对参与肺腺癌发生的核心基因的综合生信分析

目的:侵袭性的肺腺癌(LUAD)是引起肺癌死亡的主要原因之一。因此,鉴定重要的LUAD相关基因及进一步分析其预后意义对于LUAD患者的生存率至关重要。方法:采用加权基因共表达网络分析(WGCNA)和差异基因表达分析方法,从TCGA-LUAD数据库和GEO的GSE32863筛选出有差异的共表达基因,对其进行功能富集分析和蛋白质相互作用网络(PPI)分析。此外,通过应用Cytoscape的CytoHubba插件来识别12个核心基因进行生存分析和肿瘤分期相关性的分析。结果:从TCGA和GEO数据库中共提取了358个差异共表达基因。这些基因在GO分析中主要富集于细胞外结构组织,细胞–细胞连接和DNA结合转录酶激活活性。在KEGG分析中,主要富集于药物代谢–细胞色素P450。此外,在PPI网络中鉴定了12个核心基因。在LUAD患者中,ADCY4、VIPR1和TGFBR2的表达水平与临床分期和整体生存率(OS)相对应。结论:ADCY4、VIPR1和TGFBR2可能在肿瘤发生中起重要作用,因此它们可作为LUAD的预后生物标志物和治疗靶点。

YTHDF2和TET2在非小细胞肺癌中的表达及意义

目的:本研究旨在探讨YTH结构域连接蛋白2 (YTH binding protein 2, YTHDF2)和十十一易位酶2 (ten- eleven translocation 2, TET2)在非小细胞肺癌中的表达及意义。方法:首先,利用在线生信工具获取TET的RNA甲基化位点,并分析YTHDF2和TET2的相关性,以及预后价值。然后,用免疫组化法检测52例非小细胞肺癌和正常肺组织中YTHDF2和TET2的表达,并分析非小细胞肺癌组织中两者的表达及与临床病理特征和预后的关系。结果:TET2上存在大量N6-甲基腺苷(N6-methyladenosine, m6A)位点。YTHDF2和TET2在非小细胞肺癌组织中的阳性率分别29.3%和24%,在正常组织中的阳性表达率分别为80.8%和100.0%,差异均有统计学意义(P 【0.001)。非小细胞肺癌组织中YTHDF2与肿瘤组织分化程度有关(P = 0.02)。非小细胞肺癌组织中TET2与肿瘤大小、病理类型、组织分化程度有关(P 【0.05)。非小细胞肺癌组织中YTHDF2和TET2表达呈正相关(r = 0.515, P 【0.01)。多因素Cox回归分析显示TNM分期,组织分化程度,YTHDF2表达是非小细胞肺癌预后的独立因素(P 【0.05)。结论:YTHDF2与TET2在非小细胞肺癌的进展中起一定作用,同时对于预测非小细胞肺癌的预后具有一定的意义。