长毛对虾(Penaeus penicillatus)SNP标记开发及亲子鉴定技术研究

长毛对虾是我国南方沿海地区的重要经济虾类。近年来,由于过度捕捞、病害频发以及海洋环境恶化,长毛对虾的自然资源量大幅减少。为补充自然资源,改善种群结构,1980年我国开始对长毛对虾开展增殖放流工作。然而,增殖放流的效果如何,目前尚缺乏有效的评估手段。以长毛对虾为实验材料,通过对其基因组进行de novo测序和重测序开发SNP(single nucleotide polymorphism)标记,最终建立长毛对虾的亲子鉴定技术。具体研究结果如下:长毛对虾基因组大小为1335.76 Mb GC(guanine cytosine)含量为40.86%,N50为1221 bp;以组装的长毛对虾基因组为参考基因组通过重测序进行SNP挖掘,共获得12579780个原始SNP位点,经筛选,优化及模型选择,最终建立了基于192个SNP标记的长毛对虾亲子鉴定技术,亲子鉴定成功率为100%(95%的置信度)。研究结果可为下一步长毛对虾增殖放流效果评估提供参考。

黄鳍棘鲷全长遗传力估计

黄鳍棘鲷是我国东南沿海重要的海水经济鱼类,是目前尚没有通过国家原良种审定委员会审定的新品种。为做好黄鳍棘鲷新品种选育工作,培育出生长速度快的新品种,需估计生长性状的遗传力。本研究以黄鳍棘鲷为研究对象,采用巢式设计和人工授精方法,构建了19个黄鳍棘鲷全同胞家系(包括7个半同胞家系),测量35日龄黄鳍棘鲷的生长数据,并使用MTDFREML软件对其全长进行遗传力估计。结果表明,35日龄黄鳍棘鲷全长的遗传力为(0.234±0.047),属于中等水平遗传力。研究结果可为黄鳍棘鲷的良种选育提供参考资料。

香港牡蛎Foxl2基因克隆分析与表达模式研究

本研究旨在对香港牡蛎Foxl2基因进行克隆、序列分析及建立其在香港牡蛎组织中的表达模式谱。以GenBank数据库中已上传的太平洋牡蛎Foxl2基因序列为模板,设计特异性引物扩增获得香港牡蛎Foxl2基因;应用生物信息学方法,系统分析和预测香港牡蛎Foxl2基因的遗传进化、蛋白质的理化性质和结构特征;并应用QRT-PCR技术对Foxl2在香港牡蛎组织中的表达进行了差异分析。结果表明:香港牡蛎Foxl2基因编码区全长1104 bp,共编码氨基酸367个。多重序列比较分析显示香港牡蛎Foxl2核苷酸序列相似性与太平洋牡蛎、美洲牡蛎、大珠母贝、栉孔扇贝、虾夷扇贝、皱纹盘鲍相应序列的相似性分别为97%、83%、71%、76%、75%、75%,系统进化树分析显示在不同物种以及进化的过程中Foxl2基因具有较高的保守性。Foxl2蛋白质信息学分析结果表明该蛋白呈碱性,N端无信号肽存在,位于胞核中,含有FH等结构。定量分析结果显示:Foxl2在香港牡蛎3种组织中有表达,其中表达量最高的是性腺,其次是唇瓣,鳃中相对表达量最低。本研究成功地克隆了香港牡蛎Foxl2基因,并研究了其在香港牡蛎8种组织中的表达变化规律,为今后阐明其在香港牡蛎性腺发育进程中的功能提供了理论依据。