胃癌中IRX1的表达与启动子区甲基化的相关性

目的探讨胃癌中同源盒基因IRX1的表达与启动子区甲基化修饰之间的关系。方法生物信息学软件分析IRX1基因启动子区;RT-PCR检测胃癌细胞株及手术切除胃癌组织IRX1基因mRNA表达水平;MSP及BSP法检测启动子区甲基化状态;检测去甲基化试剂5-杂氮-2’-脱氧胞苷的干预对胃癌细胞IRX1基因表达的逆转效应。结果经生物信息学预测IRX1基因转录起始点上游启动子区富含CpG岛;胃癌细胞株及胃癌组织IRX1基因表达有不同程度下调;MSP及BSP检测显示所有胃癌细胞株启动子区呈高甲基化状态;经5-Aza-CdR处理的细胞株IRX1基因的表达有不同程度上调。结论胃癌中IRX1基因的表达下调与启动子区甲基化修饰有一定关系,为探讨IRX1基因作为去甲基化治疗靶点的可能性提供了实验数据。

同源盒基因在胃肠道发育与胃肠道肿瘤发生中的作用

同源盒基因分为HOX基因和Para-HOX基因两大类。作为一类高度保守的基因家族,其在胚胎发育过程中发挥了重要作用;近年来它与肿瘤的关系也受到越来越多的关注。此文对同源盒基因在胃肠道发育及胃肠道肿瘤发生中的作用作一综述。

胃癌中IRX1基因的表达及生物信息学功能预测

目的:研究胃癌中同源盒基因IRX1的表达并分析该基因的结构与功能特征。方法:从NCBI基因数据库中提取IRX1基因(NM-024337)编码序列及5'端转录起始点上、下游各3,000bp,利用生物信息学程序进行基因结构与蛋白同源性分析;对7株人胃癌体外培养细胞株及57例胃癌采用半定量RT-PCR方法检测IRX1基因mRNA表达。结果:IRX1基因转录起始点上游富含CpG岛;基因编码蛋白质含有HOX与IRO两个模序,3'端第400～450氨基酸为富含脯氨酸区域;IRX1～IRX6为高度同源性蛋白。7株胃癌细胞株中4株IRX1表达消失,3株表达降低。57例正常胃粘膜有IRX1mRNA表达,但对应的胃癌组织中20例(35.09%)mRNA表达下降,其中肠型胃癌占65%。结论:IRX1基因在胃癌中呈不同程度的表达下调,并与胃癌的形态学表型,尤其是肠型胃癌明显相关。IRX1基因转录起始点上游存在高甲基化结构基础。

胃癌中IRX1基因的表达及生物信息学功能预测

目的研究胃癌中同源盒基因IRX1的表达并分析该基因的结构与功能特征。方法从NCBI基因数据库中提取IRX1基因(NM-024337)编码序列及夕端转录起始点上、下游各3000bp,利用生物信息学程序进行基因结构与蛋白同源性分析;对7株人胃癌体外培养细胞株及57例胃癌采用半定量RT-PCR方法检测IRX1基因mRNA表达。结果IRX1基因转录起始点上游富含CpG岛;基因编码蛋白质含有HOX与IRO两个模序,3端第400～450氨基酸为富含脯氨酸区域;IRX1～IRX6为高度同源性蛋白。7株胃癌细胞株中4株IRX1表达消失,3株表达降低。57例正常胃黏膜有IRX1mRNA表达,但对应的胃癌组织中20例(35.09%)mRNA表达下降,其中肠型胃癌占65%。结论IRX1基因在胃癌中呈不同程度的表达下调,并与胃癌的形态学表型,尤其是肠型胃癌明显相关。IRX1基因转录起始点上游存在高甲基化结构基础。