峨眉山与黄山藏酋猴肠道菌群组成的比较

峨眉山和黄山都是我国著名的藏酋猴Macaca thibetana生态旅游地,对两地藏酋猴肠道微生物群落结构的比较研究,有助于了解不同生境、不同旅游管理方式对野生灵长类动物的影响。本研究对峨眉山藏酋猴M. t.thibetana肠道微生物16S rRNA基因进行测序,并与黄山藏酋猴M. t. huangshanensis肠道微生物的群落结构进行了比较。结果显示,两地藏酋猴肠道菌群有大量共有的可操作分类单元,而群落组成和多样性方面存在较大差异。峨眉山藏酋猴肠道菌群的优势门类为厚壁菌门Firmicutes(69. 04%±11. 81%)、拟杆菌门Bacteroidetes(21. 59%±10. 05%)和放线菌门Actinobacteria (2. 73%±2. 17%);黄山藏酋猴为厚壁菌门(46. 34%±8. 15%)、拟杆菌门(36. 75%±6. 38%)和变形菌门Proteobacteria(14. 91%±8. 06%)。在属级水平上,峨眉山藏酋猴肠道丰度最高的为颤螺菌属Oscillospira(23. 49%±16. 63%),黄山藏酋猴为普氏菌属Prevotella(36. 35%±9. 15%)。在群落多样性方面,黄山藏酋猴α多样性指数显著低于峨眉山,且两者的菌群结构也产生了显著分化。PICRUSt功能富集分析显示,峨眉山藏酋猴在脂类代谢、外源化学物的降解与代谢等通路显著富集,而黄山藏酋猴在多糖的合成与代谢等通路显著富集。研究还发现峨眉山藏酋猴肠道存在一定丰度的传染性致病菌,这可能与峨眉山的生态旅游有关。

豹猫转录组从头组装及组织特异性表达分析

豹猫Prionailurus bengalensis是亚洲分布最广的食肉动物之一,国家二级重点保护野生动物。本研究对豹猫6个组织(大脑、心脏、肾脏、肝脏、肺和骨骼肌)进行了转录组测序,共获得51.4 Gb的原始数据。使用Trinity进行从头组装,最终获得了369246条转录本,其平均长度为1465 bp,转录本N50长度为2660 bp,组装质量较高。注释结果显示,约42.44%(114517条)的转录本在4个公共数据库中成功获得注释,65895条转录本被分配到了386条KEGG通路中。根据转录本表达量构建各组织的表达图谱、计算组织特异性指数(TSI),39.65%的转录本为0.15≤TSI≤0.85,具有中等组织特异性,60.34%的转录本TSI>0.85,具有较高的组织特异性。统计豹猫每个组织中表达量最高的10条转录本,共39条转录本,其中26条的表达具有高组织特异性(TSI>0.85),显示大部分高表达基因都表现出高组织特异性。