人诱导多能干细胞分化为心肌细胞关键基因的生物信息学分析

利用生物信息学分析的方法筛选人诱导多能干细胞(induced pluripotent stem cells,i PSCs)向心肌细胞分化的关键基因。收集GEO(Gene Expression Omnibus)数据库中关于人i PSCs向心肌细胞分化的高通量测序数据,包含i PSCs向心肌细胞分化的4个阶段的样本数据,分别是未分化的i PSCs(D0)、中胚层细胞(D2)、早期心肌细胞(D7)和心肌细胞(D14)。应用R包分析D0、D2、D7和D14样品之间的差异表达基因,并对差异表达基因进行功能和信号通路分析;构建差异表达基因的蛋白质-蛋白质互作(protein-protein interaction,PPI)网络;应用R包加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)对共表达的基因进行聚类,并将其划分为不同的基因模块;使用Cytoscape软件对重要基因模块的互作网络进行可视化和富集分析。结果显示,D0、D2、D7和D14样品之间的差异表达基因总共达917个,基于PPI网络筛选到的前10个基因分别是FPR2、ADCY2、CXCR2、CXCR4、PF4、GALR1、GAL、CXCL5、CXCL6和HCAR3,其中FPR2、CXCR2、CXCR4、PF4都富集G蛋白偶联受体配体结合的通路。基因相互作用关系分析显示,BMP5处于调控心肌发育的核心地位。研究基于表达谱GSE137920数据的生物信息学分析,筛选到人i PSCs向心肌细胞分化的关键基因,这将有助于心肌分化发育分子机制的深入研究。

巨噬细胞极化在腹主动脉瘤形成中的研究进展

慢性炎症反应是腹主动脉瘤(AAA)形成和破裂的核心环节。有研究证明,循环单核细胞源性巨噬细胞的极化状态可通过多种途径调控AAA的发生发展。浸润后的巨噬细胞受不同刺激极化为以M1型和M2型巨噬细胞为主的各类极化表型,既能通过释放细胞因子作用于其他免疫细胞调控炎症反应,也能通过细胞间通讯影响细胞外基质(ECM)的重塑过程。本文就巨噬细胞极化在AAA发生发展中的研究进展进行综述,旨在揭示巨噬细胞极化影响AAA的机制,以期通过作用于巨噬细胞极化的靶点治疗AAA。