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融合多模态数据的药物合成反应的虚拟筛选
1
作者
孙晓飞
朱静远
+1 位作者
陈斌
游恒志
《计算机应用》
CSCD
北大核心
2023年第2期622-629,共8页
药物合成反应,特别是不对称反应是现代药物化学的重要组成部分。化学家们投入了巨大的人力和资源来识别各种化学反应模式,以实现高效合成和不对称催化。量子力学计算和机器学习算法在这一领域的最新研究证明了通过计算机学习现有药物合...
药物合成反应,特别是不对称反应是现代药物化学的重要组成部分。化学家们投入了巨大的人力和资源来识别各种化学反应模式,以实现高效合成和不对称催化。量子力学计算和机器学习算法在这一领域的最新研究证明了通过计算机学习现有药物合成反应数据并进行精确虚拟筛选的巨大潜力。然而,现有方法局限于单一模态的数据来源,并且由于数据少的限制,只能使用基本的机器学习方法,使它们在更广泛场景中的普遍应用受到阻碍。因此,提出两种融合多模态数据的药物合成反应的筛选模型来进行反应产率和对映选择性的虚拟筛选,并给出了一种基于Boltzmann分布进行加权的3D构象描述符,从而将分子的立体空间信息与量子力学性质结合起来。这两种多模态数据融合模型在两个代表性的有机合成反应(C-N偶联反应和N,S-缩醛反应)中进行了训练和验证,结果表明前者的R2相对于基线方法在大多数据划分上的提升超过了1个百分点,后者的平均绝对误差(MAE)相对于基线方法在大多数据划分上的下降超过了0.5个百分点。可见,在有机反应筛选的不同任务中采用基于多模态数据融合的模型都会带来好的性能。
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关键词
药物合成反应
不对称反应
机器学习
多模态数据
3D分子描述符
虚拟筛选
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职称材料
L-^(10)BPA中间体合成工艺优化及连续流可行性工艺研究
2
作者
关东
董珍
+4 位作者
陈凯
李国威
廖竞远
黄均荣
游恒志
《当代化工研究》
CAS
2023年第21期143-145,共3页
利用硼-10酸作为原料与正丁醇反应后,再与格氏试剂异丙基氯化镁制备(S)-Boc-4-二羟基硼10基-苯丙氨酸。通过设计正交实验优化了该反应的釜式反应条件和后处理方式,釜式克级反应分离收率可达63%。在最优的釜式反应条件基础上进行连续流反...
利用硼-10酸作为原料与正丁醇反应后,再与格氏试剂异丙基氯化镁制备(S)-Boc-4-二羟基硼10基-苯丙氨酸。通过设计正交实验优化了该反应的釜式反应条件和后处理方式,釜式克级反应分离收率可达63%。在最优的釜式反应条件基础上进行连续流反应,制备含10B的L-10BPA中间体,反应时间由釜式反应的17h缩短至2h,分离收率达到了57%,验证了含10B的L-10BPA中间体连续流反应的可行性,且连续流工艺具有反应速度快、安全性好等优点,适合工业放大生产。
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关键词
L-10BPA
连续流
工艺研究
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职称材料
^(13)C-尿素的合成工艺优化及连续流工艺研究
3
作者
卿晶
廖竞远
+2 位作者
陈凯
代德胜
游恒志
《当代化工研究》
2023年第8期146-148,共3页
采用^(13)CO作为碳源,同时利用硫粉和氨气作为原料制备稳定同位素标记的^(13)C-尿素。通过正交实验对该反应的釜式反应条件和物料配方进行了系统优化。在釜式反应条件的基础上,采用连续流反应技术,制备高丰度稳定同位素标记的^(13)C-尿...
采用^(13)CO作为碳源,同时利用硫粉和氨气作为原料制备稳定同位素标记的^(13)C-尿素。通过正交实验对该反应的釜式反应条件和物料配方进行了系统优化。在釜式反应条件的基础上,采用连续流反应技术,制备高丰度稳定同位素标记的^(13)C-尿素,反应时间由釜式6h缩短至20min,且经过滤初步精制后,连续工艺产品的产率为98.3%,纯度为91.6%同位素丰度为98.6atom%^(13)C。结果表明,连续流工艺具有反应速度快、产物收率高、安全性好等优点,适合工业放大和规模化生产。
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关键词
^(13)C-尿素
合成工艺
连续流
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职称材料
“化”说新型冠状病毒核酸检测
被引量:
1
4
作者
金剑
杨雪苹
+2 位作者
程景
任鹏
游恒志
《广东化工》
CAS
2021年第20期220-222,共3页
荧光定量聚合酶链式反应(RT-qPCR)是新型冠状病毒肺炎(COVID-19)快速诊断的关键手段,化学在其中起着非常重要的作用:裂解样本细胞离不开表面化学技术,用磁性分散固相萃取技术高效提取与纯化病毒RNA,用固相合成技术实现病毒逆转录与扩增...
荧光定量聚合酶链式反应(RT-qPCR)是新型冠状病毒肺炎(COVID-19)快速诊断的关键手段,化学在其中起着非常重要的作用:裂解样本细胞离不开表面化学技术,用磁性分散固相萃取技术高效提取与纯化病毒RNA,用固相合成技术实现病毒逆转录与扩增特异性引物的低成本快速合成,用荧光化合物的荧光共振能量转移实现核酸检测阴性/阳性结果的实时报告。
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关键词
新型冠状病毒肺炎
表面化学
分散固相萃取
固相合成
荧光共振能量转移
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职称材料
铜催化格氏试剂的不对称烯丙基烷基化连续流反应
5
作者
宋晓
卿晶
+5 位作者
黎君
贾雪雷
吴福松
黄均荣
金剑
游恒志
《有机化学》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2023年第9期3174-3179,共6页
基于连续流微通道反应器, 在温和条件下首次实现了铜催化格氏试剂的不对称烯丙基烷基化反应. 在–20~ –10 ℃条件下, 用双流路不锈钢折线型连续流微通道反应器, 以极短的保留时间0.6 s, 实现了铜催化的不同格氏试剂的不对称烯丙基烷基...
基于连续流微通道反应器, 在温和条件下首次实现了铜催化格氏试剂的不对称烯丙基烷基化反应. 在–20~ –10 ℃条件下, 用双流路不锈钢折线型连续流微通道反应器, 以极短的保留时间0.6 s, 实现了铜催化的不同格氏试剂的不对称烯丙基烷基化反应, 获得的产物收率为82%~99%, ee值中等至良好. 此外, 在连续流反应条件下连续进料34 min, 放大(S)-3-甲基-1-环己烯的合成规模, 获得0.968 g的(S)-3-甲基-1-环己烯, 收率为98.7%, ee值为96.6%, 证明了在连续流条件下铜催化剂可以稳定地催化格氏试剂发生不对称烯丙基烷基化反应.
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关键词
连续流
微通道反应器
铜催化
不对称烯丙基烷基化
克级制备
原文传递
题名
融合多模态数据的药物合成反应的虚拟筛选
1
作者
孙晓飞
朱静远
陈斌
游恒志
机构
中国科学院成都计算机应用研究所
中国科学院大学计算机科学与技术学院
哈尔滨工业大学(深圳)理学院
哈尔滨工业大学(深圳)人工智能研究院
出处
《计算机应用》
CSCD
北大核心
2023年第2期622-629,共8页
基金
深圳市科研基金资助项目(JCYJ20190806142203709,JSGG20191129114029286,JSGG20201103153807021)
深圳市政府人才发展启动基金资助项目(HA11409030)。
文摘
药物合成反应,特别是不对称反应是现代药物化学的重要组成部分。化学家们投入了巨大的人力和资源来识别各种化学反应模式,以实现高效合成和不对称催化。量子力学计算和机器学习算法在这一领域的最新研究证明了通过计算机学习现有药物合成反应数据并进行精确虚拟筛选的巨大潜力。然而,现有方法局限于单一模态的数据来源,并且由于数据少的限制,只能使用基本的机器学习方法,使它们在更广泛场景中的普遍应用受到阻碍。因此,提出两种融合多模态数据的药物合成反应的筛选模型来进行反应产率和对映选择性的虚拟筛选,并给出了一种基于Boltzmann分布进行加权的3D构象描述符,从而将分子的立体空间信息与量子力学性质结合起来。这两种多模态数据融合模型在两个代表性的有机合成反应(C-N偶联反应和N,S-缩醛反应)中进行了训练和验证,结果表明前者的R2相对于基线方法在大多数据划分上的提升超过了1个百分点,后者的平均绝对误差(MAE)相对于基线方法在大多数据划分上的下降超过了0.5个百分点。可见,在有机反应筛选的不同任务中采用基于多模态数据融合的模型都会带来好的性能。
关键词
药物合成反应
不对称反应
机器学习
多模态数据
3D分子描述符
虚拟筛选
Keywords
drug synthesis reaction
asymmetric reaction
machine learning
multimodal data
3D molecular descriptor
virtual screening
分类号
TP391.4 [自动化与计算机技术—计算机应用技术]
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职称材料
题名
L-^(10)BPA中间体合成工艺优化及连续流可行性工艺研究
2
作者
关东
董珍
陈凯
李国威
廖竞远
黄均荣
游恒志
机构
深圳市中核海得威生物科技有限公司
哈尔滨工业大学(深圳)
出处
《当代化工研究》
CAS
2023年第21期143-145,共3页
文摘
利用硼-10酸作为原料与正丁醇反应后,再与格氏试剂异丙基氯化镁制备(S)-Boc-4-二羟基硼10基-苯丙氨酸。通过设计正交实验优化了该反应的釜式反应条件和后处理方式,釜式克级反应分离收率可达63%。在最优的釜式反应条件基础上进行连续流反应,制备含10B的L-10BPA中间体,反应时间由釜式反应的17h缩短至2h,分离收率达到了57%,验证了含10B的L-10BPA中间体连续流反应的可行性,且连续流工艺具有反应速度快、安全性好等优点,适合工业放大生产。
关键词
L-10BPA
连续流
工艺研究
Keywords
L-10BPA
continuous flow
process research
分类号
TQ253.2 [化学工程—有机化工]
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职称材料
题名
^(13)C-尿素的合成工艺优化及连续流工艺研究
3
作者
卿晶
廖竞远
陈凯
代德胜
游恒志
机构
深圳市中核海得威生物科技有限公司
哈尔滨工业大学(深圳)
出处
《当代化工研究》
2023年第8期146-148,共3页
基金
广东省基础与应用基础研究基金联合基金-青年基金项目“有机负载型手性亚磷酰胺配体的设计合成及其在非稳定亲核试剂的不对称共轭加成反应中的应用研究”(项目编号:2021A1515110366)
深圳市基础研究专项(自然科学基金)-稳定支持面上项目“L-5-甲基四氢叶酸原料药绿色合成新路线的设计、优化与连续化应用”(项目编号:GXWD20220811173736002)。
文摘
采用^(13)CO作为碳源,同时利用硫粉和氨气作为原料制备稳定同位素标记的^(13)C-尿素。通过正交实验对该反应的釜式反应条件和物料配方进行了系统优化。在釜式反应条件的基础上,采用连续流反应技术,制备高丰度稳定同位素标记的^(13)C-尿素,反应时间由釜式6h缩短至20min,且经过滤初步精制后,连续工艺产品的产率为98.3%,纯度为91.6%同位素丰度为98.6atom%^(13)C。结果表明,连续流工艺具有反应速度快、产物收率高、安全性好等优点,适合工业放大和规模化生产。
关键词
^(13)C-尿素
合成工艺
连续流
Keywords
^(13)C-urea
synthetic technology
continuous-flow
分类号
O628.21 [理学—有机化学]
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职称材料
题名
“化”说新型冠状病毒核酸检测
被引量:
1
4
作者
金剑
杨雪苹
程景
任鹏
游恒志
机构
哈尔滨工业大学(深圳)
出处
《广东化工》
CAS
2021年第20期220-222,共3页
基金
哈尔滨工业大学(深圳)有机化学课程思政,HITSZIP20030。
文摘
荧光定量聚合酶链式反应(RT-qPCR)是新型冠状病毒肺炎(COVID-19)快速诊断的关键手段,化学在其中起着非常重要的作用:裂解样本细胞离不开表面化学技术,用磁性分散固相萃取技术高效提取与纯化病毒RNA,用固相合成技术实现病毒逆转录与扩增特异性引物的低成本快速合成,用荧光化合物的荧光共振能量转移实现核酸检测阴性/阳性结果的实时报告。
关键词
新型冠状病毒肺炎
表面化学
分散固相萃取
固相合成
荧光共振能量转移
Keywords
COVID-19
surface chemistry
dispersion solid phase extraction
solid-phase synthesis
fluorescence resonance energy transfer
分类号
O69 [理学—化学]
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职称材料
题名
铜催化格氏试剂的不对称烯丙基烷基化连续流反应
5
作者
宋晓
卿晶
黎君
贾雪雷
吴福松
黄均荣
金剑
游恒志
机构
哈尔滨工业大学(深圳)理学院
深圳市中核海得威生物科技有限公司
哈尔滨工业大学(深圳)实验与创新实践教育中心
出处
《有机化学》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2023年第9期3174-3179,共6页
基金
深圳市基础研究专项(JCYJ20190806142203709)
深圳市基础研究专项(JSGG20191129114029286)
+4 种基金
深圳市基础研究专项(JSGG20201103153807021)
深圳市基础研究专项(GXWD2022081117373600)
广东省基础与应用基础研究基金(2021A1515110366)
中国博士后科学基金(2022M720951)
深圳市先进功能碳基材料研究与综合应用重点实验室资助项目。
文摘
基于连续流微通道反应器, 在温和条件下首次实现了铜催化格氏试剂的不对称烯丙基烷基化反应. 在–20~ –10 ℃条件下, 用双流路不锈钢折线型连续流微通道反应器, 以极短的保留时间0.6 s, 实现了铜催化的不同格氏试剂的不对称烯丙基烷基化反应, 获得的产物收率为82%~99%, ee值中等至良好. 此外, 在连续流反应条件下连续进料34 min, 放大(S)-3-甲基-1-环己烯的合成规模, 获得0.968 g的(S)-3-甲基-1-环己烯, 收率为98.7%, ee值为96.6%, 证明了在连续流条件下铜催化剂可以稳定地催化格氏试剂发生不对称烯丙基烷基化反应.
关键词
连续流
微通道反应器
铜催化
不对称烯丙基烷基化
克级制备
Keywords
continuous flow
micro reactors
copper-catalysis
asymmetric allyl alkylation
gram-scale preparation
分类号
O621.251 [理学—有机化学]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
融合多模态数据的药物合成反应的虚拟筛选
孙晓飞
朱静远
陈斌
游恒志
《计算机应用》
CSCD
北大核心
2023
0
下载PDF
职称材料
2
L-^(10)BPA中间体合成工艺优化及连续流可行性工艺研究
关东
董珍
陈凯
李国威
廖竞远
黄均荣
游恒志
《当代化工研究》
CAS
2023
0
下载PDF
职称材料
3
^(13)C-尿素的合成工艺优化及连续流工艺研究
卿晶
廖竞远
陈凯
代德胜
游恒志
《当代化工研究》
2023
0
下载PDF
职称材料
4
“化”说新型冠状病毒核酸检测
金剑
杨雪苹
程景
任鹏
游恒志
《广东化工》
CAS
2021
1
下载PDF
职称材料
5
铜催化格氏试剂的不对称烯丙基烷基化连续流反应
宋晓
卿晶
黎君
贾雪雷
吴福松
黄均荣
金剑
游恒志
《有机化学》
SCIE
CAS
CSCD
北大核心
2023
0
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