINC01465)。GO富集分析结果显示富集于RNA剪接、氧化磷酸化、还原型烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(reduced nicotinamide adenine dinucleotide,NADH)脱氢酶活性等功能。KEGG信号通路分析显示主要富集于烟酸和烟酰胺代谢、磷脂酰肌醇3激酶(phosphoinositide 3-kinase,PI3K)-Akt、肿瘤坏死因子信号等代谢及炎症通路。qRT-PCR结果显示在GA患者中LINC01465表达上调,与红细胞沉降率(r=0.658,P=0.030)、C反应蛋白(r=0.660,P=0.040)、白介素-6(r=0.794,P=0.008)表达呈正相关。ROC曲线下面积为0.86。结论:LINC01465可能是GA潜在的诊断及治疗靶点。

系统性红斑狼疮与孕产妇妊娠结局的关系分析

目的研究系统性红斑狼疮对孕产妇妊娠结局的关系。方法以2009年3月至2017年6月期间在我院就诊的82例患有系统性红斑狼疮合并妊娠的患者作为研究对象,根据是否在医生指导下进行妊娠分为指导妊娠组(41例)和非指导妊娠组(41例),并以同期身体健康的正常妊娠的妇女41例作为健康对照组,比较三组孕产妇不良妊娠结局发生率;并比较指导妊娠组和非指导妊娠组母体并发症发生率;分析不良妊娠结局和母体并发症发生的危险因素。结果非指导妊娠组宫内死胎、早产、新生儿死亡、治疗性胎儿丢失、胎儿宫内生长受限发生率均高于指导妊娠组和健康对照组(P<0. 05);妊娠期母体并发症妊娠期高血压、子痫前期、心衰、关节炎及感染的发生率均高于指导妊娠组(P <0. 05)。妊娠前24h尿蛋白定量>0. 5g、抗ds-DNA升高、补体降低、SLEDAI评分是合并SLE孕产妇妊娠期胎儿不良结局和母体并发症发生的危险因素。结论 SLE对妊娠活动和妊娠结局有较大影响,妊娠前在医师指导下做好疾病控制,合理选择妊娠时机,对SLE孕产妇减少并发症、改善妊娠结局具有重要意义。

黄芪多糖抑制氧化应激致大鼠软骨细胞损伤及凋亡的作用机制分析

目的探究黄芪多糖(alp)抑制氧化应激致大鼠软骨细胞损伤及凋亡的作用机制。方法选取SPF级雌性3周龄大鼠,分为活性氧自由基培养组(ROS组)、黄芪多糖组(ROS+alp组),另设空白对照组。ROS组取其软骨细胞,加入活性氧自由基培养;ROS+alp组在ROS组的基础上加入浓度为30 mg/L的黄芪多糖处理;空白对照组不作处理。使用CCK-8法测定不同浓度(0 mg/L、20 mg/L、50 mg/L、100 mg/L、200 mg/L)黄芪多糖对大鼠细胞生存率的影响;采用蛋白质印记法(Western Blot)检测大鼠软骨细胞中Bcl-2相关X蛋白(Bax)、B淋巴细胞瘤-2基因(Bcl-2)、基质金属酶蛋白3(MMP3)、MMP13、CLO2蛋白表达情况;采用Hoechst 33342染色法测定软骨细胞凋亡率。结果alp 0 mg/L时,细胞大量凋亡,生存率不到40%,随着alp的浓度的增加,大鼠软骨细胞存活率显著升高;与空白对照组相比,ROS组大鼠细胞Bcl-2、CLO2蛋白表达显著下降(P<0.01),MMP3、MMP13、Bax蛋白表达显著上升(P<0.01);与ROS组大鼠细胞相比,ROS+alp组大鼠细胞CLO2、Bcl-2蛋白表达显著上升(P<0.01),MMP3、MMP13、Bax蛋白表达显著下降(P<0.01)。Hoechst 33342染色结果显示,空白对照组软骨细胞核染色分布均匀,呈弥散均匀的低密度荧光,ROS组大鼠细胞荧光分布较为杂乱且荧光密度较高,ROS+alp组大鼠细胞分布也较为均匀,荧光密度也较低。结论在一定范围内黄芪多糖呈剂量依赖性显著降低大鼠软骨细胞内ROS水平,上调抑制凋亡因子,下调凋亡因子,减少大鼠软骨细胞的凋亡,达到缓解软骨细胞损伤的效果。

类风湿性关节炎伴睡眠呼吸暂停综合征的发病机制及治疗研究进展

睡眠呼吸暂停综合征(sleep apnea hypopnea syndrome,OSAHS)是临床常见的睡眠呼吸疾病,主要临床表现为睡眠中出现呼吸气量降低或是呼吸暂停,而且部分患者会伴有打鼾症状,当患者长时间持续出现间断呼吸气量降低或呼吸暂停时,就会导致机体出现间歇性低氧,致使组织缺氧,引发机体氧化应激反应、炎性反应等。类风湿性关节炎(rheumatoid arthritis,RA)是一种全身性疾病,累及关节滑膜增生、软骨糜烂和关节损伤。在类风湿性关节炎发病机制中起关键作用的是滑膜衬里层成纤维样滑膜细胞(fibroblast like synoviocytes,FLS),该病症主要就是机体一系类炎症反应导致患者关节损伤,出现关节功能障碍,影响患者的生活质量。本文首先概述了类风湿性关节炎的疾病特性,分析了类风湿性关节炎伴睡眠呼吸暂停综合征的发病机制,探讨了类风湿性关节炎与睡眠呼吸暂停之间的关系,并重点论述了类风湿性关节炎伴睡眠呼吸暂停综合征的治疗进展。

基于生物信息分析学及网络药理学的独活寄生汤治疗肾阴虚型骨质疏松的机制研究

目的:通过生物信息学分析及网络药理学来研究独活寄生汤治疗骨质疏松的活性成分、作用靶点及作用机制。方法:通过NCBI GEO数据库获取GSE56116的基因表达谱,采用R软件进行差异分析,通过中药系统药理学技术平台(TCMSP)检索独活、防风、细辛、桑寄生化学成分、作用靶点基因,与分析GSE56116所得的差异基因取交集并进行GO富集分析和KEGG通路分析,研究独活寄生汤的作用机制。结果:共筛选出独活寄生汤治疗盛阴虚型骨质疏松活性成分33个,差异基因9个。GO功能富集分析主要集中在细胞内信号转导的调控、钙介导的信号传导、类固醇激素介导等。KEGG分析显示主要富集于P53信号通路、TNF信号通路、IL-17信号通路等。结论:通过生物信息学及网络药理学分析,独活寄生汤可能通过作用于AR、IGFBP3、FOS靶基因发挥治疗作用。

类风湿关节炎患者滑膜组织lncRNA表达及基于CeRNA网络的生物信息学分析

目的:通过生物信息学分析来识别类风湿关节炎(rheumatoid arthritis,RA)滑膜组织病变进展相关的差异表达基因。方法:通过NCBI GEO数据库获取GSE55235和GSE55457的基因表达谱。采用Perl语言对下载的数据进行样本数据合并及基因重注释;采用R语言进行批次矫正及差异分析,根据差异长链非编码RNA(lncRNA)和mRNA构建竞争性内源RNA(ceRNA)网络及进行GO富集分析和KEGG通路分析;使用cytoHubba插件筛选Hub基因,分析与差异LncRNA的相关性。结果:分析显示与正常滑膜组织对比,RA患者滑膜组织143个mRNA、3个lncRNA存在明显差异表达。根据差异基因构建lncRNA-miRNA-mRNA互作网络,网络由2个LncRNA节点,16个miRNA节点、17个mRNA节点以及44个边组成。GO功能富集分析主要集中在细胞死亡的正调控、成纤维细胞增殖的调节、免疫应答调节细胞表面受体信号通路等功能。KEGG通路分析显示35条通路被富集,其中涉及IL-17代谢通路、MAPK信号通路、WNT信号通路、TNF信号通路等。其中Hub基因MYC,CDKN1A,JUN,FOS与LncRNA MEG3在RA滑膜组织中均呈低表达,且lncRNA MEG3与MYC,CDKN1A,JUN,FOS表达具有相关性。结论:通过生物信息学网络分析,lncRNA MEG3可能作为ceRNA在RA的疾病发展中发挥着重要作用,为RA提供一些新的候选诊断生物标志物或潜在的治疗靶点。

甲氨蝶呤联合正清风痛宁缓释片治疗活动期类风湿关节炎的疗效观察

目的观察甲氨蝶呤联合正清风痛宁缓释片治疗活动期类风湿关节炎的临床疗效。方法选择120例活动期类风湿关节炎患者作为研究对象,并将其随机分为研究组和对照组,每组60例。对照组给予非甾体类抗炎药配合甲氨蝶呤治疗,研究组在此基础上加用正清风痛宁缓释片,两组均治疗12周。比较治疗前、治疗12周后两组患者关节状况、疼痛视觉模拟量表(VAS)评分、疾病活动评分28(DAS28)评分、生活质量综合评定量表(GQOL-74)评分、实验室指标[类风湿因子(RF)、红细胞沉降率(ESR)、C反应蛋白(CRP)]和治疗12周后的临床疗效。结果治疗12周后,两组患者晨僵时间、压痛关节数、肿胀关节数、疼痛VAS评分、DAS28评分,以及RF、ESR、CRP水平均减少(下降),握力、GQOL-74评分均增加,且研究组患者上述指标改善均优于对照组(均P<0.05)。治疗12周后,研究组治疗总有效率(93.33%)高于对照组(78.33%)(P<0.05)。结论甲氨蝶呤联合正清风痛宁缓释片治疗活动期类风湿关节炎可改善患者临床症状并提升其生活质量,临床疗效显著,值得推广使用。