新型抗整合素抗体治疗溃疡性结肠炎疗效评估关键基因的筛选及生物信息学分析

目的:分析可作为中重度溃疡性结肠炎新型治疗药物抗整合素抗体疗效评估和预测的关键基因。方法:从美国国立生物技术信息中心的Gene Expression Omnibus(GEO)数据库下载已公开的维得利珠单克隆抗体、伊妥珠单克隆抗体临床实验患者基因测序信息,通过limma分析找出药物有应答组共有差异性表达基因。使用DAVID工具对差异基因进行基因本体论(GO)进行注释,京都基因与基因组百科全书进行信号传导通路分析.使用Cytoscape构建蛋白质互作网络(PPI),构建ROC曲线分析关键基因的预测性能。结果:维得利珠单克隆抗体疗效组间鉴定出433个差异基因,维得利珠单克隆抗体与伊妥珠单克隆抗体共同差异基因15个。基因功能聚类分析显示差异基因功能与白细胞黏附与迁移、炎症反应相关,细胞组分集中于细胞膜锚定成分与细胞外空间,与抗整合素抗体的药理作用相符。PPI分析筛选出8个关键性基因MNDA、AQP9、FPR1、FCGR3B、VNN2、TREM1、MYO1F和GAS2L3,其中5个已被实验室证明与炎症性肠病相关。结论:抗整合素抗体的疗效与炎症、黏附相关基因密切相关,其表达变化情况可以作为抗整合素抗体疗效预测与监测指标,以及炎症性肠病发病机制与治疗的新研究靶标。