基于生物信息学探究系统性硬化-系统性红斑狼疮重叠综合征的病理机制

目的:通过生物信息学方法寻找系统性硬化(SSc)和系统性红斑狼疮(SLE)的分子联系,探究SSc-SLE重叠综合征的病理机制。方法:从DisGeNET数据库下载两种疾病相关基因,选取存在互作的基因构建蛋白互作网络,提取该网络中最大的连接成分作为子网络命名为SSN,分析拓扑特征,采用MCODE插件挖掘SSN网络的关键基因功能集和功能模块,R软件ClusterProfiler包进行GO和KEGG富集分析。寻找疾病相关lncRNA构建lncRNA-基因调控网络。结果:SSN包含372个代表疾病相关基因的节点,470条代表基因间互作的边。关键基因功能集由CREB3L1、REL、MUC1、TRAF2、LCN2、IKZF3、PIN1、PFDN5、TRIM27、GEM 10个基因构成。MCODE插件发现了2个功能模块,GO分析表明M1模块富集于CXCR趋化因子受体结合、细胞因子受体结合等分子功能,M2模块则富集于CARD结构域结合、泛素-蛋白质转移酶调节活性等。建立了lncRNA-基因调控网络。结论:SSN中关键基因功能集、功能模块和lncRNA-基因调控网络丰富了对SLE和SSc分子病理学联系的认识,为进一步探索SSc-SLE重叠综合征病理机制和干预靶点提供了可靠的研究视角。