甲型H1N1流感病毒感染致病候选基因的鉴定

目的通过C57BL/6J(B6)和DBA/2J(D2)亲本品系小鼠流感感染后相关表型及杂交子代BXD小鼠肺脏转录本数据的系统性分析进行基因筛选,以找到在流感病毒感染中发挥作用的候选基因.方法共选取41个BXD小鼠及亲本品系B6和D2的雌性小鼠,在8~12周龄之间给予流感病毒甲型鼠肺适应株(H1N1,PR8M)得到相关表型及基因表达量数据,对基因表达量进行聚类分析及加权基因共表达网络分析,构建模块特征值与小鼠病毒载量的相关性,经表达数量性状座位分析,皮尔逊相关性分析,结合全基因组关联研究(GWAS)、小鼠基因组信息学(MGI)、国际小鼠表型联合会(IMPC)三个基因数据库中的信息分析筛选流感病毒感染相关的候选功能基因及确定该基因的遗传调控方式;最后将挑选出的基因进行通路富集分析.结果通过聚类分析和加权基因共表达网络分析,将24219个基因分为23个模块;通过模块与表型的相关性分析,发现MEred、MEgreen、MEma-genta模块与感染密切相关,将其作为核心模块;对核心模块基因通过KEGG和MPO富集分析,结果显示流感病毒相关基因显著参与MAPK信号通路、TNF信号通路等多个细胞免疫相关通路;对核心模块内基因与BXD小鼠流感病毒感染的3种表型(体质量减轻,平均死亡时间和感染后体质量减轻中位数)进行相关性分析,共发现21个基因的肺mRNA表达水平与3种表型均相关(P<0.05);进一步通过GeneNetwork中GEMMA算法对这21个基因行表达数量性状座位分析,结果表明Acpl2受顺式遗传调控,Dusp12、Ovol2、Catsper4、Tmc5、Acsm 1、Fam81a、Rtn4、Rhpn1受反式遗传调控;通过结合MGI,IMPC,GWAS三个基因数据库中的信息分析发现部分基因在免疫通路方面发挥作用.结论通过系统遗传学分析,在小鼠基因组上鉴定了影响流感病毒感染相关的21个候选基因,后续可做进一步的功能验证来阐明其参与流感病毒感染的遗传调控机制.

局灶节段性肾小球硬化和神经发育综合征患儿1例的遗传学分析

目的分析1例局灶节段性肾小球硬化和神经发育综合征(FSGSNEDS)患儿的遗传学特征。方法选取2019年9月15日于胜利油田中心医院儿科就诊的1例FSGSNEDS患儿为研究对象。收集患儿的临床资料,应用家系全外显子组测序(trio-WES)、Sanger测序、染色体核型分析和拷贝数变异测序(CNV-seq)对患儿及其父母进行遗传学分析。结果患儿为3岁男性,主要临床表现为发育迟缓、肾病综合征和癫痫。Trio-WES以及Sanger测序结果显示患儿携带TRIM8基因c.1375C>T(p.Q459*)杂合变异,其父母该位点为野生型。根据美国医学遗传学与基因组学学会(ACMG)相关指南评估为致病性变异。患儿及其父母的染色体核型及CNV-seq结果未见异常。结论患儿被确诊为FSGSNEDS,TRIM8基因c.1375C>T变异可能是其遗传学病因。