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心理护理综合干预与脑卒中患者生命质量及主观幸福感的相关性研究 被引量:45
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作者 张宗群 沈亚丽 +4 位作者 张丽 牛海文 陈妍 齐丽敏 翟铁 《中国卫生统计》 CSCD 北大核心 2019年第1期130-132,共3页
脑卒中是神经内科常见的一类临床心脑血管疾病,主要由于颅内局部急性或持久出血引发的患者脑损害[1]。脑卒中具有较高的发病率、致残率和死亡率,在全球人类主要死因中排名第2位[2]。生命质量指个体在价值取向和文化背景的基础上对自身... 脑卒中是神经内科常见的一类临床心脑血管疾病,主要由于颅内局部急性或持久出血引发的患者脑损害[1]。脑卒中具有较高的发病率、致残率和死亡率,在全球人类主要死因中排名第2位[2]。生命质量指个体在价值取向和文化背景的基础上对自身身体状态、社会能力及心理功能的综合性感觉体验[3]。主观幸福感指的是评价者按照标准对其生存质量所做的整体性评估[4]。 展开更多
关键词 脑卒中患者 生命质量 主观幸福感 心理护理 综合干预
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lncRNA-miR210HG在非小细胞肺癌发生中的作用机制 被引量:4
2
作者 曹国磊 牛海文 +5 位作者 何丽丽 马荣辉 吐尔逊江 唐乐 曹嘉芮 罗琴 《现代肿瘤医学》 CAS 北大核心 2022年第11期1915-1919,共5页
目的:探讨lncRNA-miR210HG在非小细胞肺癌(NSCLC)发生中的作用机制。方法:收集2017年01月至2020年01月我院收治确诊的54例NSCLC患者的癌组织与癌旁组织,采用生物信息学在线程序预测lncRNA-miR210HG的潜在靶标miRNA,双荧光素酶实验检测NC... 目的:探讨lncRNA-miR210HG在非小细胞肺癌(NSCLC)发生中的作用机制。方法:收集2017年01月至2020年01月我院收治确诊的54例NSCLC患者的癌组织与癌旁组织,采用生物信息学在线程序预测lncRNA-miR210HG的潜在靶标miRNA,双荧光素酶实验检测NCI-H1650 NSCLC细胞中lncRNA-miR210HG和miRNA210的相互作用,qRT-PCR检测肺癌组织中lncRNA-miR210HG、miRNA210、HIF-1α、VEGF的mRNA表达水平,NCI-H1650 NSCLC细胞分别转染miRNA210类似物及抑制物后,采用qRT-PCR检测细胞水平lncRNA-miR210HG、HIF-1α与VEGF的mRNA表达。结果:lncRNA-miR210HG与miRNA210间存在互补结合序列,野生型lncRNA-miR210HG和miRNA210的荧光素酶活性低于对照组(P<0.01),且lncRNA-miR210HG与miRNA210的靶向结合是通过其3'-UTR区。NSCLC组织中lncRNA-miR210HG、miRNA210、HIF-1α(P<0.001)及VEGF(P<0.01)的mRNA表达水平均较癌旁组织中高,差异有统计学意义。NSCLC组织中lncRNA-miR210HG表达与miRNA210表达呈负相关。细胞实验发现,miRNA210过表达后,HIF-1α、VEGF、lncRNA-miR210HG的mRNA表达水平均下降,其中lncRNA-miR210HG、HIF-1α与对照组相比差异有统计学意义(lncRNA-miR210HG:P<0.05;HIF-1α:P<0.01),miRNA210被抑制后,HIF-1α、VEGF、lncRNA-miR210HG的mRNA表达水平均较对照组升高,且差异均有统计学意义(lncRNA-miR210HG:P<0.01;HIF-1α:P<0.05;VEGF:P<0.01)。结论:lncRNA-miR210HG 3'-UTR区通过与miRNA210的靶向结合,从而调控下游HIF-1α、VEGF的mRNA表达,可能参与了NSCLC的发生、发展。 展开更多
关键词 lncRNA-miR210HG HIF-1Α VEGF 非小细胞肺癌
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肺癌合并肺栓塞患者DNA甲基化基因的表达差异的分析研究 被引量:1
3
作者 唐乐 李宏 +4 位作者 牛海文 曹国磊 马荣辉 何丽丽 罗琴 《新疆医科大学学报》 CAS 2022年第1期20-24,共5页
目的GO富集分析联合KEGG通路分析筛选肺癌合并肺栓塞患者中参与肺栓塞形成的甲基化驱动基因。方法以2019年1月—2019年12月新疆医科大学附属肿瘤医院呼吸内科收治的肺腺癌合并肺栓塞患者、肺腺癌患者各4例为研究对象,提取外周血总RNA及D... 目的GO富集分析联合KEGG通路分析筛选肺癌合并肺栓塞患者中参与肺栓塞形成的甲基化驱动基因。方法以2019年1月—2019年12月新疆医科大学附属肿瘤医院呼吸内科收治的肺腺癌合并肺栓塞患者、肺腺癌患者各4例为研究对象,提取外周血总RNA及DNA,利用Illumina RNA高通量测序技术及Illumina 850K芯片甲基化检测平台测定转录组测序数据及DNA甲基化数据,通过差异表达基因及差异甲基化基因相关性分析筛选甲基化驱动基因,并通过KOBAS注释系统进行GO功能和KEGG通路分析。结果肺癌合并肺栓组相对于肺癌组中筛选得到14个甲基化驱动基因为CD177、RNASE1、GMPR、NTN4、HIST1H2BM、SMIM5、MARCH2、CMBL、LGALS3、NME4、KIR2DL1、RNASE1 ANKRD9、SPTB,对应基因的差异表达log2FC值分别为2.594、3.666、1.946、-2.748、1.859、1.512、1.352、2.327、2.027、1.076、2.438、3.666、2.106、2.198。这些甲基化驱动基因通过自然杀伤细胞抑制、免疫突触形成、层粘连蛋白结合、细胞外基质结合等分子功能及核苷酸代谢、自然杀伤细胞介导的细胞毒作用、移植物抗宿主病抗原处理和提呈、轴突引导等通路参与肺癌相关肺栓的发生。结论显著下调的NTN4和显著上调的RNASE1或参与肺癌患者肺栓塞的发生。 展开更多
关键词 肺癌合并肺栓塞 癌症相关血栓 DNA甲基化 基因表达谱 联合分析 RNA测序 基因芯片
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MALAT1调控miR-19b-3p/HIF-1α分子轴参与非小细胞肺癌的发生发展 被引量:2
4
作者 唐乐 李宏 +2 位作者 何丽丽 牛海文 罗琴 《华中科技大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2022年第5期601-606,共6页
目的探讨MALAT1调控miR-19b-3p/HIF-1α影响非小细胞肺癌(NSCLC)的发病机制。方法采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测MALAT1、miR-19b-3p在NSCLC肺癌组织和NSCLC细胞系中的表达水平。过表达miR-19b-3p和敲除MALAT1后,采用qRT-PCR和Wester... 目的探讨MALAT1调控miR-19b-3p/HIF-1α影响非小细胞肺癌(NSCLC)的发病机制。方法采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测MALAT1、miR-19b-3p在NSCLC肺癌组织和NSCLC细胞系中的表达水平。过表达miR-19b-3p和敲除MALAT1后,采用qRT-PCR和Western blot检测A549细胞中MALAT1、miR-19b-3p、缺氧诱导因子-1α(HIF-1α)和血管内皮生长因子(VEGF)表达水平的变化。采用细胞增殖毒性检测试剂盒(CCK-8)和流式细胞术检测细胞增殖、细胞周期和凋亡情况。采用Transwell实验检测细胞迁移及侵袭能力。结果在NSCLC癌组织及NSCLC细胞系中MALAT1表达升高、miR-19b-3p表达降低,并且MALAT1与miR-19b-3p表达水平呈负相关(r=-0.8969,P<0.01);过表达miR-19b-3p及敲除MALAT1可使A549细胞中miR-19b-3p基因表达升高,MALAT1、HIF-1α及VEGF基因表达下降。过表达miR-19b-3p使A549细胞增殖能力、分裂能力、侵袭迁移能力下降,凋亡率增加。结论MALAT1可能靶向miR-19b-3p调节HIF-1α/VEGF参与非小细胞肺癌发生发展。 展开更多
关键词 非小细胞肺癌 MALAT1 miR-19b-3p 缺氧诱导因子-1Α 血管内皮生长因子
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肺腺癌患者血清中非编码RNA差异表达的分析研究 被引量:1
5
作者 牛海文 崔浩波 +5 位作者 李宏 曹国磊 何丽丽 曹嘉芮 张迪 罗琴 《新疆医科大学学报》 CAS 2022年第1期15-19,共5页
目的研究肺腺癌患者外周血中非编码RNA的表达差异。方法收集新疆医科大学附属肿瘤医院2019年1月—2019年12月呼吸神经内科收治的肺腺癌患者与健康对照组的外周血各4例,利用TRIZOL试剂盒提取两组患者外周血中RNA,采用RNA-Seq高通量测序检... 目的研究肺腺癌患者外周血中非编码RNA的表达差异。方法收集新疆医科大学附属肿瘤医院2019年1月—2019年12月呼吸神经内科收治的肺腺癌患者与健康对照组的外周血各4例,利用TRIZOL试剂盒提取两组患者外周血中RNA,采用RNA-Seq高通量测序检测lncRNA表达谱,利用lncTar软件对差异表达的lncRNA和mRNA行共表达分析,进而采用KOBAS软件对mRNA行基因本体论(GO)和京都基因和基因组百科全书(KEGG)分析。结果与对照组相比,肺腺癌患者外周血中有804个差异表达的lncRNA(其中425个表达上调,379个表达下调,P≤0.05),对存在差异的lncRNA靶向的mRNA行GO分析发现,肺腺癌对比健康人主要与翻译起始、mRNA分解过程相关,KEGG主要与核糖体、代谢途径等通路相关。结论LINC02193、SNHG17、TUG1、LINC01503可作为肺腺癌发生发展的标志物,肺腺癌的发生可能与核糖体、代谢途径等通路有关。 展开更多
关键词 肺腺癌 高通量测序 非编码RNA 差异表达
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LncRNA MALAT1与肺部疾病关系的研究进展 被引量:1
6
作者 罗琴 牛海文 《新疆医科大学学报》 CAS 2022年第1期25-28,共4页
长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)是转录长度超过200 nt且缺乏蛋白质编码能力的RNA分子,因其异常表达与疾病的发生发展密切相关而成为当前的研究热点[1]。肺腺癌转移相关转录本1(metastasis-associated lung adenocarcinoma t... 长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)是转录长度超过200 nt且缺乏蛋白质编码能力的RNA分子,因其异常表达与疾病的发生发展密切相关而成为当前的研究热点[1]。肺腺癌转移相关转录本1(metastasis-associated lung adenocarcinoma transcript 1,MALAT1),也被称为核富集丰富转录本2(NEAT2),长度大约为8700 bp,位于第13号染色体上[2],MALAT13′端的腺苷酸聚集区和尿嘧啶聚集片段形成保守的三股螺旋结构,能够降低3′→5′外切酶活性,使其更加稳定地进行翻译[3]。 展开更多
关键词 异常表达 METASTASIS 肺部疾病 尿嘧啶 腺苷酸
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肺栓塞患者差异甲基化位点及区域分析
7
作者 曹国磊 何丽丽 +4 位作者 马荣辉 唐乐 曹嘉瑞 牛海文 罗琴 《华中科技大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2021年第3期292-296,共5页
目的寻找肺栓塞患者差异甲基化CpG位点、甲基化区域及其所对应的目的基因,探讨DNA甲基化在肺栓塞发生中的作用。方法收集2019年1月至2019年12月新疆医科大学附属肿瘤医院确诊的单纯肺栓塞患者和正常对照人群外周血标本各10例,提取DNA,采... 目的寻找肺栓塞患者差异甲基化CpG位点、甲基化区域及其所对应的目的基因,探讨DNA甲基化在肺栓塞发生中的作用。方法收集2019年1月至2019年12月新疆医科大学附属肿瘤医院确诊的单纯肺栓塞患者和正常对照人群外周血标本各10例,提取DNA,采用Illumina Infinium Methylation EPIC Bead Chip芯片(850K芯片)甲基化检测平台于全基因组水平检测肺栓塞组及正常对照组甲基化位点,利用R包Limma进行两组差异甲基化位点分析,采用Bumphunter的方法寻找两组差异甲基化区域。结果(1)肺栓塞组与正常对照组对比分析,共筛选到95286个有意义的差异CpG位点(P<0.05),其中37983个为高甲基化,57303个为低甲基化;对应28273个目的基因,其中13785个为高甲基化,14488个为低甲基化。显著差异CpG位点在CpG岛的分布情况为:CpG岛29%(27483)、Shore 18%(16700)、Shelf 6%(6011)、Open sea 47%(45092)。(2)采用Bumphunter的方法寻找差异甲基化区域,结果筛选出两组差异甲基化区域DMR-1、DMR-2,分别位于3号染色体(195489708-195490309)和6号染色体(49681178-49681774)上(均P<0.05)。DMR-1宽度601 bp,DMR-2宽度596 bp,DMR-1包含8个CpG位点(cg23170091、cg18918831、cg16034541等),其所属的簇包含8个CpG位点,DMR-2包含11个CpG位点(cg01706515、cg14997592、cg26715042等),其所属的簇包含11个CpG位点,且肺栓塞组DMR-1与DMR-2所有CpG位点甲基化水平均较正常对照组高。DMR-1目的基因为MUC4,DMR-2目的基因为CRISP2。结论DNA的高甲基化可能参与了肺栓塞的发生,差异较大的CpG位点cg06417478、cg18105134及其目的基因HOOK2、PROZ和DMR-1、DMR-2中包含的差异CpG位点及其目的基因MUC4、CRISP2的异常甲基化,或许在肺栓塞的发生中起到重要的作用。 展开更多
关键词 肺栓塞 DNA甲基化 CPG 甲基化位点 甲基化区域
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妇科恶性肿瘤并发静脉血栓栓塞42例临床分析 被引量:1
8
作者 曹国磊 王清鹤 +2 位作者 何丽丽 牛海文 罗琴 《新疆医学》 2021年第3期314-316,共3页
目的探讨妇科恶性肿瘤合并静脉血栓栓塞(VTE)患者的相关特点,以提高其诊治意识,改善患者预后。方法对新疆医科大学第三临床医学院2018年1月—2020年1月间收治的42例妇科恶性肿瘤并发VTE的患者临床资料进行回顾性分析。分析妇科恶性肿瘤... 目的探讨妇科恶性肿瘤合并静脉血栓栓塞(VTE)患者的相关特点,以提高其诊治意识,改善患者预后。方法对新疆医科大学第三临床医学院2018年1月—2020年1月间收治的42例妇科恶性肿瘤并发VTE的患者临床资料进行回顾性分析。分析妇科恶性肿瘤并发VTE患者的发病情况及其临床特点。结果1.妇科恶性肿瘤并发VTE患者中,DVT较PE多见。2.并发VTE的妇科恶性肿瘤中,属宫颈癌最多,后依次为卵巢癌、子宫内膜癌、外阴恶性肿瘤以及其他诸如侵蚀性葡萄胎、子宫肉瘤。3.患者年龄大于60岁、血清D-二聚体升高、接受化疗、TNM分期晚、肿瘤分化程度低是妇科恶性肿瘤患者发生VTE的危险因素。4.肺栓塞患者主要表现为突发胸痛、咯血、胸闷、气短。四肢静脉血栓栓塞患者表现为患侧肢体的水肿、患肢的疼痛。5.抗凝联合溶栓治疗的有效率高于单纯抗凝治疗及一般支持治疗。结论1.对于年龄大于60岁、血清D-二聚体升高、接受化疗、TNM分期晚、肿瘤分化程度低的妇科恶性肿瘤患者,应更加注意及早予以抗凝预防措施,从而改善患者的疾病预后。2抗凝和溶栓是最基本的治疗方法。 展开更多
关键词 妇科恶性肿瘤 静脉血栓栓塞 肺栓塞
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宁夏盐池县干旱风沙区引种粮饲兼用型玉米的试验 被引量:1
9
作者 牛海文 《畜牧与饲料科学》 2012年第10期15-17,共3页
为了选择出适宜于宁夏盐池县干旱风沙区种植的粮饲兼用型玉米品种,试验选用"辽原1号原种""科多四号""中原单32号""辽原一号三代"4个品种与当地种植的"中单2号"进行比较试验。试验结... 为了选择出适宜于宁夏盐池县干旱风沙区种植的粮饲兼用型玉米品种,试验选用"辽原1号原种""科多四号""中原单32号""辽原一号三代"4个品种与当地种植的"中单2号"进行比较试验。试验结果表明,"辽原一号原种""中原单32号"属抗病力强、高抗倒伏、耐寒、耐旱型品种,是适宜在该地区推广的最优品种。 展开更多
关键词 粮饲兼用 玉米 引种
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肺腺癌患者差异甲基化区域分析 被引量:1
10
作者 李晓晗 曹国磊 +7 位作者 牛海文 何丽丽 王清鹤 曹嘉芮 袁梦 阿丽亚·奥斯曼 李蕊 罗琴 《临床肺科杂志》 2022年第1期68-73,共6页
目的探讨DNA甲基化在肺腺癌发生中的作用机制。方法收集2019年1月至12月新疆肿瘤医院确诊的肺腺癌和正常对照者外周血各4例,850K芯片甲基化检测平台检测肺腺癌组与正常对照组甲基化区域,Bump hunter寻找两组差异区域。Gene Ontology数... 目的探讨DNA甲基化在肺腺癌发生中的作用机制。方法收集2019年1月至12月新疆肿瘤医院确诊的肺腺癌和正常对照者外周血各4例,850K芯片甲基化检测平台检测肺腺癌组与正常对照组甲基化区域,Bump hunter寻找两组差异区域。Gene Ontology数据库和KOBAS软件对差异区域对应目的基因进行GO分析和KEEG分析。结果1.共筛选出DMR-1、DMR-2、DMR-3、DMR-4、DMR-6(以上位于chr6),DMR-5(位于chr11)和DMR-7(位于chr20)(P<0.05)七组差异甲基化区域。DMR-1目的基因为HLA-DPB1、HLA-DPA1,DMR-2的为POU5F1,DMR-3的为RP5-1186N24.3、SCAND3,DMR-4的为ZFP57,DMR-5的为LDHC,DMR-6的为LTA,DMR-7的为OXT。其中HLA-DPB1、HLA-DPA1等为高甲基化,SCANDS3和LTA为低甲基化。2.GO分析表明目的基因主要在干扰素-γ、MHC-Ⅱ类复合物等功能中发挥重要作用。KEGG分析显示目的基因甲基化主要在Ⅰ型糖尿病、NF-κB信号通路中高度富集。结论1.肺腺癌患者DNA甲基化的状态可能是引起肺腺癌发生的关键因素,尤其是HLA-DP,POU5F1及LDHC的甲基化状态,在肺腺癌的发生中起着重要的作用。2.在GO功能和KEGG通路中,阐明了DNA甲基化异常导致疾病发展的作用机制。 展开更多
关键词 肺腺癌 DNA甲基化 目的基因 生信分析
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肺栓塞患者中差异表达的长链非编码RNA的筛选及分析研究
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作者 曹嘉芮 曹国磊 +5 位作者 李伟 何丽丽 牛海文 李晓晗 吐尔逊江·艾力 罗琴 《新疆医科大学学报》 CAS 2022年第1期8-14,共7页
目的筛选肺栓塞(pulmonary embolism,PE)患者中差异表达的长链非编码RNA(Long non-coding RNA, lncRNA)。方法收集新疆医科大学附属肿瘤医院2019年1月-2019年12月PE患者,4例为PE组,另取4例健康体检者为对照组。分别抽取两组外周静脉血5... 目的筛选肺栓塞(pulmonary embolism,PE)患者中差异表达的长链非编码RNA(Long non-coding RNA, lncRNA)。方法收集新疆医科大学附属肿瘤医院2019年1月-2019年12月PE患者,4例为PE组,另取4例健康体检者为对照组。分别抽取两组外周静脉血5ml,测定血液中的IncRNA表达,采用Illumina高通量测序技术及bcl2fastq软件测定血液中的IncRNA表达,采用limma包/DESeq包和StringTie软件/PrepDE. Py技术分析PE与健康人群外周静脉血中lncRNA的差异。结果与对照组比较,PE组MERGE.25018.15,ERGE.30895.15,MERGE.32169.24,MERGE.30939.2,MERGE. 22370.6, MERGE. 32217.13, MERGE. 9106.11, MERGE. 7438.3, MERGE. 30701.47,MERGE. 6007.5升高;MERGE. 27071.1, MERGE. 14825.18, MERGE. 30701.1, MERGE. 20578.5;MERGE. 32241.2;MERGE. 15426.3;MERGE. 10320.15;MERGE. 2905.16, MERGE. 22859.26,MERGE. 28441.11降低,差异有统计学意义(P<0.05)。差异倍数最大的上调lncRNA为MERGE.25018.15差异倍数最大的下调IncRNA为MERGE.27071.1。差异表达的lncRNA靶基因在GO生物学途径方面主要涉及呼吸系统的发育、血管内皮细胞迁移的正调节作用等。KEGG信号通路富集分析主要涉及VEGF信号通路、癌症中的胆碱代谢、HIF-1信号通路、MAPK信号通路、Wnt信号通路、mTOR信号通路、非小细胞肺癌相关信号通路。结论 PE患者在lncRNA中调控呼吸系统的发育、血管内皮细胞迁移的正调控、血管内皮的生成、低氧状态、恶性肿瘤等方面与健康人群存在差异。 展开更多
关键词 肺栓塞 长链非编码RNA 基因芯片 生信分析
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干旱风沙区如何发展畜牧业
12
作者 牛海文 《中国畜牧业》 2012年第23期83-83,共1页
宁夏盐池县地域辽阔、草原宽广,是宁夏回族自治区惟一列入全国的牧业县,畜牧业经济在全县国民经济中心占十分重要的地位。随着改革开放的深入,畜牧业经济得到了长足的发展,畜牧业产值占大农业产值的57%,已成为全县广大农民增收致... 宁夏盐池县地域辽阔、草原宽广,是宁夏回族自治区惟一列入全国的牧业县,畜牧业经济在全县国民经济中心占十分重要的地位。随着改革开放的深入,畜牧业经济得到了长足的发展,畜牧业产值占大农业产值的57%,已成为全县广大农民增收致富的支柱产业。 展开更多
关键词 畜牧业经济 干旱风沙区 宁夏回族自治区 农业产值 经济中心 改革开放 支柱产业 农民增收
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水地紫花苜蓿草地氮磷配比试验效益分析 被引量:19
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作者 彭文栋 牛海文 +1 位作者 董其军 王宁 《草业科学》 CAS CSCD 北大核心 1994年第6期39-41,共3页
氮、磷配施对第5年生紫花苜蓿草地增产不明显,单施磷肥效果极显著。施磷量(X)与苜蓿风干草产量(y)的回归方程为:y=4226.32+53.28x一0.1737x2。确定了最佳经济施磷量和施磷量上、下限及相应苜蓿风干草... 氮、磷配施对第5年生紫花苜蓿草地增产不明显,单施磷肥效果极显著。施磷量(X)与苜蓿风干草产量(y)的回归方程为:y=4226.32+53.28x一0.1737x2。确定了最佳经济施磷量和施磷量上、下限及相应苜蓿风干草产量。 展开更多
关键词 紫花苜蓿 草地 磷肥 氮肥 效益
全文增补中
胃癌的治疗进展 被引量:7
14
作者 张迪 何晶 牛海文 《新疆医学》 2021年第4期464-467,共4页
胃癌(gastric cancer,GC)是指起源于胃壁最表层黏膜上皮细胞的肿瘤,其发生是一个多步骤、多因素参与的递进过程,涉及环境饮食、HP感染、遗传、癌前状态等因素。早期症状不典型,有些仅表现为进食哽噎或呃逆,当症状明显恶化时,病变已进展... 胃癌(gastric cancer,GC)是指起源于胃壁最表层黏膜上皮细胞的肿瘤,其发生是一个多步骤、多因素参与的递进过程,涉及环境饮食、HP感染、遗传、癌前状态等因素。早期症状不典型,有些仅表现为进食哽噎或呃逆,当症状明显恶化时,病变已进展到晚期,超过90%的住院患者初诊时已是局部晚期或转移性胃癌[1]。 展开更多
关键词 癌前状态 HP感染 转移性胃癌 呃逆 治疗进展 症状不典型 黏膜上皮细胞 局部晚期
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肺栓塞患者DNA甲基化联合基因表达差异分析
15
作者 曹嘉芮 李伟 +4 位作者 曹国磊 何丽丽 牛海文 李晓晗 罗琴 《中华急诊医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期242-247,共6页
目的通过整合生物信息学分析筛选与肺栓塞相关的遗传和表观遗传表达差异。方法以2019年就诊与新疆医科大学第三附属医院肺栓塞患者及健康体检者4例作为研究对象,利用高通量测序技术及甲基化芯片技术检测、筛选并整合外周血差异基因组和... 目的通过整合生物信息学分析筛选与肺栓塞相关的遗传和表观遗传表达差异。方法以2019年就诊与新疆医科大学第三附属医院肺栓塞患者及健康体检者4例作为研究对象,利用高通量测序技术及甲基化芯片技术检测、筛选并整合外周血差异基因组和表观基因组数据来识别致肺栓塞发病的甲基化驱动基因及差异表达基因,行GO及KEGG富集分析。结果将肺栓塞组和健康对照组间DNA甲基化和基因表达数据进行共表达分析,基因上游区域差异甲基化与基因表达呈负相关,其中共筛选出基因上游区域显著甲基化基因有8个,采用独立样本的T检验及Pearson相关性分析,肺栓塞组中TSS1500显著甲基化基因有6个,分别为TSPO2、C1QA、AQP1、TNFSF9、MIA、STAB1,对应基因的差异表达倍数log2FC分别是1.298,1.629,1.024,2.746,2.539,1.060,基因表达与基因甲基化之间的相关度分别是-0.908,-0.900,-0.824,-0.784,-0.783,-0.779,两组间甲基化差异分别是-0.049,-0.053,-0.048,-0.057,-0.050,-0.053(P<0.05)。TSS200区域显著甲基化基因有3个,分别为TSPO2,SLCP9A3,SIGLEC1,基因表达差异倍数log2FC分别是1.298,-2.252,1.866,基因表达与基因甲基化之间的相关度分别是-0.860,-0.774,-0.739,两组间甲基化差异分别是-0.051,0.027,-0.048(P<0.05)。肺栓塞组中在TSS区域有TSPO2、C1QA、AQP1、TNFSF9、MIA、STAB1、SIGLEC1共7个基因呈现低甲基化高表达状态。SLC9A3基因呈现高甲基化低表达。GO功能分析中,在补体活化、免疫反应、激活蛋白级联等得到显著富集。在KEGG信号通路中,免疫系统、细菌感染以及信号分子及相互作用方面得到显著富集,从而调控肺栓塞的发生。结论基于DNA甲基化和基因表达的联合分析,发现了肺栓塞发生发展的新思路,后续可进行更加深入的研究。 展开更多
关键词 肺栓塞 DNA甲基化 基因表达 联合分析
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非小细胞肺癌并发肺栓塞患者差异基因lncRNA MALAT1的筛选与验证 被引量:1
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作者 牛海文 李宏 +2 位作者 何丽丽 唐乐 罗琴 《中华肿瘤防治杂志》 CAS 北大核心 2023年第12期718-726,共9页
目的 通过高通量测序(RNA-Seq)技术筛选非小细胞肺癌(NSCLC)并发肺血栓栓塞症(PTE)患者中差异基因表达谱,探讨长链非编码RNA(lncRNA)肺腺癌转移相关转录本1(MALAT1)与NSCLC并发PTE疾病的关联性。方法 收集2020-01-01-2020-12-30就诊于... 目的 通过高通量测序(RNA-Seq)技术筛选非小细胞肺癌(NSCLC)并发肺血栓栓塞症(PTE)患者中差异基因表达谱,探讨长链非编码RNA(lncRNA)肺腺癌转移相关转录本1(MALAT1)与NSCLC并发PTE疾病的关联性。方法 收集2020-01-01-2020-12-30就诊于新疆医科大学附属肿瘤医院确诊的NSCLC并发PTE患者、单纯NSCLC患者及同期门诊健康体检者的临床资料及其外周血样本各4例。(1)差异基因lncRNA MALAT1的筛选:NSCLC并发PTE患者、单纯NSCLC患者和健康体检者的外周血各4例,应用RNA-Seq行差异基因lncRNA表达谱测序,行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)数据库分析差异基因相关的富集及信号通路。(2)对筛选出的lncRNA MALAT1差异表达的验证:上述3组各30例,应用实时荧光定量聚合酶链反应法检测患者外周血MALAT1、缺氧反应诱导因子1α(HIF-1α)、尼克酰胺腺嘌呤二核苷酸磷酸氧化酶4(NOX4)及活性氧(ROS)的表达水平,通过单因素方差分析、LSD-t检验比较组间差异,采用简单线性回归分析MALAT1表达水平与HIF-α、NOX4及ROS表达水平之间的相关性。结果 (1)NSCLC并发PTE患者对比单纯NSCLC患者,共筛选出727个差异表达长链非编码RNA(lncRNA),其中327个表达上调,400个表达下调;单纯NSCLC患者与健康对照组对比,共筛选出794个差异表达lncRNA,其中414个表达上调,380个表达下调。利用Excel 2019得到NSCLC并发PTE组对比单纯NSCLC组,以及单纯NSCLC组对比健康对照组患者共同的差异基因,分别为MERGE.7330.1、MALAT1、MERGE.9869.8、MERGE.11060.20、MERGE.32224.4、MERGE.27691.1、MERGE.8536.1、MERGE.3176.3等8个基因。进一步发现,共同参与的KEGG通路主要涉及HIF-1α信号通路、B细胞受体信号通路、系统性红斑狼疮等。(2)3组中MALAT1、HIF-1α、NOX4及ROS的表达水平有共同的规律,即由高到低依次为NSCLC并发PTE组、单纯NSCLC组及健康对照组,MALAT1测值分别为1.78±0.64、1.33±0.33和0.96±0.08,HIF-1α测值分别为2.29±0.48、1.60±0.34和1.01±0.06,NOX4测值分别为2.33±0.63、1.59±0.39和0.98±0.08,ROS测值分别为1.82±0.53、1.60±0.39和0.97±0.09,差异均有统计学意义,F值分别为28.936、106.716、74.699及30.648,均P<0.001。上述指标在2组中的Person相关分析显示,MALAT1与HIF-1α表达呈中度正相关(r=0.696,P<0.001),与NOX4表达呈高度正相关(r=0.785,P<0.001),与ROS表达呈中度正相关,r=0.680,P<0.001。结论 MALAT1与HIF-1α/NOX4/ROS轴相关,从而参与NSCLC并发PTE患者疾病的发生发展。 展开更多
关键词 非小细胞肺癌 肺栓塞 RNA-Seq技术 转移相关肺腺癌转录本1 相关性分析
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肺腺癌合并肺栓塞患者差异长链非编码RNA表达分析 被引量:3
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作者 曹国磊 范佩文 +3 位作者 王清鹤 何丽丽 牛海文 罗琴 《中华实验外科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第7期1328-1330,共3页
目的观察肺腺癌合并肺栓塞患者中差异表达的长链非编码RNA(lncRNA),探讨肺腺癌合并肺栓塞发生的潜在分子机制。方法收集新疆医科大学附属肿瘤医院2019年1月至2019年12月肺腺癌合并肺栓塞、单纯肺腺癌、单纯肺栓塞和正常对照组人群外周血... 目的观察肺腺癌合并肺栓塞患者中差异表达的长链非编码RNA(lncRNA),探讨肺腺癌合并肺栓塞发生的潜在分子机制。方法收集新疆医科大学附属肿瘤医院2019年1月至2019年12月肺腺癌合并肺栓塞、单纯肺腺癌、单纯肺栓塞和正常对照组人群外周血各4例,TRIzol?Reagent提取总RNA,利用Illumina高通量测序技术同时对肺腺癌合并肺栓塞、肺腺癌、肺栓塞以及正常人群(各4例)lncRNA表达谱测定,分别比较各组差异表达的lncRNA。lncRNA样本相关性采用StringTie软件和PrepDE.py进行相关性分析。结果13897个已知lncRNA,经CPC、CNCI和HMMER软件进行编码能力预测发现12900个新型lncRNA。肺腺癌合并肺栓塞与单纯肺腺癌组比较,检测到725个差异表达的lncRNA(其中326个上调,399个下调,P<0.05)。肺腺癌合并肺栓塞与单纯肺栓塞组比较,发现932个差异表达的lncRNA(其中452个上调,480个下调,P<0.05)。肺腺癌合并肺栓塞与正常对照组比较,1190个差异表达的lncRNA(其中453个上调,737个下调,P<0.05),差异倍数最大的上调lncRNA为MERGE.31027.6,差异倍数最大的下调lncRNA为MERGE.30976.2。结论lncRNA-MERGE.31027.6、lncRNA-MERGE.30976.2可能参与肺腺癌合并肺栓塞的发生。 展开更多
关键词 肺癌 肺栓塞 长链非编码RNA 基因芯片
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氯化钴通过c-Raf/MAPK/NF-κB通路对人非小细胞肺癌细胞增殖、侵袭及迁移影响 被引量:1
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作者 牛海文 曹国磊 +4 位作者 崔浩波 何丽丽 曹嘉芮 李晓晗 罗琴 《中华肿瘤防治杂志》 CAS 北大核心 2022年第7期475-480,500,共7页
目的探讨体外缺氧微环境对c-Raf/MAPK/NF-κB通路的影响,并观察不同浓度氯化钴(CoCl_(2))及作用不同时间对人非小细胞肺癌(NSCLC)细胞增殖、侵袭及迁移的影响。方法采用CoCl_(2)建立人NSCLC细胞系NCI-H1650和A549细胞体外化学乏氧模型,... 目的探讨体外缺氧微环境对c-Raf/MAPK/NF-κB通路的影响,并观察不同浓度氯化钴(CoCl_(2))及作用不同时间对人非小细胞肺癌(NSCLC)细胞增殖、侵袭及迁移的影响。方法采用CoCl_(2)建立人NSCLC细胞系NCI-H1650和A549细胞体外化学乏氧模型,以作用浓度0μmol/L为对照组,作用不同浓度为实验组。通过不同浓度(100、200、300、400和500μmol/L)的CoCl_(2)分别作用NCI-H1650和A549细胞12 h,CCK-8法检测其存活率。根据半数抑制浓度(IC_(50))值选择对缺氧环境适应能力较强的A549细胞,用同样方法进一步检测CoCl_(2)浓度为50、100、150和200μmol/L作用于细胞6、8、12、24和48 h的存活率。不同浓度CoCl_(2)作用同一时间,蛋白质印迹法检测细胞HIF-1α、c-Raf、MAPK和NF-κB的蛋白水平。Transwell小室检测CoCl_(2)对细胞迁移和侵袭能力的影响。结果当CoCl_(2)作用于A549细胞时,IC_(50)值为927.5μmol/L,作用于NCI-H1650细胞时,IC_(50)值为890.4μmol/L,成功建立缺氧NCI-H1650与A549细胞模型。当不同浓度CoCl_(2)(0~500μmol/L)作用于H1650细胞时,CoCl_(2)作用浓度对细胞存活率无影响,差异无统计学意义,F=2.942,P=0.058;作用于A549细胞时,细胞存活率分别为(1.05±0.04)%、(1.01±0.11)%、(0.81±0.05)%、(0.80±0.01)%、(0.77±0.02)%和(0.51±0.05)%,差异有统计学意义,F=30.930,P<0.001。其中,当浓度>100μmol/L时,各浓度组存活率均高于对照组,差异有统计学意义,均P<0.05。当CoCl_(2)作用时间为6~48 h,作用浓度一定时,A549细胞存活率无明显改变,差异无统计学意义;当CoCl_(2)作用时间不变,存活率随着浓度的增加而下降,并呈浓度依赖性,差异有统计学意义。与CoCl_(2)作用浓度0μmol/L[(38.33±7.64)个]相比,作用浓度分别为50、100、150、200μmol/L时A549细胞迁移数分别为(60.67±7.02)、(83.33±5.03)、(131.67±12.58)和(161.34±47.37)个,差异有统计学意义,F=127.671,P<0.001;其中,当CoCl_(2)浓度≥50μmol/L时迁移能力均高于对照组,差异有统计学意义,t值分别为-3.728、-8.521、-10.983和-22.115,P值分别为0.020、0.001、<0.001和<0.001。各组蛋白表达水平均高于对照组,差异均有统计学意义,均P<0.05。结论CoCl_(2)模拟的缺氧可以使NSCLC细胞增殖、侵袭和转移增加,其机制与c-Raf/MAPK/NF-κB信号通路相关。 展开更多
关键词 非小细胞肺癌 丝氨酸激酶 c-Raf/MAPK/NF-κB 增殖 侵袭 迁移
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肺腺癌合并肺栓塞患者的差异mRNA表达分析 被引量:1
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作者 王清鹤 曹国磊 +6 位作者 张秀华 夏欢 何丽丽 牛海文 芦梓楠 谢乾 罗琴 《中华实验外科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第6期1145-1148,共4页
目的通过高通量测序研究肺腺癌合并肺栓塞及肺栓塞患者基因表达谱数据,应用生物信息学方法挖掘肺腺癌合并肺栓塞及肺栓塞患者的共同信号通路,筛选两对比组共同的差异mRNA。方法收集新疆医科大学附属肿瘤医院2019年1月至2019年12月肺腺... 目的通过高通量测序研究肺腺癌合并肺栓塞及肺栓塞患者基因表达谱数据,应用生物信息学方法挖掘肺腺癌合并肺栓塞及肺栓塞患者的共同信号通路,筛选两对比组共同的差异mRNA。方法收集新疆医科大学附属肿瘤医院2019年1月至2019年12月肺腺癌合并肺栓塞、单纯肺腺癌、单纯肺栓塞及健康体检者外周血(每组4例,共计16例),采用RNA测序技术检测16例入组人群的基因表达谱数据,将肺腺癌合并肺栓塞组与单纯肺腺癌组基因表达谱数据作为一个数据集,单纯肺栓塞组及健康对照组的基因表达数据为另一个数据集。经R语言筛选两数据集的差异表达基因,并经Excel软件取交集,获得两对比组共同差异mRNA。并通过基因本体(GO)注释分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路分析筛选两对比组共同的功能聚类及信号通路。结果肺腺癌合并肺栓塞组对比肺腺癌组、肺栓塞组对比健康对照组的共同差异mRNA有14个,其中上调10个,下调4个,差异最明显的下调mRNA是溶质载体家族9成员3(SLC9A3);GO分析表明两对比组均与细胞生物过程、补体反应、炎性反应等相关,KEGG通路分析表明两对比组的共同富集的通路包括补体和凝血级联、系统性红斑狼疮、类风湿性关节炎、核因子-κB(NF-κB)信号通路等。结论显著下调的差异mRNA SLC9A3或可作为肺腺癌合并肺栓塞的生物标志物。肺腺癌合并肺栓塞的发生可能涉及补体反应、炎性反应等分子功能,也可能与补体和凝血级联、系统性红斑狼疮、类风湿性关节炎、NF-κB信号通路等相关。 展开更多
关键词 肺腺癌 肺栓塞 RNA测序 基因表达谱 差异基因 静脉栓塞
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差异甲基化区域与肺腺癌发生发展的关系
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作者 李晓晗 曹国磊 +3 位作者 牛海文 何丽丽 曹嘉芮 罗琴 《肿瘤学杂志》 CAS 2022年第7期574-578,共5页
[目的]探讨差异化甲基区域与肺腺癌发生发展的关系。[方法]收集新疆医科大学附属肿瘤医院2019年1—12月肺腺癌患者及健康对照组外周血各4例,采用Illumina高通量测序平台和850K芯片甲基化检测平台分别检测8例外周血基因谱数据,并以P<0... [目的]探讨差异化甲基区域与肺腺癌发生发展的关系。[方法]收集新疆医科大学附属肿瘤医院2019年1—12月肺腺癌患者及健康对照组外周血各4例,采用Illumina高通量测序平台和850K芯片甲基化检测平台分别检测8例外周血基因谱数据,并以P<0.05为标准筛选差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)及差异甲基化区域,进一步行DNA甲基化-基因表达联合分析得到目的基因。[结果]筛选出1 111个有意义的DEGs;针对DEGs各个区段甲基化的情况,筛选出4 519个差异甲基化基因,对比各组DNA甲基化和组间差异表达的全部基因,筛选出显著性差异表达基因和差异甲基化的基因,筛选得到6个目的基因,即CCR7、CD27、DSC1、LEF1-AS1、SLC8A1和LRRN3。GO功能分析显示差异甲基化区域在生物学途径、细胞成分和分子功能等方面密切相关。在GO功能和KEGG通路中,肺癌发生可能涉及CCL19和CCL21信号通路、缝隙连接、桥粒等分子机制,以及参与cGMP·PKG信号通路及钙离子信号通路等相关通路。[结论] CCR7、CD27、DSC1等甲基化的状态以及NFKB1-CCR7、STAT3-DSC1、SP1-CCR7等转录因子-基因表达调控网络可能参与肺癌的发生发展;差异甲基化区域在JNK通路及钙离子等信号通路中发挥着重要作用。 展开更多
关键词 肺腺癌 DNA甲基化 基因表达 生物信息学
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