猪流行性腹泻病毒Nsp5基因的原核表达及生物信息学分析

旨在对猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)Nsp5基因进行原核表达,利用生物信息学软件,预测其编码蛋白的结构和功能,为了解PEDV致病机理奠定基础。本研究克隆PEDV/LY/2014/04毒株的Nsp5基因,亚克隆进pET-28a(+)原核表达载体,PCR和酶切验证重组质粒的构建,重组质粒pET-28a(+)-Nsp5转入E.coli BL21(DE3)中,SDS-PAGE检测Nsp5的表达和His band Ni+纯化情况,Vector NTI Advance等软件对Nsp5蛋白氨基酸组成、抗原表位、二级和三级结构进行预测和分析。结果表明,成功克隆并构建了重组质粒pET-28a(+)-Nsp5,表达重组蛋白大小约22 ku,且主要以包涵体形式存在,His band Ni+纯化后获得高纯度重组蛋白。Nsp5蛋白是由196个氨基酸残基组成的多肽,其分子质量的理论值为21 820.07 u,理论等电点(pI)为8.734,略偏碱;二级结构骨架中α-螺旋(h)占55.61%,β-折叠(t)占7.65%,无规则卷曲(c)占20.92%,延伸链(e)占15.82%;Nsp5蛋白质的三级结构中,中间段以α-螺旋为主作为骨架,C端多个复杂二级结构构成该蛋白的酶活性中心;B细胞抗原表位的预测,表明有15个潜在的B细胞优势表位。本研究为猪流行性腹泻病毒Nsp5蛋白质的生物学功能相关研究提供数据支持。

LncRNA调控病毒感染与复制机制进展

长链非编码RNA(lncRNA)是一类核酸片段200 bp~100 kb、无典型开放阅读框、不编码蛋白质、具有调节功能的非编码RNA,它广泛存在于各种生命体中,数量大,种类多。其调控细胞内生物学功能包括:参与DNA甲基化、基因组印记及染色质修饰、调控转录激活、干扰细胞核内物质运输、核酸降解等重要过程。lncRNA与病毒感染复制的关系主要表现为:一方面病毒抑制胞内lncRNA的表达,借助lncRNA的转录激活调控功能,引起靶细胞凋亡通路的激活,促进病毒复制;另一方面病毒利用胞内lncRNA表达,调控先天免疫、NF-κB信号、炎症信号通路,进而促进病毒复制和感染。本文总结lncRNA与病毒感染和复制之间的研究最新进展,为研究病毒致病或者免疫逃逸机制提供新的视角。