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基于高通量测序的黄姑鱼转录组从头组装和基因注释分析
1
作者
王余菊
娄方瑞
水柏年
《浙江海洋大学学报(自然科学版)》
CAS
北大核心
2019年第6期475-480,494,共7页
为了进一步挖掘黄姑鱼的基因数据库资源,本研究采用高通量测序技术对采自舟山的黄姑鱼进行了全转录组测序,获取了42 809 266条Clean Reads。Clean Reads通过从头组装并进一步聚类为32 623条Unigenes,平均长度和N50分别为1 646 bp和2 777...
为了进一步挖掘黄姑鱼的基因数据库资源,本研究采用高通量测序技术对采自舟山的黄姑鱼进行了全转录组测序,获取了42 809 266条Clean Reads。Clean Reads通过从头组装并进一步聚类为32 623条Unigenes,平均长度和N50分别为1 646 bp和2 777 bp。利用国际上7个主要的基因注释数据库(Nr、Nt、Pfam、KOG、Swiss-prot、KEGG和GO)对所有的Unigenes进行基因功能分析,共有28 645条Unigenes在至少以上一个数据库中成功获得注释信息。而后将所有的Unigenes进行蛋白库比对和estscan软件预测,共获得30 382个CDS;分子标记筛查后共得到了29 022个潜在的SSRs。作为一项重要的研究基础,本研究提供的转录组信息有助于为黄姑鱼的分子水平研究提供新的认识。
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关键词
黄姑鱼
转录组
从头组装
基因注释
编码序列
简单重复序列标记
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职称材料
宁波—舟山全球海洋中心城市规划建设路径研究
2
作者
黄洁清
王余菊
《浙江海洋大学学报(人文科学版)》
2022年第6期60-65,共6页
在国家大力推进建设海洋强国战略的背景下,经略海洋既是促进经济发展的先机,也是提升浙江经济的新突破口。本文在综述国内外全球海洋中心城市发展研究基础上,综合分析宁波—舟山全球海洋中心城市规划建设可行性因素和存在问题,提出建设...
在国家大力推进建设海洋强国战略的背景下,经略海洋既是促进经济发展的先机,也是提升浙江经济的新突破口。本文在综述国内外全球海洋中心城市发展研究基础上,综合分析宁波—舟山全球海洋中心城市规划建设可行性因素和存在问题,提出建设宁波—舟山全球海洋中心城市的对策,即优化海洋产业体系、提高海洋创新科技能力、促进两市资源共享和优势互补等建议,从而引领浙江海洋经济发展。
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关键词
宁波舟山
全球海洋中心城市
规划
对策建议
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职称材料
题名
基于高通量测序的黄姑鱼转录组从头组装和基因注释分析
1
作者
王余菊
娄方瑞
水柏年
机构
浙江海洋大学水产学院
中国海洋大学水产学院
出处
《浙江海洋大学学报(自然科学版)》
CAS
北大核心
2019年第6期475-480,494,共7页
基金
国家重点研发计划课题(2017YFA0604904)。
文摘
为了进一步挖掘黄姑鱼的基因数据库资源,本研究采用高通量测序技术对采自舟山的黄姑鱼进行了全转录组测序,获取了42 809 266条Clean Reads。Clean Reads通过从头组装并进一步聚类为32 623条Unigenes,平均长度和N50分别为1 646 bp和2 777 bp。利用国际上7个主要的基因注释数据库(Nr、Nt、Pfam、KOG、Swiss-prot、KEGG和GO)对所有的Unigenes进行基因功能分析,共有28 645条Unigenes在至少以上一个数据库中成功获得注释信息。而后将所有的Unigenes进行蛋白库比对和estscan软件预测,共获得30 382个CDS;分子标记筛查后共得到了29 022个潜在的SSRs。作为一项重要的研究基础,本研究提供的转录组信息有助于为黄姑鱼的分子水平研究提供新的认识。
关键词
黄姑鱼
转录组
从头组装
基因注释
编码序列
简单重复序列标记
Keywords
Nibea albiflora
transcriptome
de novo assembly
gene annotation
CDS
SSR
分类号
S917 [农业科学—水产科学]
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职称材料
题名
宁波—舟山全球海洋中心城市规划建设路径研究
2
作者
黄洁清
王余菊
机构
浙江海洋大学
出处
《浙江海洋大学学报(人文科学版)》
2022年第6期60-65,共6页
基金
浙江省哲学社会科学规划一般课题“宁波舟山全球海洋中心城市规划建设路径研究”(编号:22NDJC200YB)。
文摘
在国家大力推进建设海洋强国战略的背景下,经略海洋既是促进经济发展的先机,也是提升浙江经济的新突破口。本文在综述国内外全球海洋中心城市发展研究基础上,综合分析宁波—舟山全球海洋中心城市规划建设可行性因素和存在问题,提出建设宁波—舟山全球海洋中心城市的对策,即优化海洋产业体系、提高海洋创新科技能力、促进两市资源共享和优势互补等建议,从而引领浙江海洋经济发展。
关键词
宁波舟山
全球海洋中心城市
规划
对策建议
Keywords
Ningbo-Zhoushan
Global Marine Central City
planning
countermeasures and suggestions
分类号
F299.27 [经济管理—国民经济]
P74 [天文地球—海洋科学]
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职称材料
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作者
出处
发文年
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1
基于高通量测序的黄姑鱼转录组从头组装和基因注释分析
王余菊
娄方瑞
水柏年
《浙江海洋大学学报(自然科学版)》
CAS
北大核心
2019
0
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职称材料
2
宁波—舟山全球海洋中心城市规划建设路径研究
黄洁清
王余菊
《浙江海洋大学学报(人文科学版)》
2022
0
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职称材料
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