金属核酸酶及寡聚酰胺与双链DNA分子对接模式的理论研究

采用分子对接软件AutoDock分别研究了金属核酸酶、寡聚酰胺与DNA对接模式.研究结果表明,金属核酸酶、寡聚酰胺与DNA对接结果与实验数据吻合得较好.在金属核酸酶与DNA的对接中,最优构型都是金属核酸酶对接在DNA的小沟内.随着中心金属上电荷的增加,最大对接能呈现上升趋势.尤其是配体体积较小的金属核酸酶,最佳对接位点受中心金属上电荷影响较大,即随着中心金属上电荷的从少到多,最佳对接位点呈现多样化的趋势.在柔性分子寡聚酰胺与双链DNA分子的对接中,分子随DNA小沟的柔性变形是对接结合的关键.其最佳的结合物位点也都是在DNA的小沟内,其对接结果与晶体结构一致.