宏基因组二代测序在重症急性胰腺炎疑似感染病原学诊断中的应用价值

目的探讨宏基因组二代测序(mNGS)在重症急性胰腺炎(SAP)疑似感染病原学诊断中的应用价值。方法采用前瞻性研究方法。选取2023年5―9月中南大学湘雅医院收治的25例SAP疑似感染患者的临床资料。患者均采集双上肢静脉血行mNGS和常规病原学培养检测。观察指标:(1)入组患者情况。(2)mNGS与常规病原学培养检测诊断效能的比较。(3)外周血病原学检测结果与胰周积液培养检测结果。(4)检测时间与费用。正态分布的计量资料以x±s表示,组间比较采用独立样本t检验。偏态分布的计量资料以M(Q1,Q3)表示。计数资料以绝对数或百分比表示,组间比较采用χ^(2)检验。结果(1)入组患者情况。筛选出符合条件的患者25例;男18例,女7例;年龄为48(40,59)岁;住院时间为30(20,50)d。25例患者病因包括高脂血症性胰腺炎14例、胆源性胰腺炎8例、酒精性胰腺炎1例、其他2例。25例患者中,感染性胰腺坏死(IPN)17例(死亡7例),无菌性胰腺坏死8例(均未死亡)。(2)mNGS与常规病原学培养检测诊断效能的比较。mNGS和常规病原学培养检测诊断SAP疑似感染的阳性率分别为72.0%(18/25)和32.0%(8/25),两者比较,差异有统计学意义(χ^(2)=8.01,P<0.05)。mNGS和常规病原学培养检测诊断IPN的灵敏度分别为94.1%(16/17)和35.3%(6/17),阴性预测值分别为85.7%(6/7)和35.3%(6/17),两者灵敏度和阴性预测值比较,差异均有统计学意义(χ^(2)=12.88,5.04,P<0.05);mNGS和常规病原学培养检测诊断IPN的特异度分别为75.0%(6/8)和75.0%(6/8),阳性预测值分别为88.9%(16/18)和75.0%(6/8),两者比较,差异均无统计学意义(χ^(2)=0,0.82,P>0.05)。(3)外周血病原学检测结果与胰周积液培养检测结果。17例IPN患者中,mNGS检测出病原菌36株,常规病原学培养检测出病原菌6株。17例IPN患者中,16例mNGS检测病原学结果为阳性,其中13例与胰周积液培养检测病原学结果相符,两者相符率为76.5%(13/17);6例常规病原学培养检测结果为阳性,与胰周积液培养检测结果相符率为35.3%(6/17)。(4)检测时间与费用。mNGS检测时间为(43±17)h,常规病原学培养检测时间为(111±36)h,两者比较,差异有统计学意义(t=9.31,P<0.05)。mNGS检测费用为(2267±0)元/例,占住院费用(133759±120744)元的1.7%;常规病原学培养检测费用为(240±0)元/例,占住院费用的0.2%。结论mNGS对SAP疑似感染的早期病原学诊断具有重要价值,且时效性高。

宏基因捕获法二代测序技术在感染性胰腺坏死病原学诊断中的价值

背景与目的:早期病原学精准诊断是改善感染性胰腺坏死(IPN)患者预后的突破口之一,但目前临床上缺乏早期精准识别IPN的高效方法。本研究探讨基于宏基因捕获法(MetaCAP)的二代测序技术在IPN病原学诊断中的应用价值。方法:采用前瞻性研究方法,选取2024年1月—7月中南大学湘雅医院29例疑似急性坏死性胰腺炎患者进行血MetaCAP检测和常规病原学培养。将胰周积液病原学培养结果作为金标准,比较两种检测方法的诊断效能。结果:由于3例未获胰周积液培养结果,纳入最终分析的病例总数为26例。全组病死率为23.1%(6/26)。住院期间,确诊IPN的病例为9例(34.6%)。MetaCAP诊断IPN的敏感度和阴性预测值均明显高于常规病原学培养(77.8%vs.11.1%,P=0.031;86.7%vs.65.2%,P=0.032),而两种方法的特异度(76.5%vs.88.2%,P=0.689)和阳性预测值(63.6%vs.33.3%,P=0.347)差异无统计学意义。MetaCAP的平均检测耗时33(20~49)h,微生物培养耗时125(45~142)h,差异有统计学意义(P<0.001)。血MetaCAP检测的平均费用为2500元/例,但MetaCAP检测仅占平均住院费用的1.19%。结论:MetaCAP在IPN的早期病原学诊断中具有重要价值,且耗时较短,有较好的检验效能和卫生经济学价值,具有良好的临床应用前景。